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- PDB-2y1b: Crystal structure of the E. coli outer membrane lipoprotein RcsF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y1b
タイトルCrystal structure of the E. coli outer membrane lipoprotein RcsF
要素PUTATIVE OUTER MEMBRANE PROTEIN, SIGNAL
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RCS / PHOSPHORELAY / MUCOIDITY / COLANIC ACID / CAPSULE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of phosphorelay signal transduction system / periplasmic side of cell outer membrane / outer membrane protein complex / cellular response to cell envelope stress / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / intracellular signal transduction
類似検索 - 分子機能
Outer membrane lipoprotein RcsF / RcsF lipoprotein / Hypothetical protein apc22750. Chain B / Translation Initiation Factor IF3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3C / Outer membrane lipoprotein RcsF / Outer membrane lipoprotein RcsF
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Declercq, J.P. / Leverrier, P. / Boujtat, A. / Collet, J.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Outer Membrane Protein Rcsf, a New Substrate for the Periplasmic Protein- Disulfide Isomerase Dsbc.
著者: Leverrier, P. / Declercq, J.P. / Denoncin, K. / Vertommen, D. / Hiniker, A. / Cho, S.H. / Collet, J.F.
履歴
登録2010年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月12日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE OUTER MEMBRANE PROTEIN, SIGNAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4213
ポリマ－13,7661
非ポリマー6552
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.714, 55.714, 61.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2015-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE OUTER MEMBRANE PROTEIN, SIGNAL / RCSF PROTEIN


分子量: 13765.681 Da / 分子数: 1 / 断片: PERIPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 17-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / Variant: MC1000 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA GAMI / 参照: UniProt: A1A7P0, UniProt: P69411*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細5-AMINO-2,4,6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID (I3C): THIS MOLECULE IS THE MAGIC TRIANGLE DESCRIBED BY ...5-AMINO-2,4,6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID (I3C): THIS MOLECULE IS THE MAGIC TRIANGLE DESCRIBED BY TOBIAS BECK ET AL. ACTA CRYST. 2008, D64, 1179-1182
配列の詳細RCSF WAS CLONED WITHOUT THE SEQUENCE CORRESPONDING TO THE PUTATIVE LIPOBOX.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: HANGING DROP: PROTEIN 11MG/ML MIXED WITH I3C 20 MM RESERVOIR: 1.8M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.5, DROP: 1 MICROL AND 1 MICROL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.97791, 1.5
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月7日 / 詳細: MIRROR 2 VERTICALLY FOCUSSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111), HORIZONTALLY FOCUSSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.977911
21.51
反射解像度: 2→19 Å / Num. obs: 7786 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→48.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.568 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25752 358 4.6 %RANDOM
Rwork0.19644 ---
obs0.19913 7428 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å20.77 Å20 Å2
2--1.54 Å20 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数636 0 21 46 703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1572.007908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04831084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.614585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94724.425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.59815110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.583155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2481.5429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2771.5171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.372694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6033238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0134.5214
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 22 -
Rwork0.254 552 -
obs--99.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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