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- PDB-2xx1: STRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xx1
タイトルSTRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS complexed with nitrite
要素DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / PROTON CHANNEL / DENITRIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / NITRITE ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ACHROMOBACTER XYLOSOXIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Antonyuk, S.V. / Leferink, N.G.H. / Han, C. / Heyes, D.J. / Rigby, S.E.J. / Hough, M.A. / Eady, R.R. / Scrutton, N.S. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Proton-Coupled Electron Transfer in the Catalytic Cycle of Alcaligenes Xylosoxidans Copper-Dependent Nitrite Reductase.
著者: Leferink, N.G.H. / Han, C. / Antonyuk, S.V. / Heyes, D.J. / Rigby, S.E.J. / Hough, M.A. / Eady, R.R. / Scrutton, N.S. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2010年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
B: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
C: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
D: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
E: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
F: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,32345
ポリマ－219,2676
非ポリマー3,05639
水2,810156
1
A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
D: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
E: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,20923
ポリマ－109,6333
非ポリマー1,57620
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16090 Å2
ΔGint-196.7 kcal/mol
Surface area34220 Å2
手法PISA
2
B: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
C: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
F: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,11322
ポリマ－109,6333
非ポリマー1,48019
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15920 Å2
ΔGint-186.4 kcal/mol
Surface area33810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.670, 174.650, 180.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11F
21A
31B
41C
51D
61E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116F1 - 130
2116A1 - 130
3116B1 - 130
4116C1 - 130
5116D1 - 130
6116E1 - 130
1216F139 - 336
2216A139 - 336
3216B139 - 336
4216C139 - 336
5216D139 - 336
6216E139 - 336

-
要素

#1: タンパク質
DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE / NITRITE REDUCTASE / NIR


分子量: 36544.488 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 26-360 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACHROMOBACTER XYLOSOXIDANS (バクテリア)
株: IW2 IWASAKI / プラスミド: PET26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O68601, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 114 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 114 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 114 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 114 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASN 114 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASN 114 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ASN 114 TO SER
配列の詳細RESIDUE N90 WAS MUTATED TO SERINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULPHATE IN CITRATE BUFFER, PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.99187
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→43.7 Å / Num. obs: 109627 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.35
反射 シェル解像度: 3→3.17 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JL0

2jl0
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→42.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 10.862 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22116 5481 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.18677 104126 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→42.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15378 0 135 156 15669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02215950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.96121727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.71252011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15424.343654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.147152499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6961559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.22364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02212169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.591.510033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.141216162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37535917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4694.55565
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2492 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Floose positional0.285
2Aloose positional0.275
3Bloose positional0.295
4Cloose positional0.315
5Dloose positional0.35
6Eloose positional0.255
1Floose thermal1.2910
2Aloose thermal1.7910
3Bloose thermal1.2910
4Cloose thermal1.5510
5Dloose thermal1.8310
6Eloose thermal1.9310
LS精密化 シェル解像度: 2.995→3.073 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 396 -
Rwork0.3 7524 -
obs--98.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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