[日本語] English
万見
- PDB-2xgf: Structure of the bacteriophage T4 long tail fibre needle-shaped r... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xgf
タイトルStructure of the bacteriophage T4 long tail fibre needle-shaped receptor-binding tip
要素LONG TAIL FIBER PROTEIN P37
キーワードVIRAL PROTEIN / FIBER PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, fiber / virion component => GO:0044423 / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage lambda, Tail fiber protein, repeat-1 / Phage tail fibre repeat / heat- and protease-stable fragment of the bacteriophage t4 short fibre, domain 3 / Phage tail collar domain / Phage tail collar domain / Phage tail collar domain superfamily / Phage Tail Collar Domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / : / Long-tail fiber protein gp37
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROBACTERIA PHAGE T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bartual, S.G. / Otero, J.M. / Garcia-Doval, C. / Llamas-Saiz, A.L. / Kahn, R. / Fox, G.C. / van Raaij, M.J.
引用
ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2010
タイトル: Structure of the bacteriophage T4 long tail fiber receptor-binding tip.
著者: Bartual, S.G. / Otero, J.M. / Garcia-Doval, C. / Llamas-Saiz, A.L. / Kahn, R. / Fox, G.C. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2010
タイトル: Two-Chaperone Assisted Soluble Expression and Purification of the Bacteriophage T4 Long Tail Fibre Protein Gp37.
著者: Bartual, S.G. / Garcia-Doval, C. / Alonso, J. / Schoehn, G. / van Raaij, M.J.
履歴
登録2010年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Data collection / Version format compliance
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LONG TAIL FIBER PROTEIN P37
B: LONG TAIL FIBER PROTEIN P37
C: LONG TAIL FIBER PROTEIN P37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,43911
ポリマ－73,9883
非ポリマー4518
水11,980665
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39500 Å2
ΔGint-208.2 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.340, 53.980, 112.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 811 - 1026 / Label seq-ID: 27 - 242

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.36879, 0.80308, 0.46803), (-0.80384, -0.52838, 0.27324), (0.46673, -0.27545, 0.84041)44.88408, 22.01918, -15.19804
2given(-0.34894, -0.81645, 0.46006), (0.81488, -0.50679, -0.28132), (0.46284, 0.27673, 0.84214)40.72417, -28.71368, -13.87851
3given(-0.27785, 0.85619, 0.43558), (-0.85817, -0.425, 0.28797), (0.43168, -0.29379, 0.85284)42.27775, 24.40421, -14.30125
4given(-0.36879, -0.80384, 0.46673), (0.80308, -0.52838, -0.27545), (0.46803, 0.27324, 0.84041)41.34594, -28.5976, -14.25117
5given(-0.34893, 0.81488, 0.46284), (-0.81645, -0.50679, 0.27673), (0.46006, -0.28132, 0.84214)44.0317, 22.53805, -15.12588
6given(-0.27785, -0.85817, 0.43168), (0.85619, -0.425, -0.29379), (0.43558, 0.28797, 0.85284)38.86351, -30.02766, -13.24638

-
要素

#1: タンパク質 LONG TAIL FIBER PROTEIN P37 / RECEPTOR-RECOGNIZING PROTEIN / PROTEIN GP37


分子量: 24662.695 Da / 分子数: 3 / 断片: DOMAINS 10 AND 11, RESIDUES 785-1026 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE T4 (ファージ)
解説: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN (DSMZ, BRAUNSCHWEIG, GERMANY), CATALOGUE NUMER 4505 (NCIMB 10360)
プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / Variant (発現宿主): PET(AP)G57, PCDF(SM)G38 / 参照: UniProt: P03744
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 10 MM HEPES-NAOH PH 7.5, 1 MM MANGANOUS CHLORIDE, 5 % (W/V) POLY-ETHYLENEGLYCOL 6000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-210.8726
シンクロトロンESRF ID23-121.73945, 1.74115
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2010年2月14日PAIR OF (300X40X15) MM3 LONG PT COATED SI MIRROR, 260MM USABLE, IN A KIRKPATRICK-BAEZ GEOMETRY
ADSC CCD2CCD2010年2月14日PAIR OF (300X40X15) MM3 LONG PT COATED SI MIRROR, 260MM USABLE, IN A KIRKPATRICK-BAEZ GEOMETRY
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1HORIZONTALLY SIDE DIFFRACTING SILICON 111 CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2HORIZONTALLY SIDE DIFFRACTING SILICON 111 CRYSTALMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.87261
21.739451
31.741151
反射解像度: 2.2→22 Å / Num. obs: 47653 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 4.935 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WERE REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23813 2028 4.3 %THIN SHELLS
Rwork0.17933 ---
obs0.18184 45619 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.542 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å2-0.5 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4656 0 11 665 5332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214779
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9066498
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.025645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.93223.667180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03415657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8051512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1730.21898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.23170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1390.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6771.53180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29725061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23931599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6594.51437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1552 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional1.255
2Bloose positional1.25
3Cloose positional1.235
1Aloose thermal2.3610
2Bloose thermal2.3510
3Cloose thermal2.4710
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.318 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 226 -
Rwork0.237 6609 -
obs--99.72 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る