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- PDB-2xst: Crystal Structure of the Human Lipocalin 15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xst
タイトルCrystal Structure of the Human Lipocalin 15
要素LIPOCALIN 15
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LCN15 / MSFL2541
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of fatty acids / small molecule binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Gileadi, C. / Yue, W.W. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Phillips, C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. ...Muniz, J.R.C. / Gileadi, C. / Yue, W.W. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Phillips, C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Lipocalin 15
著者: Muniz, J.R.C. / Gileadi, C. / Yue, W.W. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Phillips, C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.
履歴
登録2010年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Source and taxonomy ...Database references / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPOCALIN 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0822
ポリマ－18,0191
非ポリマー621
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.800, 44.800, 126.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 LIPOCALIN 15


分子量: 18019.486 Da / 分子数: 1 / 断片: LIPOCALIN 15 PRECURSOR, RESIDUES 19-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q6UWW0
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.67 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M HEPES PH7.5, 1.4 M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→38.8 Å / Num. obs: 17872 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 21.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→38.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9563 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1852 912 5.11 %RANDOM
Rwork0.1561 ---
obs0.1576 17841 --
原子変位パラメータBiso mean: 29.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5594 Å20 Å20 Å2
2---2.5594 Å20 Å2
3---5.1189 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.183 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→38.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1167 0 4 144 1315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011232HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.081673HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d564SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes28HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes181HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1232HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion153SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1507SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.73 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 168 5.86 %
Rwork0.2036 2700 -
all0.2059 2868 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85810.0361-2.52567.6216-3.31171.7442-0.0687-0.2199-0.04990.1887-0.033-0.4229-0.23270.15190.1017-0.0351-0.0325-0.0764-0.1131-0.0236-0.122739.108311.249724.5411
21.0376-0.15571.04661.7061-1.2832.9119-0.099-0.026-0.02030.0190.19260.2926-0.1608-0.5044-0.0936-0.05910.0614-0.00590.04690.0152-0.050219.95457.242820.2866
35.75083.50572.0214.4233-1.32694.8892-0.14480.3877-0.237-0.11980.0087-0.24660.30820.18310.13610.04360.02530.0019-0.0064-0.0379-0.026335.6605-2.92520.1004
4-0.69741.0864-0.63041.487-1.6160.50850.0323-0.0188-0.11720.00660.00960.24180.0989-0.1695-0.04190.1602-0.0953-0.06470.24570.0170.086619.3334-4.956319.7701
50.95270.0074-0.48260.9286-0.44891.0421-0.03270.0585-0.1241-0.0810.0375-0.03950.1052-0.0179-0.0047-0.0215-0.0359-0.0107-0.02990.0072-0.103934.20584.874413.9045
61.5263-0.15090.32341.079-1.40052.8826-0.13940.10970.09690.08680.11050.1316-0.3787-0.18510.02890.02680.0383-0.0135-0.0337-0.0057-0.067826.782610.400620.633
71.522-0.78110.66233.3233-0.57236.0252-0.0432-0.21030.46480.28240.01740.2523-0.8273-0.41280.0259-0.01740.16150.0356-0.11340.0188-0.130120.731917.706623.9728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1A 22 A 32
2X-RAY DIFFRACTION2A 33 A 63
3X-RAY DIFFRACTION3A 64 A 75
4X-RAY DIFFRACTION4A 76 A 85
5X-RAY DIFFRACTION5A 86 A 110
6X-RAY DIFFRACTION6A 111 A 145
7X-RAY DIFFRACTION7A 146 A 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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