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万見
- PDB-2xtd: Structure of the TBL1 tetramerisation domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xtd
タイトルStructure of the TBL1 tetramerisation domain
要素TBL1 F-BOX-LIKE/WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN TBL1X
キーワードTRANSCRIPTION / N-COR REPRESSOR COMPLEX / PROTEASOME
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RORA activates gene expression / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) ...Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RORA activates gene expression / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / HDACs deacetylate histones / sensory perception of sound / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / mitotic spindle / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Circadian Clock / histone binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #30 / F-box-like/WD repeat-containing protein Ebi-like / LisH / Lissencephaly type-1-like homology motif / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site ...Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #30 / F-box-like/WD repeat-containing protein Ebi-like / LisH / Lissencephaly type-1-like homology motif / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1X
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Oberoi, J. / Fairall, L. / Watson, P.J. / Greenwood, J.A. / Schwabe, J.W.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for the Assembly of the Smrt/Ncor Core Transcriptional Repression Machinery.
著者: Oberoi, J. / Fairall, L. / Watson, P.J. / Yang, J.C. / Czimmerer, Z. / Kampmann, T. / Goult, B.T. / Greenwood, J.A. / Gooch, J.T. / Kallenberger, B.C. / Nagy, L. / Neuhaus, D. / Schwabe, J.W.R.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TBL1 F-BOX-LIKE/WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN TBL1X
B: TBL1 F-BOX-LIKE/WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN TBL1X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5672
ポリマ－15,5672
非ポリマー00
水00
1
A: TBL1 F-BOX-LIKE/WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN TBL1X
B: TBL1 F-BOX-LIKE/WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN TBL1X

A: TBL1 F-BOX-LIKE/WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN TBL1X
B: TBL1 F-BOX-LIKE/WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN TBL1X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1344
ポリマ－31,1344
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_654-x+y+1,y,-z-1/31
Buried area6770 Å2
ΔGint-60.4 kcal/mol
Surface area14360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.886, 47.886, 153.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A53 - 119
2115B53 - 119

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要素

#1: タンパク質 TBL1 F-BOX-LIKE/WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN TBL1X / TRANSDUCIN BETA-LIKE PROTEIN 1X / TBL1 / TRANSDUCIN -BETA-LIKE PROTEIN1\ / X-LINKED / SMAP55


分子量: 7783.602 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL TETRAMERISATION DOMAIN, RESIDUES 1-71 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISOFORM 2 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60907
配列の詳細TBL1X ISOFORM B, UNIPROT ISOFORM 2.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5 / 詳細: 15% MPD, 0.05 M SODIUM ACETATE PH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→51 Å / Num. obs: 3503 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XTC

2xtc


解像度: 3.2→51.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.674 / ESU R Free: 0.566 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3153 162 4.6 %RANDOM
Rwork0.2783 ---
obs0.28001 3339 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 106.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.64 Å21.32 Å20 Å2
2--2.64 Å20 Å2
3----3.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→51.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1014 0 0 0 1014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0221034
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0021.9431405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3715130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.78325.31947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.4315162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.478152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2780.233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A48medium positional0.140.5
2B48medium positional0.140.5
1A42loose positional0.725
2B42loose positional0.725
LS精密化 シェル解像度: 3.202→3.285 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 13 -
Rwork0.334 218 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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