PDB-2xn1: Structure of alpha-galactosidase from Lactobacillus acidophilus N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xn1

タイトル

Structure of alpha-galactosidase from Lactobacillus acidophilus NCFM with TRIS

要素

ALPHA-GALACTOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

response to raffinose / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / carbohydrate catabolic process / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能

生物種

LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS NCFM (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Abou Hachem, M. / Larsen, R.J. / Sorensen, P.G. / Lo Leggio, L. / Svensson, B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Alpha-Galactosidase from Lactobacillus Acidophilus Ncfm: Insight Into Tetramer Formation and Substrate Binding.
著者: Fredslund, F. / Abou Hachem, M. / Jonsgaard Larsen, R. / Gerd Sorensen, P. / Coutinho, P.M. / Lo Leggio, L. / Svensson, B.

履歴

登録	2010年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月31日	Group: Data collection / Database references / Structure summary
改定 1.2	2011年9月14日	Group: Database references / Refinement description
改定 2.0	2018年1月17日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xn1.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xn1.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xn1_validation.pdf.gz	486.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xn1_full_validation.pdf.gz	503.3 KB	表示
XML形式データ	2xn1_validation.xml.gz	115 KB	表示
CIF形式データ	2xn1_validation.cif.gz	168.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/2xn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/2xn1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xn0SC 2xn2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fns-d 4fnt-d 2xn2-1 3mi6-d 6phw-1 4fnp-d 6pi0-1 4fnr-d 6phv-1 6phx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALPHA-GALACTOSIDASE

B: ALPHA-GALACTOSIDASE

C: ALPHA-GALACTOSIDASE

D: ALPHA-GALACTOSIDASE

ヘテロ分子

341 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.920, 150.680, 126.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9997, 0.0244, -0.0043), (0.0248, 0.9836, -0.1787), (-0.0001, -0.1787, -0.9839)	58.7341, 4.5064, 58.0567
2	given	(0.988, -0.0089, 0.1542), (-0.0089, -1, -0.0002), (0.1542, -0.0011, -0.988)	-4.3206, -11.4165, 54.6626
3	given	(-0.9883, -0.0127, -0.152), (-0.015, -0.9836, 0.1797), (-0.1517, 0.1799, 0.9719)	62.5521, -16.4909, 6.3498

#1: タンパク質	ALPHA-GALACTOSIDASE 分子量: 84587.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS NCFM (乳酸菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7WWP9, UniProt: G1UB44*PLUS, alpha-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1768 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 8-12% PEG8000, 0.1M TRIS, 10% GLYCEROL, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03908
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月27日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→22 Å / Num. obs: 181263 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 22.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 12.38 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XN0

2xn0

解像度: 2.3→21.983 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.63 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 1-4 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1871	2010	1.1 %
R_work	0.1468	-	-
obs	0.1472	181263	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.216 Å² / k_sol: 0.434 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.5711 Å²	0 Å²	-2.9516 Å²
2-	-	-3.1145 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4566 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→21.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23744	0	158	1768	25670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	24469
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.446	33021
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.643	9126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	3396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4308

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2991-2.3812	0.1923	191	0.1324	17232	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3812-2.4764	0.182	212	0.1286	17942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4764-2.5889	0.1868	177	0.1298	18000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5889-2.7252	0.2057	221	0.141	17911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7252-2.8956	0.1975	198	0.1392	17981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8956-3.1186	0.1974	197	0.1451	17975	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1186-3.4313	0.1984	211	0.142	18007	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4313-3.9254	0.1636	198	0.1312	18005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9254-4.9364	0.1377	200	0.1159	18050	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9364-21.9837	0.1765	205	0.1485	18150	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1262	0.0007	0.0441	0.2675	-0.0081	0.1652	0.0212	-0.0618	-0.0313	0.0867	-0.0467	-0.003	0.0377	0.0068	0.0185	0.095	-0.0149	0.019	0.0577	0.0168	0.0178	42.6816	-27.3631	48.9533
2	0.1879	0.0574	0.0728	0.2536	0.0284	0.1789	0.0196	0.0046	-0.0437	-0.0743	-0.0462	0.1085	0.0501	-0.0519	0.0264	0.0809	-0.0014	-0.0183	0.0668	-0.0565	0.1003	15.2577	-30.1121	14.7173
3	0.1264	0.0908	0.0585	0.307	-0.0088	0.1538	-0.0313	0.0335	0.0478	-0.1292	-0.0208	0.0209	-0.0426	0.027	0.0433	0.0991	0.0042	-0.0113	0.0384	0.0157	0.0209	45.7015	15.5352	12.8884
4	0.1201	0.0449	0.0527	0.4401	0.0572	0.2621	-0.0061	-0.0495	0.1174	0.024	-0.0758	0.228	-0.0569	-0.1095	0.0907	0.07	0.0264	-0.0048	0.1004	-0.1034	0.1694	13.337	18.6074	42.4773

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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