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- PDB-2xve: Crystal structure of bacterial flavin-containing monooxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xve
タイトルCrystal structure of bacterial flavin-containing monooxygenase
要素FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


trimethylamine monooxygenase / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NITRATE ION / Trimethylamine monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種METHYLOPHAGA AMINISULFIDIVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Cho, H.J. / Kang, B.S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and Functional Analysis of Bacterial Flavin-Containing Monooxygenase Reveals its Ping-Pong-Type Reaction Mechanism.
著者: Cho, H.J. / Cho, H.Y. / Kim, K.J. / Kim, M.H. / Kim, S.W. / Kang, B.S.
履歴
登録2010年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
B: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
C: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,46912
ポリマ－162,3743
非ポリマー2,0959
水13,421745
1
A: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
B: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4058
ポリマ－108,2492
非ポリマー1,1566
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-13.6 kcal/mol
Surface area32560 Å2
手法PISA
2
C: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
ヘテロ分子

C: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,1288
ポリマ－108,2492
非ポリマー1,8796
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area7340 Å2
ΔGint-26.8 kcal/mol
Surface area31500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.225, 68.991, 140.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE / NADPH OXIDASE / INDOLE OXIDASE


分子量: 54124.512 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHYLOPHAGA AMINISULFIDIVORANS (バクテリア)
株: SK1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83XK4, flavin-containing monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM NITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月14日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 99129 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.815 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 4942 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 94173 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20.27 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10889 0 140 745 11774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02211538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.891.94715728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.05651364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.34723.868592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.573151794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3821561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2121.56714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.399210820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.53634824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8584.54892
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.138 293 -
Rwork0.109 5446 -
obs--74.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90570.3092-0.17120.4270.01840.85410.0575-0.01890.0250.0291-0.0108-0.0422-0.08950.0946-0.04670.1338-0.0245-0.0380.0126-0.00350.149833.765641.7702-28.6378
21.32290.035-0.13930.4304-0.21791.01170.00540.0515-0.02450.0707-0.03790.0003-0.0475-0.16080.03240.0788-0.0043-0.02580.041-0.01460.0601-2.679333.0331-25.2297
30.9557-0.29680.06850.40710.09771.1697-0.0406-0.0583-0.1230.02120.00280.06980.216-0.22550.03780.1089-0.0537-0.00170.1464-0.00230.0235-18.460326.7218-69.469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 447
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 447
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 445

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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