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- PDB-2xvk: crystal structure of alpha-xylosidase (GH31) from Cellvibrio japo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xvk
タイトルcrystal structure of alpha-xylosidase (GH31) from Cellvibrio japonicus in complex with 5-fluoro-alpha-D-xylopyranosyl fluoride
要素ALPHA-XYLOSIDASE, PUTATIVE, XYL31A
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 31 / (BETA/ALPHA) 8 BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Jelly Rolls - #380 / : / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / glycosyl hydrolase (family 31) / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 / PA14 domain ...: / Jelly Rolls - #380 / : / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / glycosyl hydrolase (family 31) / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 / PA14 domain / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,3S,5R,6S)-2,6-DIFLUOROOXANE-3,4,5-TRIOL / NICKEL (II) ION / Alpha-xylosidase, putative, xyl31A
類似検索 - 構成要素
生物種CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Larsbrink, J. / Izumi, A. / Ibatullin, F. / Nakhai, A. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. / Brumer, H.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structural and Enzymatic Characterisation of a Glycoside Hydrolase Family 31 Alpha-Xylosidase from Cellvibrio Japonicus Involved in Xyloglucan Saccharification.
著者: Larsbrink, J. / Izumi, A. / Ibatullin, F. / Nakhai, A. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. / Brumer, H.
履歴
登録2010年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status ...chem_comp / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-XYLOSIDASE, PUTATIVE, XYL31A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5757
ポリマ－115,2041
非ポリマー3716
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.524, 156.524, 227.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-XYLOSIDASE, PUTATIVE, XYL31A / ALPHA XYLOSIDASE


分子量: 115203.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE OD ATOM OF D582 LINKS TO THE C1 ATOM OF FFX.
由来: (組換発現) CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B3PBD9, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 糖 ChemComp-FFX / (2R,3S,5R,6S)-2,6-DIFLUOROOXANE-3,4,5-TRIOL / 1,5β-ジフルオロ-1-デオキシ-β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 170.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8F2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細5-FLUORO-ALPHA-D-XYLOPYRANOSYL FLUORIDE (FFX): THE FLUORIDE ATOM AT C1 OF THIS LIGAND WAS REMOVED ...5-FLUORO-ALPHA-D-XYLOPYRANOSYL FLUORIDE (FFX): THE FLUORIDE ATOM AT C1 OF THIS LIGAND WAS REMOVED BECAUSE OF THE NUCLEOPHILIC ATTACK BY THE ENZYME

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.81 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 25 % PEG MONOMETHYL ETHER 550 (PEG MME 550), 0.1 M BIS-TRIS (PH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 57181 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G3M

2g3m


解像度: 2.503→49.985 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.51 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DISORDERED SIDE CHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY AND HAVE ZERO OCCUPANCIES.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 2904 5.1 %
Rwork0.1949 --
obs0.1972 57181 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.99 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.7567 Å20 Å2-0 Å2
2--7.7567 Å20 Å2
3----15.5134 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→49.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7572 0 15 83 7670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.110591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3662775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751099
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5025-2.5920.3222870.28325254X-RAY DIFFRACTION99
2.592-2.69580.31982850.26975351X-RAY DIFFRACTION100
2.6958-2.81840.29262610.25145381X-RAY DIFFRACTION100
2.8184-2.9670.33252840.26725335X-RAY DIFFRACTION100
2.967-3.15290.31613180.26815359X-RAY DIFFRACTION100
3.1529-3.39630.29152820.23345405X-RAY DIFFRACTION100
3.3963-3.73790.22232800.19875432X-RAY DIFFRACTION100
3.7379-4.27860.19993090.15935429X-RAY DIFFRACTION100
4.2786-5.38950.17693100.13065513X-RAY DIFFRACTION100
5.3895-49.99540.2092880.16795818X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7191-0.63930.15311.04190.19450.9766-0.0659-0.10110.14730.05640.1233-0.2340.53620.5233-0.01480.25130.3154-0.08631.1894-0.07370.495762.895772.608421.8031
20.3662-0.68810.01361.69620.41860.98530.0043-0.3480.60660.18670.2361-0.5791-0.12130.5044-0.23290.0941-0.1447-0.05340.8773-0.34230.764552.9051106.242933.4572
30.7328-0.7861-0.30971.1739-0.18540.8292-0.3027-0.67880.16890.46570.412-0.17710.01670.5355-0.11030.30160.2155-0.07680.8382-0.15270.261132.348286.974442.1166
41.4738-1.1154-0.04351.11040.02261.128-0.0495-0.10220.27240.08620.1269-0.232-0.01590.3397-0.06480.21230.0219-0.01170.4366-0.02180.338428.894192.070623.9259
50.5547-0.33160.35170.70690.21260.71260.16980.4285-0.0464-0.5414-0.13150.7072-0.1546-0.38730.03660.42130.1638-0.10450.6069-0.05650.3513.548584.0622.9757
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 45:141)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 142:384)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 385:578)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 579:950)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 951:988)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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