PDB-2xyn: HUMAN ABL2 IN COMPLEX WITH AURORA KINASE INHIBITOR VX-680

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xyn

タイトル

HUMAN ABL2 IN COMPLEX WITH AURORA KINASE INHIBITOR VX-680

要素

TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL2

キーワード

TRANSFERASE / CELL ADHESION / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / regulation of cell motility / positive regulation of establishment of T cell polarity / negative regulation of Rho protein signal transduction / exploration behavior / regulation of endocytosis / actin monomer binding / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of T cell migration / Negative regulation of FLT3 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Salah, E. / Ugochukwu, E. / Elkins, J.M. / Barr, A.J. / Shrestha, B. / Savitsky, P. / Mahajan, P. / Muniz, J.R.C. / Yue, W.W. / Chaikuad, A. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of Abl-Related Gene (Abl2) in Complex with Imatinib, Tozasertib (Vx-680), and a Type I Inhibitor of the Triazole Carbothioamide Class.
著者: Salah, E. / Ugochukwu, E. / Barr, A.J. / von Delft, F. / Knapp, S. / Elkins, J.M.

履歴

登録	2010年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2010年12月1日	ID: 3NSV
改定 1.0	2010年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / struct_biol Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2019年4月3日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xyn.cif.gz	325.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xyn.ent.gz	266.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xyn_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xyn_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	2xyn_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	2xyn_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/2xyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/2xyn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hmiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3my0-22 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (5)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL2

B: TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL2

C: TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL2

ヘテロ分子

104 kDa, 3 ポリマー
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1

A: TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	170.500, 170.500, 100.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	A
2	3	B
3	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	VAL	VAL	2	A	A	367 - 425	113 - 171
2	1	1	GLY	GLY	VAL	VAL	2	B	B	367 - 425	113 - 171
3	1	1	GLY	GLY	VAL	VAL	2	C	C	367 - 425	113 - 171
1	2	1	THR	THR	PHE	PHE	2	A	A	438 - 543	184 - 289
2	2	1	THR	THR	PHE	PHE	2	B	B	438 - 543	184 - 289
3	2	1	THR	THR	PHE	PHE	2	C	C	438 - 543	184 - 289
1	1	2	TRP	TRP	TYR	TYR	6	A	A	281 - 366	27 - 112
2	1	2	TRP	TRP	TYR	TYR	6	B	B	281 - 366	27 - 112
3	1	2	TRP	TRP	TYR	TYR	6	C	C	281 - 366	27 - 112
1	1	3	VX6	VX6	VX6	VX6	4	A	E	547
2	1	3	VX6	VX6	VX6	VX6	4	B	H	547
3	1	3	VX6	VX6	VX6	VX6	4	C	K	547

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.44543, -0.89376, -0.05282), (-0.89516, -0.44569, -0.00738), (-0.01694, 0.05057, -0.99858)	-17.04952, -20.43198, -30.23569
2	given	(0.23663, 0.85911, 0.4538), (-0.21144, 0.5014, -0.83898), (-0.94832, 0.10258, 0.30029)	-86.93401, -29.52684, -86.71567

#1: タンパク質	TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL2 / ABELSON MURINE LEUKEMIA VIRAL ONCOGENE HOMOLOG 2 / ABELSON-RELATED GENE PROTEIN / TYROSINE-PROTEIN ...ABELSON MURINE LEUKEMIA VIRAL ONCOGENE HOMOLOG 2 / ABELSON-RELATED GENE PROTEIN / TYROSINE-PROTEIN KINASE ARG / ABL2 分子量: 33543.359 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 243-510 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: P42684, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-VX6 / CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE / VX-680 分子量: 464.586 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₈N₈OS / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.69 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.8M SODIUM SUCCINATE, PH 7, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9782
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9782 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→41.14 Å / Num. obs: 41549 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.81→2.96 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HMI

3hmi

解像度: 2.81→147.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 27.882 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.446 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS.ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28425	2086	5 %	RANDOM
R_work	0.24587	-	-	-
obs	0.24782	39462	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 94.264 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	0.96 Å²	0 Å²
2-	-	1.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.81→147.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5838	0	234	13	6085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.345	1.987	8569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.966	3.006	9428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.301	5	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.716	23.363	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.891	15	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.323	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7099
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.39	1.5	3940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.105	1.5	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.727	2	6222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.163	3	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.954	4.5	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	967	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	967	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	967	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	895	medium positional	0.05	0.5
1	2	B	895	medium positional	0.04	0.5
1	3	C	895	medium positional	0.06	0.5
3	1	A	56	medium positional	0.16	0.5
3	2	B	56	medium positional	0.29	0.5
3	3	C	56	medium positional	0.3	0.5
2	1	A	813	loose positional	0.43	5
2	2	B	813	loose positional	0.55	5
2	3	C	813	loose positional	0.52	5
1	1	A	967	tight thermal	0.08	0.5
1	2	B	967	tight thermal	0.08	0.5
1	3	C	967	tight thermal	0.09	0.5
1	1	A	895	medium thermal	0.1	2
1	2	B	895	medium thermal	0.08	2
1	3	C	895	medium thermal	0.08	2
3	1	A	56	medium thermal	0.72	2
3	2	B	56	medium thermal	1.74	2
3	3	C	56	medium thermal	2.25	2
2	1	A	813	loose thermal	1.12	10
2	2	B	813	loose thermal	1.61	10
2	3	C	813	loose thermal	1.51	10

LS精密化シェル

解像度: 2.805→2.878 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.446	152	-
R_work	0.411	2888	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2297	0.1007	0.054	4.8368	-0.7003	3.9751	-0.531	1.4727	0.4108	-0.5102	0.3472	-1.0781	-0.6235	1.3334	0.1839	0.8533	-0.6463	-0.1674	1.0845	-0.0648	0.5553	-50.1277	57.9243	-10.7312
2	6.1243	0.0802	1.1977	2.7784	0.2974	3.408	-0.4553	0.0421	0.0731	0.5171	0.2196	-0.176	-0.5807	0.0502	0.2358	0.6386	-0.1984	-0.0301	0.216	-0.0409	0.0363	-73.0787	50.2875	-5.2077
3	3.7581	-0.191	-1.671	9.8304	1.1113	3.5131	0.1697	-0.7612	-0.3937	1.983	-0.7241	0.3549	0.8373	-0.147	0.5544	1.1388	-0.4177	0.0236	0.3677	-0.0308	0.372	-90.1252	-1.9395	-15.7052
4	1.9274	-0.9516	-0.4414	9.6996	3.7548	2.6905	0.4291	0.0131	0.0899	0.1401	-1.0245	1.0321	0.0837	-0.8417	0.5953	0.4551	-0.1134	0.0669	0.3667	-0.1719	0.401	-94.0388	22.6984	-21.3663
5	4.5108	-1.107	0.4412	5.5396	-0.3464	5.3592	-0.0907	0.4825	0.7228	-0.5562	0.217	-1.8051	-0.5123	0.8308	-0.1264	0.7719	-0.2055	0.2147	0.4167	0.0453	1.9446	-54.6337	18.447	-36.6739
6	2.7856	-1.3003	-0.1224	3.423	1.1285	3.8626	-0.0155	-0.3625	0.5187	1.0415	0.1311	-1.8911	0.147	0.4661	-0.1157	0.9051	-0.1079	-0.5239	0.2141	-0.0239	1.3947	-63.8705	15.2661	-14.0184

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	280 - 366
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	367 - 543
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	280 - 366
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	367 - 543
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	273 - 366
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	367 - 545

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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