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- PDB-2xvp: ChiA1 from Aspergillus fumigatus, apostructure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xvp
タイトルChiA1 from Aspergillus fumigatus, apostructure
要素CLASS III CHITINASE CHIA1
キーワードHYDROLASE / GH18 / TIM BARREL / ASPERGILLOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / side of membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chitinase Cts1-like / : / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Chitinase Cts1-like / : / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Endochitinase A1
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schuettelkopf, A.W. / van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Natural Product-Guided Discovery of a Fungal Chitinase Inhibitor.
著者: Rush, C.L. / Schuettelkopf, A.W. / Hurtado-Guerrero, R. / Blair, D.E. / Ibrahim, A.F.M. / Desvergnes, S. / Eggleston, I.M. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2010年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS III CHITINASE CHIA1
B: CLASS III CHITINASE CHIA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,12412
ポリマ－68,1742
非ポリマー95010
水10,863603
1
A: CLASS III CHITINASE CHIA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6577
ポリマ－34,0871
非ポリマー5706
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CLASS III CHITINASE CHIA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4675
ポリマ－34,0871
非ポリマー3804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.729, 126.077, 213.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1338-

PO4

21A-2014-

HOH

31A-2076-

HOH

41B-2030-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.957354, -0.256074, 0.13379), (-0.056464, 0.619973, 0.782589), (-0.283347, 0.74166, -0.607993)
ベクター: 29.965, -16.039, 123.981)

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要素

#1: タンパク質 CLASS III CHITINASE CHIA1


分子量: 34086.906 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 29-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / 株: A1163 / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: B0Y2Y2, chitinase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細PO4 A 1338 IS ON A SPECIAL POSITION (SEE REMARK 375) AND HAS BEEN BUILT WITH ATOMS OMITTED (SEE ...PO4 A 1338 IS ON A SPECIAL POSITION (SEE REMARK 375) AND HAS BEEN BUILT WITH ATOMS OMITTED (SEE REMARK 610). COMPLETE SET OF ATOMS IS SYMMETRY-GENERATED (SEE ALSO REMARK 500 SUBTOPIC: CLOSE CONTACTS).
配列の詳細EXPRESSED CONSTRUCT INCLUDES RESIDUES 29 TO 337 ONLY. PHE28 OF CHAIN A IS GENERATED BY THE CLONING ...EXPRESSED CONSTRUCT INCLUDES RESIDUES 29 TO 337 ONLY. PHE28 OF CHAIN A IS GENERATED BY THE CLONING SITE PRECEDING THE INSERT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.42M-0.58M NAH2PO4, 0.83M-0.74M K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 69723 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UY2

2uy2


解像度: 2→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7.162 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24174 3507 5.1 %RANDOM
Rwork0.20155 ---
obs0.20356 65776 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9 Å20 Å20 Å2
2--2.01 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4816 0 48 603 5467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9386867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9695622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38725.062243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.23215709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4061510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7431.53087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32124957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08631937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2314.51908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 244 -
Rwork0.212 4500 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.3495 Å / Origin y: 26.1119 Å / Origin z: 76.0956 Å
111213212223313233
T0.0094 Å2-0.0022 Å20.0042 Å2-0.0323 Å2-0.004 Å2--0.0047 Å2
L0.4318 °20.0242 °2-0.0148 °2-0.9443 °20.2773 °2--0.2787 °2
S-0.0071 Å °0.0272 Å °-0.0302 Å °0.031 Å °-0.0155 Å °0.0222 Å °0.0121 Å °-0.0089 Å °0.0226 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 337
2X-RAY DIFFRACTION1B28 - 337
3X-RAY DIFFRACTION1A2001 - 2316
4X-RAY DIFFRACTION1B2001 - 2287
5X-RAY DIFFRACTION1A1338 - 1343
6X-RAY DIFFRACTION1B - A1338 - 1343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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