PDB-2xsc: Crystal structure of the cell-binding B oligomer of verotoxin-1 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xsc

タイトル

Crystal structure of the cell-binding B oligomer of verotoxin-1 from E. coli

要素

SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

modulation of host virulence by virus / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 2.052 Å

データ登録者

Stein, P.E. / Boodhoo, A. / Tyrrell, G.J. / Brunton, J.L. / Oeffner, R.D. / Bunkoczi, G. / Read, R.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of the Cell-Binding B Oligomer of Verotoxin-1 from E. Coli.
著者: Stein, P.E. / Boodhoo, A. / Tyrrell, G.J. / Brunton, J.L. / Read, R.J.

履歴

登録	2010年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2010年10月13日	ID: 1BOV
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xsc.cif.gz	145.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xsc.ent.gz	124.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xsc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xsc_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xsc_full_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示
XML形式データ	2xsc_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	2xsc_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/2xsc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/2xsc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ojf
類似構造データ	1c48-d 1czg-d 1qoh-4 1qoh-1 1czw-1 1qoh-2 3mxg-2 2bos-d 1qoh-3 1czw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B

B: SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B

C: SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B

D: SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B

E: SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B

ヘテロ分子

38.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.600, 102.400, 56.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
1	2
2	2
3	2
4	2
5	2
1	3
2	3
3	3
4	3
5	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN D AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
2	1	1	CHAIN A AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
3	1	1	CHAIN C AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
4	1	1	CHAIN E AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
5	1	1	CHAIN B AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
1	1	2	CHAIN D AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
2	1	2	CHAIN A AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
3	1	2	CHAIN C AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
4	1	2	CHAIN E AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
5	1	2	CHAIN B AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
1	1	3	CHAIN D AND SIDECHAIN AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
2	1	3	CHAIN A AND SIDECHAIN AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
3	1	3	CHAIN C AND SIDECHAIN AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
4	1	3	CHAIN E AND SIDECHAIN AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
5	1	3	CHAIN B AND SIDECHAIN AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.66772, 0.74199, -0.05993), (-0.50405, 0.39141, -0.76989), (-0.54779, 0.54428, 0.63536)	-7.67502, 14.74852, -11.4853
2	given	(0.09731, 0.69728, -0.71016), (-0.15327, -0.69454, -0.70294), (-0.98338, 0.17725, 0.03928)	-6.16588, 32.57329, -2.07367
3	given	(0.08401, -0.07394, -0.99372), (0.63323, -0.76603, 0.11053), (-0.76939, -0.63853, -0.01754)	6.47485, 30.19076, 12.07049
4	given	(0.62561, -0.53374, -0.56898), (0.77047, 0.30828, 0.55798), (-0.12241, -0.78745, 0.60409)	11.54872, 9.70221, 13.46176

#1: タンパク質	SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B / SLT-1 B SUBUNIT / SLT-1B / SLT-IB / VEROCYTOTOXIN 1 SUBUNIT B / VEROTOXIN 1 SUBUNIT B 分子量: 7698.634 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 21-89 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: TB1 (PJLB 120) / 参照: UniProt: P69178, UniProt: P69179*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 12% PEG8000, 50 MM MOPS PH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→24.6 Å / Num. obs: 19617 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 21.59 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.052→24.634 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	1005	5.1 %
R_work	0.1423	-	-
obs	0.1448	19617	88.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 20.811 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7744 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.4198 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.1942 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.052→24.634 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2700	0	3	145	2848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.948	9798
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7	1361
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	856

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	D	168	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	A	168	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.14
1	3	C	168	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.132
1	4	E	168	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.126
1	5	B	136	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.148
2	1	D	84	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	A	84	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.287
2	3	C	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.226
2	4	E	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.239
2	5	B	52	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.261
3	1	D	216	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	A	216	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.347
3	3	C	227	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.298
3	4	E	227	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.27
3	5	B	157	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.31

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0525-2.1606	0.2485	112	0.2027	1386	X-RAY DIFFRACTION	48
2.1606-2.2959	0.2394	120	0.1706	2560	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2959-2.473	0.2125	97	0.1527	2759	X-RAY DIFFRACTION	92
2.473-2.7216	0.2365	191	0.1502	2789	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7216-3.1148	0.191	148	0.1334	2955	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1148-3.9217	0.1651	172	0.1187	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9217-24.6361	0.1583	165	0.1269	3164	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5546	-0.0753	-0.0156	0.7632	-0.6201	1.42	0.127	-0.0598	0.0561	-0.0872	0.1003	0.111	-0.107	-0.0448	-0.1073	0.1292	-0.0048	-0.0111	0.1473	0.0059	0.0697	4.2422	24.898	-24.406
2	1.3013	0.4438	0.7514	1.1885	-0.5554	1.423	-0.0795	0.2021	0.3916	-0.1594	0.0287	0.2246	-0.0707	-0.2092	0.027	0.1236	-0.0118	0.0013	0.1473	0.0139	0.2017	15.1986	41.0237	-15.6692
3	1.0819	-0.1047	-0.0802	0.6285	0.0383	0.3656	-0.045	0.1032	0.1886	-0.0774	0.0397	-0.0951	-0.0528	-0.0364	-0.0049	0.0615	-0.0186	0.0038	0.0721	0.0033	0.0596	29.0087	31.6205	-2.9688
4	1.049	-0.432	0.3067	0.8011	1.3275	1.0225	-0.0128	-0.0381	-0.1051	0.074	0.1266	0.0527	0.1837	0.0185	-0.0932	0.0904	0.0017	0.0138	0.0349	0.0305	0.072	29.1226	10.9712	-6.7722
5	2.4395	-1.2733	0.3743	-0.425	0.0245	1.0926	0.1258	0.2101	-0.8352	-0.1244	-0.0333	0.2682	0.3495	-0.0713	-0.1232	0.2048	-0.0433	-0.062	0.1093	-0.0333	0.2712	14.7888	7.231	-21.4882

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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