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万見
- PDB-2xr0: Room temperature X-ray structure of the perdeuterated Toho-1 R274... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xr0
タイトルRoom temperature X-ray structure of the perdeuterated Toho-1 R274N R276N double mutant beta-lactamase
要素TOHO-1 BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / EXTENDED-SPECTRUM BETA-LACTAMASES / ESBLS / CTX-M-TYPE ESBLS
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase Toho-1
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tomanicek, S.J. / Wang, K.K. / Weiss, K.L. / Blakeley, M.P. / Cooper, J. / Chen, Y. / Coates, L.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2011
タイトル: The Active Site Protonation States of Perdeuterated Toho-1 Beta-Lactamase Determined by Neutron Diffraction Support a Role for Glu166 as the General Base in Acylation.
著者: Tomanicek, S.J. / Wang, K.K. / Weiss, K.L. / Blakeley, M.P. / Cooper, J. / Chen, Y. / Coates, L.
履歴
登録2010年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOHO-1 BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2794
ポリマ－27,9911
非ポリマー2883
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.500, 73.500, 99.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 TOHO-1 BETA-LACTAMASE


分子量: 27990.607 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 32-291 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FULLY PERDEUTERATED / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q47066, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細2XR0 USES A RESIDUE NUMBERING SCHEME IN WHICH RESIDUE POSITION 58, RESIDUE POSITION 239, AND ...2XR0 USES A RESIDUE NUMBERING SCHEME IN WHICH RESIDUE POSITION 58, RESIDUE POSITION 239, AND RESIDUE POSITION 253 HAVE NOT BEEN USED - GIVING A SMALL MISMATCH BETWEEN THE NUMBER OF RESIDUES IN THE DBREF SEQUENCE RANGES BELOW.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 2.0 A AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PD 5.1. PREPARED IN 99.9% D2O AND MIXED 1:1 WITH PERDEUTERATED PROTEIN PREPARED IN 20 MM NA MES AT PD 6.1 (PH 6.5).

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.54 Å / Num. obs: 15962 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 16.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 22 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WYX

2wyx


解像度: 2.2→29.54 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 16.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 800 5 %
Rwork0.133 --
obs0.135 15956 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.96 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0524 Å20 Å20 Å2
2---1.0524 Å20 Å2
3---2.1047 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1964 0 15 154 2133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1222783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.134758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.33790.19131300.12892457X-RAY DIFFRACTION97
2.3379-2.51830.19541270.13192469X-RAY DIFFRACTION98
2.5183-2.77150.19091310.14132498X-RAY DIFFRACTION98
2.7715-3.17220.19571350.14362517X-RAY DIFFRACTION98
3.1722-3.99510.14911340.12472542X-RAY DIFFRACTION99
3.9951-29.54440.15521430.13052673X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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