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- PDB-2xsc: Crystal structure of the cell-binding B oligomer of verotoxin-1 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xsc
タイトルCrystal structure of the cell-binding B oligomer of verotoxin-1 from E. coli
要素SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated modulation of host virulence / symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shiga-like toxin 1 subunit B / Shiga-like toxin 1 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Stein, P.E. / Boodhoo, A. / Tyrrell, G.J. / Brunton, J.L. / Oeffner, R.D. / Bunkoczi, G. / Read, R.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of the Cell-Binding B Oligomer of Verotoxin-1 from E. Coli.
著者: Stein, P.E. / Boodhoo, A. / Tyrrell, G.J. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
履歴
登録2010年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2010年10月13日ID: 1BOV
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B
B: SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B
C: SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B
D: SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B
E: SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6898
ポリマ－38,4935
非ポリマー1963
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-39.5 kcal/mol
Surface area14340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.600, 102.400, 56.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
12
22
32
42
52
13
23
33
43
53

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN D AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
211CHAIN A AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
311CHAIN C AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
411CHAIN E AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
511CHAIN B AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
112CHAIN D AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
212CHAIN A AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
312CHAIN C AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
412CHAIN E AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
512CHAIN B AND BACKBONE AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
113CHAIN D AND SIDECHAIN AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
213CHAIN A AND SIDECHAIN AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
313CHAIN C AND SIDECHAIN AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
413CHAIN E AND SIDECHAIN AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...
513CHAIN B AND SIDECHAIN AND NOT (ELEMENT H OR ELEMENT...

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.66772, 0.74199, -0.05993), (-0.50405, 0.39141, -0.76989), (-0.54779, 0.54428, 0.63536)-7.67502, 14.74852, -11.4853
2given(0.09731, 0.69728, -0.71016), (-0.15327, -0.69454, -0.70294), (-0.98338, 0.17725, 0.03928)-6.16588, 32.57329, -2.07367
3given(0.08401, -0.07394, -0.99372), (0.63323, -0.76603, 0.11053), (-0.76939, -0.63853, -0.01754)6.47485, 30.19076, 12.07049
4given(0.62561, -0.53374, -0.56898), (0.77047, 0.30828, 0.55798), (-0.12241, -0.78745, 0.60409)11.54872, 9.70221, 13.46176

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要素

#1: タンパク質
SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B / SLT-1 B SUBUNIT / SLT-1B / SLT-IB / VEROCYTOTOXIN 1 SUBUNIT B / VEROTOXIN 1 SUBUNIT B


分子量: 7698.634 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 21-89 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: TB1 (PJLB 120) / 参照: UniProt: P69178, UniProt: P69179*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 12% PEG8000, 50 MM MOPS PH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→24.6 Å / Num. obs: 19617 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 21.59 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.052→24.634 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1917 1005 5.1 %
Rwork0.1423 --
obs0.1448 19617 88.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.811 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7744 Å2-0 Å20 Å2
2---2.4198 Å20 Å2
3---5.1942 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.052→24.634 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 3 145 2848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9489798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.71361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004856
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11D168X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A168X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.14
13C168X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.132
14E168X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.126
15B136X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.148
21D84X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22A84X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.287
23C88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.226
24E88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.239
25B52X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.261
31D216X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32A216X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.347
33C227X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.298
34E227X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.27
35B157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.31
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0525-2.16060.24851120.20271386X-RAY DIFFRACTION48
2.1606-2.29590.23941200.17062560X-RAY DIFFRACTION86
2.2959-2.4730.2125970.15272759X-RAY DIFFRACTION92
2.473-2.72160.23651910.15022789X-RAY DIFFRACTION95
2.7216-3.11480.1911480.13342955X-RAY DIFFRACTION99
3.1148-3.92170.16511720.11872999X-RAY DIFFRACTION100
3.9217-24.63610.15831650.12693164X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5546-0.0753-0.01560.7632-0.62011.420.127-0.05980.0561-0.08720.10030.111-0.107-0.0448-0.10730.1292-0.0048-0.01110.14730.00590.06974.242224.898-24.406
21.30130.44380.75141.1885-0.55541.423-0.07950.20210.3916-0.15940.02870.2246-0.0707-0.20920.0270.1236-0.01180.00130.14730.01390.201715.198641.0237-15.6692
31.0819-0.1047-0.08020.62850.03830.3656-0.0450.10320.1886-0.07740.0397-0.0951-0.0528-0.0364-0.00490.0615-0.01860.00380.07210.00330.059629.008731.6205-2.9688
41.049-0.4320.30670.80111.32751.0225-0.0128-0.0381-0.10510.0740.12660.05270.18370.0185-0.09320.09040.00170.01380.03490.03050.07229.122610.9712-6.7722
52.4395-1.27330.3743-0.4250.02451.09260.12580.2101-0.8352-0.1244-0.03330.26820.3495-0.0713-0.12320.2048-0.0433-0.0620.1093-0.03330.271214.78887.231-21.4882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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