PDB-2xtq: Structure of the P107A Colicin M mutant from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xtq

タイトル

Structure of the P107A Colicin M mutant from E. coli

要素

COLICIN-M

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / BACTERICIN

機能・相同性

機能・相同性情報

killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Helbig, S. / Patzer, S.I. / Braun, V. / Zeth, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Activation of Colicin M by the Fkpa Prolyl Cis- Trans Isomerase/Chaperone.
著者: Helbig, S. / Patzer, S.I. / Schiene-Fischer, C. / Zeth, K. / Braun, V.

履歴

登録	2010年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年6月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xtq.cif.gz	804.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xtq.ent.gz	673.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xtq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xtq_validation.pdf.gz	485.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xtq_full_validation.pdf.gz	515.6 KB	表示
XML形式データ	2xtq_validation.xml.gz	79.2 KB	表示
CIF形式データ	2xtq_validation.cif.gz	106.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xmxSC 2xtrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xmx-2 2xtr-2 3da3-2 2xtr-1 6yr8-d 3da3-1 2xmx-1 4cs3-d 4we6-2 1l1m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: COLICIN-M

B: COLICIN-M

C: COLICIN-M

D: COLICIN-M

E: COLICIN-M

F: COLICIN-M

G: COLICIN-M

H: COLICIN-M

236 kDa, 8 ポリマー
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1

A: COLICIN-M

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: COLICIN-M

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: COLICIN-M

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: COLICIN-M

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: COLICIN-M

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: COLICIN-M

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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7

G: COLICIN-M

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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8

H: COLICIN-M

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.852, 63.114, 189.340
Angle α, β, γ (deg.)	87.59, 82.17, 65.65
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 2 - 268 / Label seq-ID: 2 - 268

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

#1: タンパク質	COLICIN-M 分子量: 29486.479 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05820
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 107 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PRO 107 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 107 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PRO 107 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, PRO 107 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, PRO 107 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, PRO 107 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, PRO 107 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, PRO 107 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, PRO 107 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.09 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG3350 0.2 M NANO3, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→49 Å / Num. obs: 85754 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.31→2.37 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 72.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XMX

2xmx

解像度: 2.31→48.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.876 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.843 / SU B: 21.383 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.553 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27261	4514	5 %	RANDOM
R_work	0.24023	-	-	-
obs	0.24185	85754	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.646 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0.17 Å²	-0.11 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0.01 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→48.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16536	0	0	451	16987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	16950
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.95	23051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.021	5	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.586	24.267	689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.932	15	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.466	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	12799
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.784	1.5	10722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.584	2	17316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.785	3	6228
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.845	4.5	5729
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1065	tight positional	0.07	0.05
2	B	1065	tight positional	0.06	0.05
3	C	1065	tight positional	0.06	0.05
4	D	1065	tight positional	0.06	0.05
5	E	1065	tight positional	0.07	0.05
6	F	1065	tight positional	0.07	0.05
7	G	1065	tight positional	0.06	0.05
8	H	1065	tight positional	0.06	0.05
1	A	953	loose positional	0.07	5
2	B	953	loose positional	0.06	5
3	C	953	loose positional	0.06	5
4	D	953	loose positional	0.07	5
5	E	953	loose positional	0.07	5
6	F	953	loose positional	0.07	5
7	G	953	loose positional	0.07	5
8	H	953	loose positional	0.07	5
1	A	1065	tight thermal	0.15	0.5
2	B	1065	tight thermal	0.16	0.5
3	C	1065	tight thermal	0.14	0.5
4	D	1065	tight thermal	0.15	0.5
5	E	1065	tight thermal	0.15	0.5
6	F	1065	tight thermal	0.15	0.5
7	G	1065	tight thermal	0.15	0.5
8	H	1065	tight thermal	0.15	0.5
1	A	953	loose thermal	0.16	10
2	B	953	loose thermal	0.16	10
3	C	953	loose thermal	0.15	10
4	D	953	loose thermal	0.15	10
5	E	953	loose thermal	0.15	10
6	F	953	loose thermal	0.16	10
7	G	953	loose thermal	0.15	10
8	H	953	loose thermal	0.14	10

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	320	-
R_work	0.318	6081	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8275	0.2235	0.0981	0.3213	-0.3021	0.8029	-0.0034	-0.0423	0.0561	-0.0112	0.0043	-0.0743	0.0069	-0.0132	-0.0009	0.0517	0.0071	0.0182	0.0788	0.004	0.0787	12.432	-3.072	-7.645
2	0.3974	-0.2057	-0.3896	0.7513	0.5538	1.8466	0.0031	0.036	0.0923	0.0091	-0.0243	-0.0152	0.0128	-0.0913	0.0213	0.0672	-0.0197	0.0084	0.088	0.0135	0.0323	-3.478	-2.402	-2.353
3	0.3839	0.1875	-0.5879	0.8971	-0.7198	1.4174	0.1177	0.0084	0.0854	0.125	-0.0037	-0.03	-0.21	-0.0494	-0.1141	0.0807	-0.0235	0.0043	0.0749	-0.0036	0.04	-8.882	5.565	10.17
4	0.454	0.265	-2.2699	1.3161	-0.6933	12.0388	-0.0003	-0.0148	0.0041	0.1426	-0.0534	-0.0403	0.0257	0.125	0.0537	0.0382	0.019	-0.0345	0.0993	-0.0031	0.0806	-10.115	-0.386	10.878
5	3.4013	0.3572	-0.4295	1.1928	-0.9845	2.6378	0.0723	0.3159	-0.1854	-0.3392	-0.022	0.254	0.0798	0.0644	-0.0503	0.1411	0.0278	-0.0934	0.0811	-0.0287	0.0939	-27.997	-15.902	-19.228
6	0.6772	-0.1766	0.1635	0.488	-0.1026	0.152	0.031	0.0114	-0.1028	-0.0871	-0.0356	0.1204	0.0142	0.045	0.0046	0.0838	0.0068	-0.0042	0.1213	0.0048	0.0575	-23.165	-17.634	-11.636
7	0.1061	-0.3701	0.5274	1.3238	-1.8883	2.7064	0.067	-0.0205	-0.0206	-0.2201	0.0486	0.0821	0.2989	-0.0894	-0.1156	0.1071	0.0443	0.021	0.1417	0.0085	0.0314	-6.616	-36.509	1.861
8	0.6935	-1.0122	0.7219	1.5082	-1.1504	1.0824	0.0073	0.0221	-0.0516	0.0073	-0.0155	0.0524	-0.0852	-0.0061	0.0082	0.0693	-0.0084	0.0114	0.0758	0.0037	0.0425	-6.517	-35.027	-2.596
9	0.6755	-0.9745	-0.2836	1.4624	0.3878	0.2294	-0.0237	-0.0026	0.0725	0.1047	0.03	-0.1397	-0.044	-0.1131	-0.0062	0.1226	0.0196	-0.0466	0.178	0.0048	0.0748	12.481	-4.325	-35.986
10	0.3142	-0.0464	0.1997	0.1117	-0.0872	0.5521	-0.0091	0.0095	-0.0771	-0.0312	0.0179	-0.051	0.0229	-0.0601	-0.0089	0.078	-0.0101	0.0056	0.101	0.0113	0.0671	5.672	-2.25	-46.549
11	0.493	-0.2296	0.546	0.748	-0.8041	1.6273	0.0504	0.0531	-0.1291	-0.0985	0.0461	-0.0529	0.1528	-0.1117	-0.0966	0.0934	-0.0229	0.0007	0.0966	-0.0149	0.0586	-8.711	-11.13	-61.107
12	0.6698	-0.038	2.2547	0.6099	0.596	8.5506	0.0317	0.0346	0.0283	-0.0971	0.0045	-0.12	0.0395	0.1713	-0.0361	0.0814	-0.0377	0.036	0.1085	-0.0042	0.0307	-9.917	-5.102	-61.59
13	2.2631	0.3575	0.2988	1.1799	-0.2587	0.2009	0.1974	-0.2637	0.366	0.0847	-0.1809	0.2098	0.1123	0.0372	-0.0165	0.1873	-0.0239	0.0201	0.1367	-0.0748	0.0889	24.7	10.337	-31.573
14	0.5272	0.1782	-0.0174	0.4751	-0.0051	0.2103	0.0246	-0.0107	0.0645	0.0374	-0.0522	0.1008	0.0267	0.0244	0.0277	0.0799	-0.0123	0.0045	0.1133	0.0018	0.033	29.554	12.156	-39.078
15	0.376	0.4075	-0.8873	0.445	-0.9662	2.1008	0.0011	0.0237	0.0171	0.0108	0.0441	0.0179	-0.0114	-0.0845	-0.0451	0.086	0.0029	-0.0393	0.157	0.0138	0.0736	45.973	30.822	-52.697
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17	1.0645	-0.937	-0.491	0.8407	0.4063	0.5796	-0.0165	-0.0857	-0.0807	0.022	0.0995	0.0869	0.094	-0.0533	-0.0831	0.0572	-0.0454	-0.0036	0.1134	0.0244	0.0806	-46.066	-31.324	58.02
18	0.4114	-0.0557	0.2165	0.22	-0.1165	0.3302	-0.0319	0.0427	0.0175	0.0481	0.0653	-0.0055	-0.0069	-0.0004	-0.0333	0.0552	0.0051	0.0198	0.0938	-0.0084	0.0593	-46.512	-33.912	48.134
19	0.2306	0.0157	-0.0752	0.352	-0.02	0.8672	0.005	-0.0093	0.1545	-0.0602	0.0406	0.0374	-0.0274	0.07	-0.0457	0.0583	0.0017	0.0057	0.0755	0.0031	0.107	-27.404	-27.929	37.912
20	0.5268	0.1456	-2.4672	0.0634	-0.6737	12.3278	-0.01	0.0496	0.0085	-0.0133	-0.0346	0.02	-0.3158	-0.3321	0.0446	0.1624	0.0413	-0.0955	0.0991	0.0001	0.1433	-23.949	-30.61	32.133
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24	1.0729	1.0118	0.728	1.2709	1.0562	0.9399	-0.0113	-0.0133	-0.1622	-0.0673	0.037	-0.075	-0.1073	0.0487	-0.0257	0.1033	0.009	-0.0041	0.0418	0.0081	0.049	-27.084	-65.362	45.759
25	1.3303	-0.117	-1.5489	0.2237	0.0347	1.8984	0.19	0.132	0.2201	-0.1391	-0.031	-0.2137	-0.1007	-0.0907	-0.159	0.1871	0.0981	0.1109	0.1152	0.0541	0.2598	-31.956	-77.446	74.474
26	1.1495	-0.2791	-0.1707	0.2861	0.116	0.3484	0.0695	0.0261	0.0452	-0.02	-0.0623	-0.0849	0.0006	-0.0306	-0.0073	0.0805	0.0112	0.0107	0.0889	-0.005	0.0466	-37.007	-75.413	82.046
27	0.0064	0.0072	0.0168	0.2961	0.7039	1.7021	-0.0206	0.0009	0.0011	0.0005	0.0369	-0.0001	0.0052	0.1395	-0.0163	0.063	0.0056	-0.0006	0.093	-0.013	0.1162	-53.557	-56.354	95.45
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29	0.7751	0.7966	-0.2779	0.8724	-0.5568	2.0394	0.0692	0.0513	0.001	0.0776	0.0562	0.0459	-0.2335	-0.0619	-0.1254	0.0736	0.0515	-0.0396	0.1239	-0.0105	0.1073	-72.368	-91.864	78.852
30	0.6434	0.0227	0.0242	0.0691	-0.0665	0.1121	0.0292	-0.0224	-0.063	0.0148	0.0011	0.0422	0.0066	0.0412	-0.0302	0.0964	0.005	0.0096	0.1167	-0.0112	0.0537	-66.288	-89.668	89.177
31	0.3652	-0.1363	-0.2229	0.3835	0.1555	0.4934	0.0363	-0.1085	-0.1513	0.1025	-0.0001	0.035	0.0794	0.0685	-0.0362	0.1398	-0.0081	-0.0108	0.1047	0.0383	0.1311	-51.197	-98.785	104.421
32	0.9713	0.4976	0.3357	0.3422	-0.7162	9.9749	0.0537	-0.0895	-0.141	0.0446	-0.0626	-0.0815	0.0596	0.2646	0.0089	0.0937	0.0672	-0.0076	0.0904	0.038	0.0612	-50.128	-92.729	104.634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	106 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	165 - 253
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	254 - 271
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	31 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	146 - 164
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	165 - 271
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 29
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	30 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	164 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	254 - 271
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	2 - 30
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	31 - 145
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	146 - 164
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	165 - 271
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	2 - 29
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	30 - 105
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	106 - 253
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	254 - 271
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	2 - 30
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	31 - 145
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	146 - 164
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	165 - 271
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	2 - 30
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	31 - 145
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	146 - 164
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	165 - 271
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	2 - 29
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	30 - 161
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	162 - 253
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	254 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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