PDB-2y0d: BceC mutation Y10K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y0d

タイトル

BceC mutation Y10K

要素

UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CARBOHYDRATE SYNTHESIS / EXOPOLYSACCHARIDE / CYSTIC FIBROSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Rocha, J. / Popescu, A.O. / Borges, P. / Mil-Homens, D. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Structure of Burkholderia Cepacia Udp-Glucose Dehydrogenase (Ugd) Bcec and Role of Tyr10 in Final Hydrolysis of Ugd Thioester Intermediate.
著者: Rocha, J. / Popescu, A.O. / Borges, P. / Mil-Homens, D. / Moreira, L.M. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C.

履歴

登録	2010年12月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y0d.cif.gz	680.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y0d.ent.gz	562.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y0d_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y0d_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2y0d_validation.xml.gz	63.8 KB	表示
CIF形式データ	2y0d_validation.cif.gz	85.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/2y0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/2y0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y0cC 2y0eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y0c-d 2y0e-d 6qd4-d 6qd0-d 5w5r-1 6qd1-d 6qcy-d 3gg2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

B: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

C: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

D: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.622, 109.250, 183.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 0:87 OR RESSEQ 93:143 OR RESSEQ 145:453 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 0:87 OR RESSEQ 93:143 OR RESSEQ 145:453 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 0:87 OR RESSEQ 93:143 OR RESSEQ 145:453 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 0:87 OR RESSEQ 93:143 OR RESSEQ 145:453 )

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.01687, 0.9937, 0.1107), (0.9963, 0.007397, 0.08547), (0.08412, 0.1117, -0.9902)	72.15, -74.69, 35.41
2	given	(-0.06221, -0.9112, 0.4073), (-0.9107, -0.1151, -0.3967), (0.4084, -0.3956, -0.8227)	4.28, 83.04, 13.07
3	given	(-0.869, -0.107, -0.4831), (-0.06793, -0.9413, 0.3307), (-0.4901, 0.3202, 0.8107)	154.9, 4.082, 35.89

#1: タンパク質	UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE / BCEC 分子量: 52261.988 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア) 株: IST 408 / プラスミド: PBCEC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): SURE / 参照: UniProt: C9E261, UDP-glucose 6-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-UGA / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID / UDP-GLUCURONIC ACID / UDP-グルクロン酸分子量: 580.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₂O₁₈P₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 10 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 10 TO LYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 10 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 10 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 10 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 10 TO LYS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), ...詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), AND 1 MICRO-LITER WELL SOLUTION (200 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 11-14 % (W/V) PEG 4K, AND 50 MM NAF), EQUILIBRATED AGAINST 500 MICRO-LITER PRECIPITATION SOLUTION IN THE WELL.

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→57.83 Å / Num. obs: 50832 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 2.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NATIVE BCEC WITH TYR 10 TRUNCATED TO ALA

解像度: 2.8→54.63 Å / SU ML: 1.02 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	2576	5.1 %
R_work	0.212	-	-
obs	0.21	50791	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 13.37 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.8056 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.5775 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9821 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→54.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13937	0	188	0	14125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	14387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.416	19503
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.901	5287
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	2166
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2558

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3455	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3455	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.083
1	3	C	3455	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.099
1	4	D	3455	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.091

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8539	0.328	132	0.2494	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8539-2.9121	0.3033	135	0.2439	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9121-2.9754	0.3003	156	0.2499	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9754-3.0446	0.304	152	0.2456	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0446-3.1208	0.3094	142	0.2589	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1208-3.2051	0.3115	146	0.2511	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2051-3.2994	0.3211	143	0.2292	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2994-3.4059	0.2691	152	0.2322	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4059-3.5276	0.299	135	0.2078	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5276-3.6689	0.2515	150	0.2025	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6689-3.8358	0.2482	152	0.188	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8358-4.038	0.2282	128	0.1781	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.038-4.2909	0.1873	139	0.1708	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2909-4.622	0.2146	138	0.1593	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
4.622-5.0868	0.2055	142	0.1539	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0868-5.8222	0.2284	140	0.1734	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8222-7.3325	0.2463	134	0.1886	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
7.3325-54.6353	0.2066	160	0.194	2783	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1939	-0.1204	-0.1099	0.0916	0.059	0.1016	-0.0315	0.013	-0.0978	0.0427	-0.0181	0.0306	-0.0291	-0.0264	-0.0391	0.034	0.0428	0.0152	-0.036	-0.0006	0.0248	-22.4269	-14.2568	48.0535
2	0.1194	-0.0068	-0.0067	0.0864	-0.0479	0.0767	0.0405	-0.0138	0.0865	-0.0802	0.0242	0.0703	0.0594	0.0546	0.0141	0.0915	0.0221	-0.025	0.0669	0.0006	0.0596	-23.9407	-26.8491	16.688
3	0.0775	-0.0999	0.0879	0.1015	-0.1159	0.1233	0.0307	0.2161	0.1151	-0.0756	-0.254	-0.1182	0.099	0.2158	-0.2191	-0.0094	0.163	0.0255	0.2403	0.2596	0.0078	-37.8466	4.3915	-7.7085
4	0.1994	-0.0163	0.0185	0.0496	-0.0105	-0.0029	0.0231	0.0188	0.0995	-0.0618	-0.0366	0.0351	0.0093	-0.0085	0.0447	-0.1711	0.0407	-0.0013	0.0345	-0.004	0.0844	-50.8694	-0.059	22.1295
5	0.012	0.0619	-0.0635	0.1499	-0.1271	0.1432	-0.0485	-0.0187	-0.0205	-0.1023	-0.0894	-0.1117	0.0589	0.0252	-0.188	0.0234	-0.0231	0.1364	-0.0374	0.1109	-0.0492	3.7906	-4.2108	7.559
6	0.0456	0.0217	-0.0374	0.0671	0.0125	0.1684	-0.0098	-0.0211	0.0445	-0.0496	-0.0078	0.028	-0.0097	0.0877	-0.0296	0.0122	-0.0079	-0.0174	0.0501	0.0078	0.0061	3.6484	10.027	37.8405
7	0.0502	0.0134	0.0297	0.0378	0.0724	0.1133	-0.1648	-0.1307	-0.0436	0.1068	0.0339	0.2174	0.0443	-0.0113	-0.0308	-0.004	0.1762	0.1494	-0.0222	-0.007	0.1876	-33.7425	28.0911	42.3305
8	0.0009	-0.0211	-0.0038	0.0723	-0.0115	-0.0118	-0.0027	-0.0283	-0.0308	-0.0728	0.0063	0.0501	-0.0184	0.0067	-0.0172	0.0504	0.0224	-0.0598	-0.0675	0.0459	-0.0178	-17.3854	31.3719	13.0497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 0:203)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 204:456)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND RESID 0:195)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 196:453)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN C AND RESID 0:201)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN C AND RESID 202:453)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN D AND RESID 0:201)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN D AND RESID 202:455)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)