PDB-2xlc: Acetyl xylan esterase from Bacillus pumilus CECT5072 bound to paraoxon

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xlc

タイトル

Acetyl xylan esterase from Bacillus pumilus CECT5072 bound to paraoxon

要素

ACETYL XYLAN ESTERASE

キーワード

HYDROLASE / CE-7 FAMILY / IRREVERSIBLE INHIBITION

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase / polysaccharide metabolic process / acetylesterase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS PUMILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Gil-Ortiz, F. / Montoro-Garcia, S. / Polo, L.M. / Rubio, V. / Sanchez-Ferrer, A.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of the Cephalosporin Deacetylating Enzyme Acetyl Xylan Esterase Bound to Paraoxon Explains the Low Sensitivity of This Serine Hydrolase to Organophosphate Inactivation.
著者: Montoro-Garcia, S. / Gil-Ortiz, F. / Garcia-Carmona, F. / Polo, L.M. / Rubio, V. / Sanchez-Ferrer, A.

履歴

登録	2010年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xlc.cif.gz	705.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xlc.ent.gz	588.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xlc_validation.pdf.gz	494.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xlc_full_validation.pdf.gz	564 KB	表示
XML形式データ	2xlc_validation.xml.gz	72.1 KB	表示
CIF形式データ	2xlc_validation.cif.gz	95.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/2xlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/2xlc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xlbC 1odsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fyt-1 3fyu-1 3fvt-2 3fvr-2 1l7a-1 1odt-1 1ods-2 2xlb-2 2xlb-1 3fvr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ACETYL XYLAN ESTERASE

B: ACETYL XYLAN ESTERASE

C: ACETYL XYLAN ESTERASE

D: ACETYL XYLAN ESTERASE

E: ACETYL XYLAN ESTERASE

F: ACETYL XYLAN ESTERASE

ヘテロ分子

219 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.049, 116.052, 100.248
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	7 - 318
2	1	1	3	B	7 - 318
3	1	1	3	C	7 - 318
4	1	1	3	D	7 - 318
5	1	1	3	E	7 - 318
6	1	1	3	F	7 - 318

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.3575, -0.6692, -0.6515), (-0.6644, -0.6725, 0.3261), (-0.6563, 0.3162, -0.685)	13.82, -10.17, 39.55
2	given	(-0.9739, 0.01226, -0.2267), (-0.0279, -0.9974, 0.06591), (-0.2253, 0.07051, 0.9717)	0.5586, -2.114, 0.3172
3	given	(0.02055, -0.5161, 0.8563), (-0.5092, -0.7425, -0.4353), (0.8604, -0.427, -0.278)	-23.2, 9.63, 33.47
4	given	(0.4026, -0.639, -0.6554), (-0.654, -0.7018, 0.2825), (-0.6404, 0.3149, -0.7005)	14.33, -8.134, 40.52
5	given	(-0.9719, -0.009972, -0.2352), (-0.008179, -0.9971, 0.07608), (-0.2352, 0.07587, 0.969)	0.9026, -1.774, 0.18

#1: タンパク質	ACETYL XYLAN ESTERASE / CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE 分子量: 36343.340 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS PUMILUS (バクテリア) / 株: CECT5072 / プラスミド: PET28A6HIS-AXE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA (DE3) PLYS / 参照: UniProt: Q9K5F2, acetylxylan esterase
#2: 化合物	ChemComp-DEP / DIETHYL PHOSPHONATE / ジエトキシホスフィニルラジカル分子量: 138.102 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₁O₃P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	DIETHYL PHOSPHATE (DEP): COVALENTLY LINKED TO RESIDUE SER181
配列の詳細	SEQUENCE CONFLICTS ARE DUE TO SEQUENCES COMING FROM DIFFERENT BACILLUS PUMILUS STRAINS, PS213 ...SEQUENCE CONFLICTS ARE DUE TO SEQUENCES COMING FROM DIFFERENT BACILLUS PUMILUS STRAINS, PS213 (UNIPROT SEQUENCE) AND CECT 5072 (PDB ENTRY 2XLC)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 0.2 M NH4 ACETATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 45% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.907
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 46958 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 54.137 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ODS

1ods

解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 30.858 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.362 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23608	2507	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21631	-	-	-
obs	0.21731	46958	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.763 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.9 Å²	0 Å²	0.73 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14506	0	48	40	14594

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.022	14969
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.635	1.948	20437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.892	5	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.924	23.657	689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.392	15	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.436	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	11732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.162	1.5	9292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.314	2	14854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.424	3	5677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.697	4.5	5583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1180	tight positional	0.01	0.05
2	B	1180	tight positional	0.01	0.05
3	C	1180	tight positional	0.01	0.05
4	D	1180	tight positional	0.01	0.05
5	E	1180	tight positional	0.01	0.05
6	F	1180	tight positional	0.01	0.05
1	A	1123	loose positional	0.01	5
2	B	1123	loose positional	0.03	5
3	C	1123	loose positional	0.01	5
4	D	1123	loose positional	0.01	5
5	E	1123	loose positional	0.01	5
6	F	1123	loose positional	0.01	5
1	A	1180	tight thermal	0.02	0.5
2	B	1180	tight thermal	0.02	0.5
3	C	1180	tight thermal	0.02	0.5
4	D	1180	tight thermal	0.01	0.5
5	E	1180	tight thermal	0.02	0.5
6	F	1180	tight thermal	0.02	0.5
1	A	1123	loose thermal	0.02	10
2	B	1123	loose thermal	0.02	10
3	C	1123	loose thermal	0.02	10
4	D	1123	loose thermal	0.02	10
5	E	1123	loose thermal	0.02	10
6	F	1123	loose thermal	0.02	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	187	-
R_work	0.309	3385	-
obs	-	-	99.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8365	-0.636	-0.1075	1.8246	0.4586	0.7656	0.0025	-0.1548	-0.0142	0.0862	0.0946	-0.1218	0.0354	0.0959	-0.0972	0.1928	-0.0621	0.0698	0.1595	0.0023	0.0631	-24.4422	-4.2259	53.5746
2	3.3837	-1.048	0.9977	2.9827	-0.215	3.1623	0.1204	0.161	0.2623	0.1491	-0.0585	0.0356	-0.1848	0.0313	-0.0618	0.2882	-0.1088	0.1031	0.159	-0.0083	0.056	-28.2855	9.9469	56.0819
3	3.3175	-1.7873	0.3111	1.1158	-0.2307	0.7368	0.244	-0.0558	0.023	0.0636	-0.0761	-0.0241	-0.0979	0.0159	-0.168	0.3136	-0.096	0.0059	0.1259	-0.0102	0.1216	-19.5763	6.1263	49.2155
4	1.5174	-0.4698	-0.2072	0.8869	0.4317	1.1593	-0.0646	0.013	-0.1245	0.0452	0.0077	-0.039	-0.0043	-0.0335	0.0569	0.2716	-0.08	0.0287	0.162	0.014	0.1069	-22.7173	-4.4188	50.7361
5	1.0759	0.0212	0.2917	0.587	0.2054	0.7789	0.0935	-0.1059	-0.111	-0.0145	-0.0524	-0.0031	0.0816	0.0299	-0.0411	0.2353	-0.0484	-0.0009	0.1292	0.0162	0.1482	-23.0727	-9.3478	41.5505
6	2.3378	0.1845	-0.5893	0.7936	-0.7806	2.2502	-0.0805	0.2758	0.1654	-0.006	0.028	0.0909	-0.1183	-0.2441	0.0525	0.1531	0.0171	0.0313	0.0567	-0.0077	0.0999	-27.1888	26.0924	17.7038
7	1.971	0.8693	-2.5506	0.7133	-0.0181	7.8947	0.0186	0.2468	0.0401	0.055	0.0897	-0.0081	-0.013	-0.748	-0.1083	0.2519	0.0464	0.0755	0.1492	0.0006	0.2372	-39.3727	20.2194	22.7392
8	1.7893	0.1959	-1.7864	0.8888	-0.476	1.8753	-0.1234	-0.0602	-0.1382	-0.0071	0.0501	0.1758	0.1355	0.0428	0.0733	0.2217	0.0225	0.0474	0.1853	0.0183	0.1945	-29.3396	14.755	20.6313
9	1.1322	0.0542	-0.8014	1.1831	0.6766	1.5478	0.0192	0.0947	0.013	0.1255	-0.0013	0.0242	0.0903	-0.0778	-0.0179	0.2275	-0.0022	0.0593	0.0953	0.0205	0.1634	-24.4114	24.4356	18.3149
10	0.4859	0.0857	0.6857	0.4838	0.0157	1.1234	0.0193	-0.0094	0.0537	0.0739	-0.0108	-0.0038	-0.0541	0.088	-0.0085	0.2821	-0.0296	0.0589	0.1122	-0.0036	0.1701	-15.1322	24.8861	23.0835
11	2.4257	0.4824	0.0138	1.4298	1.0077	2.2741	-0.0651	-0.1655	-0.3046	0.0498	0.0259	-0.237	0.138	0.3697	0.0392	0.1683	0.1037	-0.0032	0.2098	0.1335	0.1737	23.7552	-26.0665	25.6376
12	1.5769	1.6658	-0.6504	3.1504	1.8474	4.8893	0.1745	-0.3859	-0.2337	0.1277	0.1023	-0.4442	-0.1784	1.1238	-0.2768	0.1353	0.0917	-0.016	0.602	0.1182	0.2762	33.9996	-19.6854	32.7331
13	0.2275	0.1816	0.2265	1.2864	-0.0678	1.6253	-0.1114	-0.1631	-0.0235	0.1461	-0.072	-0.1406	-0.0892	0.4	0.1835	0.1366	0.0695	-0.034	0.4124	0.0828	0.2565	24.6425	-14.6517	28.0328
14	1.0804	0.5801	0.3397	0.3269	0.0794	2.0019	-0.0648	-0.1394	-0.0016	-0.0074	-0.1063	-0.0238	0.2527	0.3882	0.1711	0.1971	0.0935	0.005	0.2394	0.1221	0.2503	20.3846	-24.4969	25.2464
15	0.6137	-0.1356	-0.2381	0.4867	0.154	0.8187	-0.0992	-0.2083	-0.0949	0.0506	0.0029	-0.0362	0.0928	0.1219	0.0963	0.1756	0.0264	0.0192	0.1882	0.0555	0.23	10.3407	-25.0297	27.685
16	1.7244	-1.188	-0.7494	2.2972	-1.0833	2.3035	0.0161	-0.4008	0.0244	0.4369	0.1351	-0.0078	-0.3978	0.4714	-0.1512	0.3247	-0.1608	-0.12	0.3259	-0.011	0.1175	12.539	6.2477	57.8477
17	1.2824	-0.4457	-0.1648	1.1538	0.9381	0.9082	0.0443	-0.0161	-0.0442	0.2653	0.0038	-0.0639	0.2375	0.2405	-0.0482	0.2952	-0.0789	-0.1221	0.4961	0.0915	0.1646	15.6567	-7.3595	62.0563
18	0.2226	-0.3675	-0.3642	1.0344	0.5422	0.6224	0.078	-0.1593	-0.0226	0.0451	-0.1085	0.0371	-0.0685	0.335	0.0304	0.3119	-0.1104	-0.0448	0.481	0.0131	0.1812	8.8608	-4.23	53.129
19	0.8111	-0.1438	-0.5868	0.5308	-0.0047	0.4987	0.0485	-0.1947	-0.0089	0.2265	-0.0777	0.0264	-0.1254	0.2913	0.0292	0.3515	-0.1651	-0.072	0.4	-0.0023	0.1653	11.6109	6.4359	54.5483
20	1.2201	0.0423	-0.7091	0.3353	0.2185	0.8659	0.1067	-0.1675	0.101	0.0877	-0.0372	-0.1196	-0.1731	0.3276	-0.0695	0.3275	-0.1297	-0.0517	0.3348	0.002	0.1613	13.803	10.7772	45.2712
21	2.4523	0.9567	-1.3536	1.7746	-1.2921	1.8228	0.0276	0.3563	0.0115	-0.094	0.2284	0.1673	-0.1278	-0.4383	-0.2561	0.2023	0.0607	0.0053	0.2083	0.0022	0.0856	-22.509	-4.2196	-6.2189
22	3.5609	-1.752	-1.2347	2.5686	-0.1995	0.9019	-0.0679	0.2753	0.1518	-0.0793	0.1606	0.0631	-0.105	-0.2879	-0.0926	0.3633	0.062	-0.0478	0.169	-0.0013	0.0899	-15.2205	4.3044	-15.3524
23	1.4586	-0.288	-1.5486	0.5722	0.6893	1.9523	0.093	0.0761	0.0718	-0.0378	-0.053	0.0819	-0.2019	-0.0967	-0.04	0.3	0.0617	0.038	0.2064	0.0346	0.1094	-14.2147	4.0438	-3.7093
24	0.921	-0.3418	-1.4359	1.1718	0.084	2.5095	0.0731	0.1311	-0.0314	0.0522	-0.0067	0.1304	-0.2189	-0.3353	-0.0664	0.1679	0.0603	0.0043	0.231	0.0237	0.1519	-20.8494	-4.844	-3.1051
25	0.999	-0.3247	-0.407	0.5332	0.1354	0.6879	0.0174	0.1413	-0.0324	0.0366	0.0049	0.0303	-0.0075	-0.2423	-0.0223	0.139	0.0042	0.0133	0.1601	0.0173	0.1815	-16.6257	-12.0141	3.0216
26	1.9694	-0.1038	0.6046	2.8428	2.2334	3.445	0.1398	-0.0395	0.081	0.166	0.0826	-0.2988	-0.0576	0.3947	-0.2223	0.212	-0.0701	0.0631	0.093	-0.0104	0.0814	23.9944	2.3941	-0.7695
27	5.2116	1.1839	3.1943	0.3628	0.1887	5.5286	0.0122	0.2855	-0.4411	-0.0195	0.0521	-0.1419	0.0819	0.0061	-0.0643	0.1598	-0.023	0.094	0.1345	-0.0362	0.1029	19.2764	-7.1205	-10.7821
28	1.3759	0.6344	1.462	0.3716	1.0105	3.0095	-0.0561	-0.011	-0.2361	0.0058	0.0003	-0.0484	0.0387	0.0301	0.0558	0.1457	-0.0141	0.0021	0.1094	-0.0025	0.2213	15.5585	-5.98	0.2351
29	0.957	0.0766	0.0312	1.5979	0.3638	2.6881	0.1022	-0.1662	0.1208	-0.0078	-0.0224	-0.0603	-0.3561	0.2592	-0.0799	0.0834	-0.0702	0.0339	0.1365	-0.0009	0.1777	21.9563	2.9766	1.7082
30	1.2922	-0.5419	0.5316	0.8631	-0.5211	1.0507	0.0215	-0.1321	0.1153	0.0111	0.0021	-0.1223	-0.3328	0.1273	-0.0236	0.2302	-0.0571	0.0258	0.1269	-0.0421	0.1898	16.4251	10.5042	6.2823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	57 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	88 - 136
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	137 - 222
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	223 - 317
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	7 - 56
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	57 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	88 - 136
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	137 - 222
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	223 - 317
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	7 - 56
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	57 - 87
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	88 - 136
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	137 - 222
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	223 - 317
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	7 - 56
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	57 - 87
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	88 - 136
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	137 - 222
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	223 - 317
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	7 - 56
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	57 - 87
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	88 - 136
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	137 - 222
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	223 - 318
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	7 - 56
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	57 - 87
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	88 - 136
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	137 - 222
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	223 - 318

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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