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- PDB-2y1c: X-ray structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomeras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y1c
タイトルX-ray structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, DXR, Rv2870c, from Mycobacterium tuberculosis, in complex with manganese.
要素1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DOXP/MEP PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Henriksson, L.M. / Larsson, A.M.S. / Bergfors, T. / Bjorkelid, C. / Unge, T. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem / 年: 2011
タイトル: Design, Synthesis and X-Ray Crystallographic Studies of Alpha-Aryl Substituted Fosmidomycin Analogues as Inhibitors of Mycobacterium Tuberculosis 1-Deoxy-D-Xylulose-5-Phosphate Reductoisomerase
著者: Andaloussi, M. / Henriksson, L.M. / Wieckowska, A. / Lindh, M. / Bjorkelid, C. / Larsson, A.M.S. / Iyer, H. / Srinivasa, B.R. / Bergfors, T. / Unge, T. / Mowbray, S.L. / Larhed, M. / Jones, T.A. / Karlen, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: The 1.9 A Resolution Structure of Mycobacterium Tuberculosis 1-Deoxy-D-Xylulose 5-Phosphate Reductoisomerase, a Potential Drug Target.
著者: Henriksson, L.M. / Bjorkelid, C. / Mowbray, S.L. / Unge, T.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structures of Mycobacterium Tuberculosis 1-Deoxy-D-Xylulose-5-Phosphate Reductoisomerase Provide New Insights Into Catalysis.
著者: Henriksson, L.M. / Unge, T. / Carlsson, J. / Aqvist, J. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A.
履歴
登録2010年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月3日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE
B: 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5124
ポリマ－83,4022
非ポリマー1102
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-26.6 kcal/mol
Surface area28850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.826, 67.477, 84.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2361, 0.2389, -0.9419), (0.2239, -0.9566, -0.1865), (-0.9456, -0.1669, -0.2793)
ベクター: 36.2034, -3.8679, 46.7694)

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要素

#1: タンパク質 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE / DXP REDUCTOISOMERASE / 1-DEOXYXYLULOSE-5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE HAMAP / 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL ...DXP REDUCTOISOMERASE / 1-DEOXYXYLULOSE-5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE HAMAP / 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 41700.973 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-389 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PET101D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-STAR (DE3)
参照: UniProt: A2VLK3, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.955
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.955 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 58370 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JD2

2jd2


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.618 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A70-A76 HAVE BEEN REMOVED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2422 2943 5 %RANDOM
Rwork0.19522 ---
obs0.19762 55426 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å2-0.9 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5505 0 2 473 5980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225643
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1241.9527695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3275752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.2323.584226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66915835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6221544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.22863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.23888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6391.53832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09825960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5932030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.584.51735
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 220 -
Rwork0.26 4010 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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