+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xz3 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BLV TM hairpin | |||||||||
要素 | MALTOSE ABC TRANSPORTER PERIPLASMIC PROTEIN, ENVELOPE GLYCOPROTEIN | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / VIRAL MEMBRANE FUSION / HAIRPIN / CHIMERA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / DNA damage response / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) BOVINE LEUKEMIA VIRUS (ウシ白血病ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Schuettelkopf, A.W. / Lamb, D. / Brighty, D.W. / van Aalten, D.M.F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011 タイトル: Charge-Surrounded Pockets and Electrostatic Interactions with Small Ions Modulate the Activity of Retroviral Fusion Proteins. 著者: Lamb, D. / Schuttelkopf, A.W. / Van Aalten, D.M.F. / Brighty, D.W. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xz3.cif.gz | 111.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2xz3.ent.gz | 83.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xz3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xz3_validation.pdf.gz | 881.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2xz3_full_validation.pdf.gz | 884.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2xz3_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xz3_validation.cif.gz | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/2xz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/2xz3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51214.047 Da / 分子数: 1 / 断片: MBP RESIDUES 26-392, ECTODOMAIN, RESIDUES 326-418 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INCLUDES MALTOSE BINDING PROTEIN PURIFICATION TAG 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌), (組換発現) BOVINE LEUKEMIA VIRUS (ウシ白血病ウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: D8A942, UniProt: Q90M13, UniProt: P0AEX9*PLUS | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE IS PRECEDED BY THE MBP-TAG (27-386) FROM THE EXPRESSION VECTOR, WHICH IS BASED ON UNIPROT ...SEQUENCE IS PRECEDED BY THE MBP-TAG (27-386) FROM THE EXPRESSION | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 5.6 詳細: 24.5%(V/V) ISOPROPANOL, 13.5%(V/V) PEG 4000, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.932 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.932 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 37151 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 90 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1MG1 解像度: 1.95→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.828 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.976 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|