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- PDB-2xzk: THE ASPERGILLUS FUMIGATUS SIALIDASE IS A KDNASE: STRUCTURAL AND M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xzk
タイトルTHE ASPERGILLUS FUMIGATUS SIALIDASE IS A KDNASE: STRUCTURAL AND MECHANISTIC INSIGHTS
要素EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FKD / Chem-K99 / NITRATE ION / Exo-alpha-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Telford, J.C. / Yeung, J.H.F. / Kiefel, M.J. / Watts, A.G. / Hader, S. / Chan, J. / Bennet, A.J. / Moore, M.M. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Aspergillus Fumigatus Sialidase is a Kdnase: Structural and Mechanistic Insights.
著者: Telford, J.C. / Yeung, J.H.F. / Xu, G. / Kiefel, M.J. / Watts, A.G. / Hader, S. / Chan, J. / Bennet, A.J. / Moore, M.M. / Taylor, G.L.
履歴
登録2010年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Database references / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年5月16日Group: Other
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE
B: EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,88819
ポリマ－84,2352
非ポリマー2,65317
水19,7261095
1
A: EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1938
ポリマ－42,1181
非ポリマー1,0757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,69511
ポリマ－42,1181
非ポリマー1,57810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.680, 58.080, 94.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE / KDNASE


分子量: 42117.703 Da / 分子数: 2 / 断片: MATURE PROTEIN, RESIDUES 21-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / 株: AF293 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q4WQS0, exo-alpha-sialidase

-
糖 , 2種, 7分子

#2: 糖 ChemComp-FKD / 3-deoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid / 3-deoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulosonic acid / 3-deoxy-3-fluoro-D-erythro-L-manno-non-2-ulosonic acid / 3-deoxy-3-fluoro-D-erythro-manno-non-2-ulosonic acid / (2R,3R,4R,5R,6S)-2,4,5-トリヒドロキシ-3-フルオロ-6-((1R,2R)-1,2,3-トリヒド(以下略)


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 286.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15FO9
#3: 糖
ChemComp-K99 / (2R,3R,4R,5R,6S)-2,3-bis(fluoranyl)-4,5-bis(oxidanyl)-6-[(1R,2R)-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid / (2R,3R,4R,5R,6S)-2,3-DIFLUORO-4,5-DIHYDROXY-6-[(1R,2R)-1,2,3-TRIHYDROXYPROPYL]OXANE-2-CARBOXYLIC ACID / 2,3α-ジフルオロ-4α,5β-ジヒドロキシ-6α-[(1R,2R)-1,2,3-トリヒドロキシプロピル]テトラヒド(以下略)


タイプ: D-saccharide / 分子量: 288.199 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14F2O8

-
非ポリマー , 5種, 1105分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1095 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CRYSTALLIZED PROTEIN LACKS FIRST 20 AMINO ACIDS (SIGNAL SEQUENCE).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→31.1 Å / Num. obs: 129281 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XCY

2xcy


解像度: 1.5→31.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.447 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21375 5515 5 %RANDOM
Rwork0.17923 ---
obs0.18096 105520 85.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.918 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å2-0.17 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5918 0 169 1095 7182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226323
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.978619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3515801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.4223.014292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87215965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0191560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5491.53854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94626185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47932469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3224.52418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 177 -
Rwork0.26 3884 -
obs--42.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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