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- PDB-2xzf: CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE WILD-TYPE LACTOCOCCUS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xzf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE WILD-TYPE LACTOCOCCUS LACTIS FPG (MUTM) AND AN OXIDIZED PYRIMIDINE CONTAINING DNA AT 293K
要素
  • 5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*TP*VETP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*GP)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*CP)-3'
  • FORMAMIDOPYRIMIDINE-DNA GLYCOSYLASE
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins ...Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOCOCCUS LACTIS SUBSP. CREMORIS (乳酸菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者LeBihan, Y.V. / Izquierdo, M.A. / Coste, F. / Culard, F. / Gehrke, T.H. / Essalhi, K. / Aller, P. / Carrel, T. / Castaing, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: 5-Hydroxy-5-Methylhydantoin DNA Lesion, a Molecular Trap for DNA Glycosylases
著者: Le Bihan, Y.V. / Izquierdo, M.A. / Coste, F. / Aller, P. / Culard, F. / Gehrke, T.H. / Essalhi, K. / Carrel, T. / Castaing, B.
履歴
登録2010年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORMAMIDOPYRIMIDINE-DNA GLYCOSYLASE
B: 5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*TP*VETP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*GP)-3'
C: 5'-D(*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8105
ポリマ－39,6533
非ポリマー1582
水8,809489
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-20.1 kcal/mol
Surface area16000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.569, 91.569, 142.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2073-

HOH

21A-2123-

HOH

31A-2280-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FORMAMIDOPYRIMIDINE-DNA GLYCOSYLASE / FAPY-DNA GLYCOSYLASE


分子量: 31116.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LACTOCOCCUS LACTIS SUBSP. CREMORIS (乳酸菌)
プラスミド: PMAL-C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P42371, DNA-formamidopyrimidine glycosylase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*TP*VETP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*GP)-3'


分子量: 4180.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*CP)-3'


分子量: 4355.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 491分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細(5-HYDROXY-5-METHYLHYDANTOIN-2-HYDROXYCYCLOPENTYL)METHYL 5'-PHOSPHATE (VET): DNA LINKING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.6 / 詳細: HEPES, SODIUM CITRATE, PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97935
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月21日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48 Å / Num. obs: 56390 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 22.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XC8

1xc8


解像度: 1.799→47.96 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.78 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 219-223 OF CHAIN A ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1911 2858 5.1 %
Rwork0.1595 --
obs0.1611 56346 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.194 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0507 Å20 Å20 Å2
2---0.0507 Å20 Å2
3---0.1014 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.799→47.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2120 566 7 489 3182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2543913
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3891121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006399
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7992-1.86350.27572850.25085036X-RAY DIFFRACTION95
1.8635-1.93810.2132690.19355248X-RAY DIFFRACTION99
1.9381-2.02640.20332820.16155297X-RAY DIFFRACTION99
2.0264-2.13320.18552800.15875283X-RAY DIFFRACTION99
2.1332-2.26680.1722790.14965299X-RAY DIFFRACTION99
2.2668-2.44190.20873080.1575314X-RAY DIFFRACTION99
2.4419-2.68760.20122880.16975372X-RAY DIFFRACTION99
2.6876-3.07640.21912780.18195417X-RAY DIFFRACTION100
3.0764-3.87570.1932630.15185501X-RAY DIFFRACTION100
3.8757-47.97740.15783260.1385721X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2523-0.37030.30451.16410.22881.0529-0.05550.11990.1173-0.2206-0.09780.2632-0.0595-0.17390.09570.12140.0037-0.01780.14210.01070.1744-0.1585-4.7871-17.2313
20.41180.33610.01311.15750.1390.6019-0.0103-0.20090.19870.07170.1017-0.1721-0.16740.1905-0.09790.1265-0.00610.02010.2113-0.02770.183215.4064-4.9991-8.32
30.2888-0.2206-0.46591.19440.22511.14650.0091-0.03460.1835-0.13940.1013-0.3888-0.10790.3292-0.10840.1358-0.05540.02870.2014-0.02780.259918.6776-1.7687-13.8904
40.2852-0.66350.07281.2933-0.1040.4-0.04560.01740.058-0.12070.0282-0.1155-0.06520.09050.00620.1191-0.04380.0130.17540.00830.122511.3613-7.544-18.5893
50.1153-0.09780.22461.48130.5750.7767-0.0379-0.08030.0320.21930.06120.13350.0735-0.15740.00320.17750.00410.03530.1793-0.01040.15057.4535-5.9624-1.5833
61.1844-0.01260.09550.3826-0.09410.5340.00250.06820.1547-0.01730.0636-0.0823-0.0780.0289-0.05480.1218-0.01140.02950.1460.0010.136112.9356-8.7358-14.1437
70.99520.57710.1370.90420.29641.6103-0.25140.1033-0.0084-0.07590.1763-0.0196-0.24490.26640.06780.1708-0.0288-0.01870.18380.02830.14263.2706-11.8253-31.2479
80.975-0.0117-0.18955.99811.24660.4949-0.25010.3403-0.0522-0.58850.2876-0.62830.13570.294-0.08290.2089-0.05940.03960.2215-0.03520.1378-2.4574-21.0362-39.2356
90.93330.6705-0.1710.8043-0.0790.908-0.0790.0329-0.0914-0.07510.04110.04610.128-0.22550.03340.1058-0.0261-0.00230.1686-0.00770.1483-8.3292-21.4441-29.6752
100.90290.2961-0.04520.75630.90871.7122-0.1658-0.31530.52690.1398-0.11240.2581-0.3233-0.12690.24610.16560.0038-0.01680.2672-0.03430.2549-8.1244-6.4804-19.7482
110.57571.3210.95093.37441.73772.2535-0.0468-0.45450.49950.5089-0.06040.4852-0.14580.49680.05280.1826-0.01230.02150.464-0.14460.3197-12.2948-7.6066-13.773
120.81260.58930.39430.91430.26711.45710.2081-0.28870.01360.1678-0.23220.10770.2398-0.53460.05660.1123-0.0910.01760.2761-0.02130.1626-17.5586-24.7132-19.5674
131.84770.2741-1.553.6116-2.91776.7477-0.3315-0.1993-0.4629-0.4716-0.2430.3091.36840.99990.66250.40390.06160.12790.36380.14160.3033-3.6068-34.054-0.9014
140.95020.2993-0.92620.6958-0.28461.29-0.04460.0627-0.1742-0.02920.0446-0.19410.3507-0.0911-0.07060.1688-0.02070.01560.2150.01150.19241.6949-21.8035-15.3276
154.9119-0.85720.42219.67963.55337.93630.3150.0113-0.41170.2665-0.3417-1.80341.06220.1765-0.110.36790.0915-0.01010.3171-0.06510.44611.9566-36.4047-20.5713
167.56843.3774-4.93238.269-5.5294.92090.68570.8022-0.58181.0307-0.1815-0.0854-0.801-0.6586-0.37910.38650.03470.02130.3786-0.06960.23353.3646-35.3738-19.5274
170.4270.95891.6643.37334.87577.41640.395-0.0538-0.00840.63010.1742-0.4141.3791-0.3137-0.49140.3485-0.0167-0.0640.1850.0260.18247.6101-26.3962-6.8349
188.28396.4126-2.40235.0819-2.22741.32820.2772-0.85170.90030.4039-0.18661.37480.1425-0.052-0.16440.3667-0.1280.14230.40610.07740.5066-7.866-29.17872.4581
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:13)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 14:37)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 38:54)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 55:75)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 76:96)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 97:127)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 128:139)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 140:153)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 154:205)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 206:225)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 226:235)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 236:271)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 1:5)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 6:10)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 11:14)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN C AND RESID 15:18)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN C AND RESID 19:22)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN C AND RESID 23:28)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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