PDB-2xgf: Structure of the bacteriophage T4 long tail fibre needle-shaped r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xgf

タイトル

Structure of the bacteriophage T4 long tail fibre needle-shaped receptor-binding tip

要素

LONG TAIL FIBER PROTEIN P37

キーワード

VIRAL PROTEIN / FIBER PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

virus tail, fiber / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROBACTERIA PHAGE T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bartual, S.G. / Otero, J.M. / Garcia-Doval, C. / Llamas-Saiz, A.L. / Kahn, R. / Fox, G.C. / van Raaij, M.J.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2010
タイトル: Structure of the bacteriophage T4 long tail fiber receptor-binding tip.
著者: Bartual, S.G. / Otero, J.M. / Garcia-Doval, C. / Llamas-Saiz, A.L. / Kahn, R. / Fox, G.C. / van Raaij, M.J.

履歴

登録	2010年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月6日	Group: Data collection / Version format compliance
改定 1.2	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xgf.cif.gz	145.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xgf.ent.gz	113.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xgf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4om3-d 2v71-d 6fwv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LONG TAIL FIBER PROTEIN P37

B: LONG TAIL FIBER PROTEIN P37

C: LONG TAIL FIBER PROTEIN P37

ヘテロ分子

74.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.340, 53.980, 112.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.43, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 811 - 1026 / Label seq-ID: 27 - 242

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.36879, 0.80308, 0.46803), (-0.80384, -0.52838, 0.27324), (0.46673, -0.27545, 0.84041)	44.88408, 22.01918, -15.19804
2	given	(-0.34894, -0.81645, 0.46006), (0.81488, -0.50679, -0.28132), (0.46284, 0.27673, 0.84214)	40.72417, -28.71368, -13.87851
3	given	(-0.27785, 0.85619, 0.43558), (-0.85817, -0.425, 0.28797), (0.43168, -0.29379, 0.85284)	42.27775, 24.40421, -14.30125
4	given	(-0.36879, -0.80384, 0.46673), (0.80308, -0.52838, -0.27545), (0.46803, 0.27324, 0.84041)	41.34594, -28.5976, -14.25117
5	given	(-0.34893, 0.81488, 0.46284), (-0.81645, -0.50679, 0.27673), (0.46006, -0.28132, 0.84214)	44.0317, 22.53805, -15.12588
6	given	(-0.27785, -0.85817, 0.43168), (0.85619, -0.425, -0.29379), (0.43558, 0.28797, 0.85284)	38.86351, -30.02766, -13.24638

#1: タンパク質	LONG TAIL FIBER PROTEIN P37 / RECEPTOR-RECOGNIZING PROTEIN / PROTEIN GP37 分子量: 24662.695 Da / 分子数: 3 / 断片: DOMAINS 10 AND 11, RESIDUES 785-1026 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE T4 (ファージ) 解説: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN (DSMZ, BRAUNSCHWEIG, GERMANY), CATALOGUE NUMER 4505 (NCIMB 10360) プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / Variant (発現宿主): PET(AP)G57, PCDF(SM)G38 / 参照: UniProt: P03744
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION 分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.42 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 詳細: 10 MM HEPES-NAOH PH 7.5, 1 MM MANGANOUS CHLORIDE, 5 % (W/V) POLY-ETHYLENEGLYCOL 6000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID23-2	1	0.8726
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	2		1.73945, 1.74115

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARRESEARCH	1	CCD	2010年2月14日	PAIR OF (300X40X15) MM3 LONG PT COATED SI MIRROR, 260MM USABLE, IN A KIRKPATRICK-BAEZ GEOMETRY
ADSC CCD	2	CCD	2010年2月14日	PAIR OF (300X40X15) MM3 LONG PT COATED SI MIRROR, 260MM USABLE, IN A KIRKPATRICK-BAEZ GEOMETRY

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	HORIZONTALLY SIDE DIFFRACTING SILICON 111 CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	HORIZONTALLY SIDE DIFFRACTING SILICON 111 CRYSTAL	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.8726	1
2	1.73945	1
3	1.74115	1

反射

解像度: 2.2→22 Å / Num. obs: 47653 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5

反射シェル

解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 4.935 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WERE REFINED INDIVIDUALLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23813	2028	4.3 %	THIN SHELLS
R_work	0.17933	-	-	-
obs	0.18184	45619	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.542 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.15 Å²	0 Å²	-0.5 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4656	0	11	665	5332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	4779
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.394	1.906	6498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.02	5	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.932	23.667	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.034	15	657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.805	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.173	0.2	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	3170
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.139	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.677	1.5	3180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.297	2	5061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.239	3	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.659	4.5	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1552 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	1.25	5
2	B	loose positional	1.2	5
3	C	loose positional	1.23	5
1	A	loose thermal	2.36	10
2	B	loose thermal	2.35	10
3	C	loose thermal	2.47	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.318 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	226	-
R_work	0.237	6609	-
obs	-	-	99.72 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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