PDB-2xt2: Structure of the pentapeptide repeat protein AlbG, a resistance f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xt2

タイトル

Structure of the pentapeptide repeat protein AlbG, a resistance factor for the topoisomerase poison albicidin.

要素

MCBG-LIKE PROTEIN

キーワード

CELL CYCLE / RIGHT HANDED QUADRILATERAL BETA HELIX

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

XANTHOMONAS ALBILINEANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Blanchard, J.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Pentapeptide-Repeat Proteins that Act as Topoisomerase Poison Resistance Factors Have a Common Dimer Interface.
著者: Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Zhang, Y. / Blanchard, J.S.

履歴

登録	2010年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xt2.cif.gz	167.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xt2.ent.gz	135 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xt2_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xt2_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	2xt2_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	2xt2_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xt4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dra-1 5cyl-4 2xt4-d 5cyl-6 1f00-d 2bm5-d 6zt4-d 5cyl-2 5fn6-d 2bez-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MCBG-LIKE PROTEIN

B: MCBG-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

45.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.710, 90.242, 55.983
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.94, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	MCBG-LIKE PROTEIN / ALBG 分子量: 22772.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) XANTHOMONAS ALBILINEANS (バクテリア) プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q70C34
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.3 詳細: COMBINING NATIVE PROTEIN, 2 UL OF 20 MG ML-1, 20 MM TRIS PH 8.0, 1 MM DTT WITH PRECIPITANT, 2 UL OF 1 M MGSO4, 100 MM LISO4, 100 MM ADA PH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU-MSC RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHIC CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 29136 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.999→22.56 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	1456	5.1 %
R_work	0.1634	-	-
obs	0.1661	28848	98.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.99 Å² / k_sol: 0.425 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3954 Å²	0 Å²	7.0819 Å²
2-	-	-4.6858 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.0811 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→22.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3115	0	20	198	3333

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3203
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.204	4321
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.906	1159
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	469
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.999-2.0704	0.2501	140	0.1923	2625	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0704-2.1533	0.2409	131	0.1633	2721	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1533-2.2512	0.2493	141	0.1473	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2512-2.3698	0.2078	139	0.1542	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3698-2.5181	0.2277	136	0.1615	2777	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5181-2.7122	0.2616	150	0.1844	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7122-2.9846	0.2549	150	0.183	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9846-3.4152	0.2109	173	0.1744	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4152-4.2979	0.1752	136	0.1343	2789	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2979-22.5619	0.1946	160	0.1696	2727	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1632	0.1501	-0.0629	0.3048	0.1093	0.2276	-0.0597	-0.1242	-0.265	-0.1953	-0.0498	-0.0892	0.3105	0.0284	-0	0.2412	0.0681	0.0632	0.1791	0.0656	0.2822	19.063	39.8022	18.5964
2	0.1023	0.0367	0.0601	0.1156	-0.0391	0.0979	0.0048	-0.1738	0.0925	-0.1532	-0.0634	-0.0874	-0.0535	0.2148	-0.0001	0.173	0.0343	0.0381	0.1695	0.0347	0.1853	19.7439	49.7801	19.4354
3	0.0231	0.1586	0.0828	0.7234	0.0326	0.2008	-0.031	-0.0007	-0.0138	-0.0607	-0.1171	-0.3998	0.0825	0.1145	-0	0.1436	0.0144	0.0035	0.1588	0.0246	0.2014	22.9535	61.0153	18.662
4	0.0298	0.1296	-0.0394	0.1453	-0.0504	0.0055	0.0472	-0.2194	0.2754	-0.0523	-0.0777	-0.4494	-0.1583	0.1527	-0.0002	0.1936	-0.0474	0.035	0.166	0.0208	0.3256	25.9827	75.1295	16.1988
5	-0.0041	-0.0049	-0.0072	0.0148	0.0135	0.0017	-0.2796	-0.1349	0.0284	0.0865	-0.1526	0.2391	-0.0308	-0.1786	-0	0.2348	-0.0807	-0.0434	0.2583	0.0073	0.3901	23.6211	87.8334	9.1109
6	0.0123	-0.0094	0.0034	-0.0332	-0.0233	0.0039	0.1157	0.0069	0.2312	-0.0262	-0.1118	-0.0929	-0.1907	0.1887	-0.0087	0.1884	-0.0256	-0.0362	0.1114	-0.0408	0.1451	48.5483	125.6192	10.2434
7	0.2703	0.4393	0.0403	0.3872	0.0482	0.1351	0.0712	-0.1026	0.0639	0.0102	-0.0717	0.0237	-0.1368	-0.0498	-0.0281	0.144	0.0274	-0.0062	0.1547	-0.025	0.0716	42.9459	118.8011	12.4923
8	0.5188	0.2766	-0.4737	0.5202	-0.2013	0.1466	0.0432	-0.2313	-0.1062	-0.1101	-0.0403	0.0349	-0.0469	0.0384	0.025	0.0603	-0.0062	-0.0351	0.1524	0.0519	0.0339	36.177	103.2286	14.6499
9	-0.0051	0.0125	-0.0162	0.0629	0.0887	0.0553	-0.2557	-0.3891	-0.3747	-0.3139	0.195	0.2547	0.3021	-0.2205	-0	0.1568	-0.0088	0.0119	0.2787	0.1424	0.3159	27.5911	91.3416	17.7108
10	0.0066	0.0753	-0.0262	0.0673	0.0154	0.0149	-0.1434	-0.2587	-0.2344	-0.114	-0.0039	-0.5037	-0.1541	-0.4204	-0.0005	0.2324	-0.0704	0.0219	0.1682	0.096	0.4242	32.9833	81.701	14.9353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 9:67)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 68:89)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 90:167)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 168:193)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 194:199)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 1:26)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 27:75)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 76:167)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 168:181)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 182:199)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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