PDB-2xwg: Crystal structure of sortase C-1 from Actinomyces oris (formerly ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xwg

タイトル

Crystal structure of sortase C-1 from Actinomyces oris (formerly Actinomyces naeslundii)

要素

SORTASE

キーワード

HYDROLASE / FIMBRIAL ASSEMBLY

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ACTINOMYCES ORIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Persson, K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of the Sortase Acsrtc-1 from Actinomyces Oris
著者: Persson, K.

履歴

登録	2010年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xwg.cif.gz	360.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xwg.ent.gz	293.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xwg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/2xwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/2xwg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w1jS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2beb-1 6yki-1 6ivv-d 6szt-2 1qib-d 2auu-d 4mvn-2 6ynl-2 6jkj-1 2esl-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SORTASE

B: SORTASE

C: SORTASE

D: SORTASE

E: SORTASE

ヘテロ分子

131 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SORTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SORTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: SORTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: SORTASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: SORTASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.070, 108.230, 143.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.7845, -0.4267, -0.4499), (0.2581, -0.8844, 0.3889), (-0.5639, 0.189, 0.804)	21.636, 54.5004, -28.3001
2	given	(0.4229, -0.2829, -0.8609), (-0.2478, -0.9499, 0.1904), (-0.8716, 0.1328, -0.4718)	-13.3522, 15.4772, -24.684
3	given	(-0.977, -0.1644, 0.136), (-0.1064, -0.1766, -0.9785), (0.1849, -0.9704, 0.1551)	-9.3367, 36.0191, 31.8539
4	given	(-0.507, 0.4225, 0.7513), (0.8504, 0.1032, 0.5159), (0.1405, 0.9005, -0.4116)	-2.6579, 59.3118, 9.6005

#1: タンパク質	SORTASE 分子量: 26131.248 Da / 分子数: 5 / 断片: SORTASE, RESIDUES 78-288 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ACTINOMYCES ORIS (バクテリア) / 株: T14V / 解説: ISOLATED FROM ORAL CAVITY, DENTAL PLAQUE / プラスミド: PET-M11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0Z952
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.5 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.9 M NAFORMATE, 1.9 M KFORMATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月12日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→45.5 Å / Num. obs: 62240 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 35.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W1J

2w1j

解像度: 2.4→43.674 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2439	3201	5.2 %
R_work	0.2053	-	-
obs	0.2074	61074	95.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.31 Å² / k_sol: 0.358 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.7478 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-13.6598 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.912 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.674 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6957	0	4	220	7181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	7114
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.412	9719
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.388	2619
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	1151
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1252

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4358		0	0.2889	2329	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4358-2.4739		0	0.2843	2374	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4739-2.5144	0.322	321	0.2764	2037	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5144-2.5578		0	0.269	2498	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5578-2.6043		0	0.2704	2489	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6043-2.6544	0.3085	339	0.2758	2137	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6544-2.7086		0	0.2662	2577	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7086-2.7674	0.2984	319	0.2575	2282	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7674-2.8318		0	0.2774	2622	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8318-2.9026	0.3017	305	0.2623	2354	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9026-2.9811		0	0.2588	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9811-3.0688	0.2766	269	0.2431	2427	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0688-3.1678		0	0.2437	2717	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1678-3.281	0.2885	268	0.2393	2459	X-RAY DIFFRACTION	99
3.281-3.4123		0	0.2207	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4123-3.5675	0.2531	217	0.191	2526	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5675-3.7555	0.2347	212	0.1887	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7555-3.9907	0.2134	170	0.1672	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9907-4.2985	0.186	152	0.1514	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2985-4.7307	0.1578	137	0.1331	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7307-5.4141	0.2046	104	0.1509	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4141-6.817	0.2068	239	0.1959	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
6.817-43.6816	0.2462	149	0.1928	2805	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0703	-0.1261	0.0368	1.1048	0.2227	1.2087	-0.0168	0.0113	0.1005	-0.1099	-0.0633	0.1704	-0.1461	-0.2017	-0	0.1399	0.0147	-0.0415	0.2282	-0.0252	0.2443	-16.3762	31.2348	16.998
2	0.4621	-0.1048	-0.3073	1.4455	0.1067	1.0227	-0.0422	-0.0265	0.0328	0.0824	0.041	0.103	-0.0297	0.0122	0	0.146	-0.0295	0.0421	0.1928	-0.0143	0.1921	-1.5067	45.4435	44.2046
3	0.5651	0.3027	-0.1594	1.0808	-0.2778	0.5101	0.0657	-0.0874	0.0187	0.1583	-0.0468	0.0103	-0.1383	-0.0203	0	0.315	0.0043	-0.1115	0.2016	-0.0382	0.2324	-41.4076	-8.9745	-13.9231
4	0.7609	-0.3897	0.0899	0.8803	0.6249	1.7795	-0.0991	0.0847	-0.052	-0.1173	0.1152	0.0043	-0.0559	0.1525	0	0.1903	-0.0678	0.0184	0.2479	-0.0074	0.2198	4.7161	16.5226	1.5494
5	1.4776	0.2144	0.2834	0.6182	0.2181	0.6019	0.0368	0.2343	-0.2156	-0.357	0.0067	-0.0585	-0.249	0.1426	0	0.4847	-0.0374	-0.0808	0.3869	-0.0867	0.3034	-15.8577	-2.3879	-27.5408

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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