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万見
- PDB-2xn0: Structure of alpha-galactosidase from Lactobacillus acidophilus N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xn0
タイトルStructure of alpha-galactosidase from Lactobacillus acidophilus NCFM, PtCl4 derivative
要素ALPHA-GALACTOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to raffinose / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / carbohydrate catabolic process / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
alpha-galactosidase from lactobacil brevis / Glycosyl hydrolase family 36, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 36, C-terminal / Alpha-galactosidase, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 36 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 36 N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 36 / Melibiase / : / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site ...alpha-galactosidase from lactobacil brevis / Glycosyl hydrolase family 36, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 36, C-terminal / Alpha-galactosidase, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 36 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 36 N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 36 / Melibiase / : / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Distorted Sandwich / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alpha-galactosidase Mel36A / Alpha-galactosidase Mel36A
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS NCFM (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fredslund, F. / Abou Hachem, M. / Larsen, R.J. / Sorensen, P.G. / Lo Leggio, L. / Svensson, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Alpha-Galactosidase from Lactobacillus Acidophilus Ncfm: Insight Into Tetramer Formation and Substrate Binding.
著者: Fredslund, F. / Abou Hachem, M. / Jonsgaard Larsen, R. / Gerd Sorensen, P. / Coutinho, P.M. / Lo Leggio, L. / Svensson, B.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22011年9月14日Group: Database references / Refinement description
改定 1.32017年7月12日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG", "BG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG", "BG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-GALACTOSIDASE
B: ALPHA-GALACTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,69032
ポリマ－169,1762
非ポリマー4,51430
水15,889882
1
A: ALPHA-GALACTOSIDASE
B: ALPHA-GALACTOSIDASE
ヘテロ分子

A: ALPHA-GALACTOSIDASE
B: ALPHA-GALACTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,37964
ポリマ－338,3524
非ポリマー9,02760
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area37780 Å2
ΔGint-799.1 kcal/mol
Surface area82210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.370, 149.580, 90.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1740-

PT

21B-1733-

PT

31A-2165-

HOH

41B-2167-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.989, -0.148, -0.0058), (-0.148, 0.989, 0.0035), (0.0052, 0.0043, -1)
ベクター: 137.245, 9.9639, 136.4088)

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-GALACTOSIDASE


分子量: 84587.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS NCFM (乳酸菌)
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7WWP9, UniProt: G1UB44*PLUS, alpha-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 8-12% PEG8000, 0.1M IMIDAZOLE, 10% GLYCEROL., PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379
検出器タイプ: MARRESEARCH MAR165 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 114981 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 4.9 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 22.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→29.839 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 17.92 / 立体化学のターゲット値: MLHL / 詳細: RESIDUES 1-4 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2026 3843 3.3 %
Rwork0.1484 --
obs0.1502 114981 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.489 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7527 Å20 Å20 Å2
2--1.0286 Å20 Å2
3---0.7241 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.839 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11872 0 95 882 12849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07216505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.654560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58930.28233820.204911092X-RAY DIFFRACTION100
2.5893-2.69290.23343840.164511151X-RAY DIFFRACTION100
2.6929-2.81540.21563850.154511079X-RAY DIFFRACTION100
2.8154-2.96370.23053860.156611119X-RAY DIFFRACTION100
2.9637-3.14920.24133820.160511104X-RAY DIFFRACTION100
3.1492-3.3920.20793800.143411156X-RAY DIFFRACTION100
3.392-3.73280.1883820.137111108X-RAY DIFFRACTION100
3.7328-4.27160.16683850.123311130X-RAY DIFFRACTION100
4.2716-5.37660.15853910.11311125X-RAY DIFFRACTION100
5.3766-29.84150.17013860.138411074X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2652-0.00460.07770.0169-0.03460.3919-0.0019-0.00940.0445-0.0043-0.0096-0.00110.12590.0717-0.00060.05140.0491-0.00230.0270.00010.015582.643749.688970.7363
20.28510.1419-0.19610.31070.00540.2619-0.0030.04730.0484-0.09010.01610.02110.10220.0101-0.01410.08220.0141-0.00710.0139-0.00460.009477.658648.033136.9838
30.05640.0328-0.11370.20570.06310.36720.0158-0.02680.0249-0.0208-0.0201-0.065-0.02890.09820.00360.01920.00780.00130.06850.00840.03485.330679.327446.7372
40.22810.02630.04750.0481-0.01770.266-0.01560.01940.0123-0.0220.02290.01290.1237-0.0679-0.01750.0977-0.0496-0.01260.0351-0.01630.051147.768347.086666.1344
50.4266-0.3326-0.20410.42610.08570.406-0.0403-0.05280.06210.06170.0641-0.04040.1458-0.0239-0.01270.0911-0.01520.00130.0217-0.01460.020852.754246.007299.9056
60.0941-0.09190.01020.1001-0.05850.2248-0.0277-0.00570.0450.0065-0.0091-0.0275-0.0479-0.02780.0330.017-0.0018-0.02160.0183-0.00530.030940.613275.954790.1573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 4:332
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 333:630
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 631:732
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 4:332
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 333:630
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 631:732

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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