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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xvj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the mutant bacterial flavin containing monooxygenase in complex with indole | ||||||
要素 | FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trimethylamine monooxygenase / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | METHYLOPHAGA AMINISULFIDIVORANS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, H.J. / Kang, B.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011 タイトル: Structural and Functional Analysis of Bacterial Flavin-Containing Monooxygenase Reveals its Ping-Pong-Type Reaction Mechanism. 著者: Cho, H.J. / Cho, H.Y. / Kim, K.J. / Kim, M.H. / Kim, S.W. / Kang, B.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xvj.cif.gz | 542.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xvj.ent.gz | 452.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xvj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xvj_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xvj_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2xvj_validation.xml.gz | 50 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xvj_validation.cif.gz | 67 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xvj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 54048.414 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) METHYLOPHAGA AMINISULFIDIVORANS (バクテリア) 株: SK1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83XK4, flavin-containing monooxygenase |
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-非ポリマー , 6種, 154分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MES / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 207 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 207 TO SER ...ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 15% PEG 3350 0.1 M MES PH 6.0 0.2 M AMMONIUM NITRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 294 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 50468 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NONE 解像度: 2.48→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 14.256 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.834 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→50.01 Å
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拘束条件 |
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