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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xgr | ||||||
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タイトル | extracellular endonuclease | ||||||
要素 | SPD1 NUCLEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / METAL BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | STREPTOCOCCUS PYOGENES SEROTYPE M1 (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Korczynska, J.E. / Turkenburg, J.P. / Taylor, E.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012 タイトル: The Structural Characterization of a Prophage-Encoded Extracellular DNase from Streptococcus Pyogenes. 著者: Korczynska, J.E. / Turkenburg, J.P. / Taylor, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xgr.cif.gz | 59.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xgr.ent.gz | 43.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xgr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xgr_validation.pdf.gz | 446.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xgr_full_validation.pdf.gz | 450.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2xgr_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xgr_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28400.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES SEROTYPE M1 (化膿レンサ球菌) 株: GAS-SF370 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIPL / 参照: UniProt: Q9A0M1, deoxyribonuclease I | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PEG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: MALIC/MES/TRIS SYSTEM PH 6.0 25% PEG 1.5K. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→51.1 Å / Num. obs: 30345 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.7→38.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 1.686 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES FROM 1-32, 94-114 AND 251-252 ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.341 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.21 Å
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拘束条件 |
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