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- PDB-2xym: HCV-JFH1 NS5B T385A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xym
タイトルHCV-JFH1 NS5B T385A mutant
要素RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE / HEPACIVIRUS / NONSTRUCTURAL PROTEINS / REPLICATION / DE NOVO INITIATION / PRIMING
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / Dectin-2 family / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / Dectin-2 family / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / : / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Hepatitis C virus NS3 protease / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.774 Å
データ登録者Simister, P.C. / Caillet-Saguy, C. / Bressanelli, S.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: A Comprehensive Structure-Function Comparison of Hepatitis C Virus Strains Jfh1 and J6 Polymerases Reveals a Key Residue Stimulating Replication in Cell Culture Across Genotypes.
著者: Schmitt, M. / Scrima, N. / Radujkovic, D. / Caillet-Saguy, C. / Simister, P.C. / Friebe, P. / Wicht, O. / Klein, R. / Bartenschlager, R. / Lohmann, V. / Bressanelli, S.
履歴
登録2010年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3228
ポリマ－62,6571
非ポリマー6657
水11,458636
1
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子

A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,64316
ポリマ－125,3142
非ポリマー1,33014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area5130 Å2
ΔGint-96.5 kcal/mol
Surface area44400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.580, 110.810, 115.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2136-

HOH

21A-2220-

HOH

31A-2412-

HOH

41A-2613-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / NS5B / P68 / RNA DEPENDANT RNA POLYMERASE


分子量: 62656.887 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 2443-3005 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ウイルス) / 株: JFH-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99IB8, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR2827 TO ALA
配列の詳細CATALYTIC DOMAIN IS RESIDUES 2430-2989.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M NAH2PO4, 2-5% PEG 35.000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.774→24.822 Å / Num. obs: 60230 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.77→1.88 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I5K

3i5k


解像度: 1.774→24.822 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 3013 5 %
Rwork0.1791 --
obs0.1813 60225 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.203 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.774→24.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4394 0 35 636 5065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0016347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5841733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005809
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7737-1.83710.3052850.26975394X-RAY DIFFRACTION95
1.8371-1.91060.29423000.23465704X-RAY DIFFRACTION100
1.9106-1.99750.2463000.19235701X-RAY DIFFRACTION100
1.9975-2.10280.223020.16815736X-RAY DIFFRACTION100
2.1028-2.23440.2433010.1745712X-RAY DIFFRACTION100
2.2344-2.40680.22263000.17425713X-RAY DIFFRACTION100
2.4068-2.64880.2313030.16915754X-RAY DIFFRACTION100
2.6488-3.03150.20343030.17045760X-RAY DIFFRACTION100
3.0315-3.81710.20553060.16615803X-RAY DIFFRACTION100
3.8171-24.82460.20593130.17945935X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.7625 Å / Origin y: 36.7442 Å / Origin z: 26.8104 Å
111213212223313233
T0.0367 Å2-0.004 Å20.009 Å2-0.0298 Å20.0037 Å2--0.0602 Å2
L0.2881 °20.0634 °20.105 °2-0.1901 °20.1321 °2--0.9378 °2
S-0.0015 Å °-0.0231 Å °0.0185 Å °-0.0063 Å °-0.0262 Å °0.0004 Å °0.0028 Å °0.0067 Å °0.018 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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