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万見
- PDB-2xv5: Human lamin A coil 2B fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xv5
タイトルHuman lamin A coil 2B fragment
要素LAMIN-A/C
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / INTERMEDIATE FILAMENTS / NUCLEAR MEMBRANE / LEFT-HANDED COILED COIL / RIGHT-HANDED COILED COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of nuclear lamina / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Breakdown of the nuclear lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / ventricular cardiac muscle cell development / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / nuclear pore localization / Nuclear Envelope Breakdown ...structural constituent of nuclear lamina / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Breakdown of the nuclear lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / ventricular cardiac muscle cell development / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / nuclear pore localization / Nuclear Envelope Breakdown / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / XBP1(S) activates chaperone genes / nuclear lamina / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of protein localization to nucleus / intermediate filament / regulation of telomere maintenance / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / nuclear migration / muscle organ development / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / protein localization to nucleus / Meiotic synapsis / regulation of cell migration / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of protein stability / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / protein import into nucleus / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular senescence / intracellular protein localization / nuclear envelope / site of double-strand break / heterochromatin formation / nuclear membrane / cellular response to hypoxia / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein ...Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kapinos, L.E. / Burkhard, P. / Aebi, U. / Herrmann, H. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Simultaneous Formation of Right- and Left-Handed Anti-Parallel Coiled-Coil Interfaces by a Coil2 Fragment of Human Lamin A.
著者: Kapinos, L.E. / Burkhard, P. / Herrmann, H. / Aebi, U. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2010年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAMIN-A/C
B: LAMIN-A/C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8992
ポリマ－17,8992
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-19.5 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.093, 50.114, 89.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.6715, 0.6537, 0.3488), (0.7062, -0.7071, -0.0343), (0.2243, 0.2694, -0.9366)
ベクター: -38.8178, 52.1228, 84.6125)

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要素

#1: タンパク質 LAMIN-A/C / 70 KDA LAMIN / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-32


分子量: 8949.478 Da / 分子数: 2 / 断片: HUMAN LAMIN A FRAGMENT, RESIDUES 328-398 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02545
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 73% MPD, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.5 AND 100 MM NACL, 293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CU FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→33 Å / Num. obs: 5783 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 49.107 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 20.845 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28412 627 9.8 %RANDOM
Rwork0.24093 ---
obs0.24523 5783 97.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.087 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.83 Å20 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----5.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数950 0 0 7 957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.021969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1492.0031286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7831744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4295116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.07523.21456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.33115218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8551516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02199
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8591.5573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4051.5233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3922905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.3673396
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it17.4794.5380
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 39 -
Rwork0.344 310 -
obs--73.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05810.8427-2.25960.8409-2.48978.9397-0.116-0.0703-0.0527-0.1415-0.0502-0.1590.3722-0.10260.16620.3290.04310.07570.16220.03080.2284-2.157631.983950.7173
23.06960.04324.84531.8165-1.962228.5415-0.2259-0.18240.03350.1643-0.1327-0.29881.09740.34040.35860.30030.0981-0.01260.0755-0.00240.22960.067124.474544.5713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A326 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2B326 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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