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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xmq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human NDRG2 protein provides insight into its role as a tumor suppressor | ||||||
![]() | PROTEIN NDRG2 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of platelet-derived growth factor production / regulation of vascular endothelial growth factor production / vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cytokine production / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / substantia nigra development / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Wnt signaling pathway / growth cone / cell differentiation ...regulation of platelet-derived growth factor production / regulation of vascular endothelial growth factor production / vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cytokine production / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / substantia nigra development / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Wnt signaling pathway / growth cone / cell differentiation / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hwang, J. / Kim, Y. / Lee, H. / Kim, M.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Ndrg2 Protein Provides Insight Into its Role as a Tumor Suppressor. 著者: Hwang, J. / Kim, Y. / Kang, H.B. / Jaroszewski, L. / Deacon, A. / Lee, H. / Choi, W.C. / Kim, K.J. / Kim, C.H. / Kang, B.S. / Lee, J.O. / Oh, T.K. / Kim, J.W. / Wilson, I.A. / Kim, M.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 24 - 304 / Label seq-ID: 1 - 281
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31338.482 Da / 分子数: 3 / 断片: ALPHA-BETA HYDROLASE DOMAIN, RESIDUES 24-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 9% PEG 8000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.4 TO 7.5). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.81→40 Å / Num. obs: 24361 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2QMQ 解像度: 2.81→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 15.182 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.372 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→40 Å
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拘束条件 |
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