PDB-2xfa: Crystal structure of Plasmodium berghei actin depolymerization fa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xfa

タイトル

Crystal structure of Plasmodium berghei actin depolymerization factor 2

要素

ACTIN DEPOLYMERIZATION FACTOR 2

キーワード

PROTEIN BINDING / ACTIN BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

actin filament depolymerization / actin cytoskeleton / actin binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PLASMODIUM BERGHEI (ネズミマラリア原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Sattler, J.M. / Huttu, J. / Chatterjee, M. / Schueler, H. / Kursula, I.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures Explain Functional Differences in the Two Actin Depolymerization Factors of the Malaria Parasite.
著者: Singh, B.K. / Sattler, J.M. / Chatterjee, M. / Huttu, J. / Schuler, H. / Kursula, I.

履歴

登録	2010年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月31日	Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xfa.cif.gz	132.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xfa.ent.gz	105 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xfa_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xfa_full_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示
XML形式データ	2xfa_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	2xfa_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/2xfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/2xfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xf1C 1ahqS 1f7sS 2i2qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z72-1 3aqz-2 1y2f-d 4kef-d 2e0o-2 6qtm-3 6z72-3 3qio-d 6qsz-3 4g0o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ACTIN DEPOLYMERIZATION FACTOR 2

B: ACTIN DEPOLYMERIZATION FACTOR 2

34.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ACTIN DEPOLYMERIZATION FACTOR 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ACTIN DEPOLYMERIZATION FACTOR 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.580, 57.900, 40.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	ACTIN DEPOLYMERIZATION FACTOR 2 / ACTIN-DEPOLYMERIZING FACTOR / ADF 分子量: 17148.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PLASMODIUM BERGHEI (ネズミマラリア原虫) プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODONPLUS (DE3) ROSETTA / 参照: UniProt: Q4YT54, UniProt: Q3YPH0*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ACTIN DEPOLYMERIZATION FACTOR 2 / ACTIN-DEPOLYMERIZING FACTOR / ADF

分子量: 17148.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

PLASMODIUM BERGHEI (ネズミマラリア原虫)
プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODONPLUS (DE3) ROSETTA / 参照: UniProt: Q4YT54, UniProt: Q3YPH0*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / pH: 5.2 / 詳細: 26 % PEG 10000, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.2, 277 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日 / 詳細: TOROID MIRROR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSING
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, SI(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 15859 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 28.385 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1F7S, 1AHQ, AND 2I2Q

1f7s

1ahq

2i2q

解像度: 2.1→19.92 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2455	792	5 %
R_work	0.1865	-	-
obs	0.1895	15033	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.153 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9563 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.2861 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.3298 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2344	0	0	25	2369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.098	3210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.78	918
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	402

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1002-2.2316	0.3509	130	0.2583	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.4036	0.2921	130	0.2195	2464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4036-2.645	0.3	129	0.2169	2472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.645-3.0266	0.3041	131	0.2133	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0266-3.8088	0.2269	134	0.1744	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8088-19.9207	0.2047	138	0.1634	2605	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8293	-0.13	-0.9679	7.5419	1.5214	5.53	-0.0715	0.085	0.0288	-0.3141	-0.3295	0.7513	0.0226	-0.4271	0.3221	0.2495	0.0345	0.0162	0.2103	-0.0144	0.2106	17.4218	24.9402	1.258
2	2.1499	0.7595	-0.5513	5.793	-1.3272	0.2834	0.0322	0.249	-0.416	-0.6253	0.1351	-1.0192	-0.5014	0.2184	-0.1285	0.4163	0.068	0.0799	0.1982	0.0188	0.2348	26.5306	22.8461	-0.9499
3	2.6297	0.2639	1.5486	4.9295	3.664	2.9928	0.1033	0.0362	-0.6519	0.4249	-0.1109	-0.8337	0.6376	0.0486	0.0701	0.368	0.0658	0.064	0.2051	0.0475	0.3172	27.0488	20.6338	3.5972
4	2.4484	-1.2297	-0.8547	5.862	4.9252	4.3772	0.1935	0.2005	-0.0556	-1.7055	0.5762	0.3397	-1.4544	0.553	-0.509	0.4257	0.0356	0.0568	0.2689	-0.0704	0.3328	30.7547	24.2326	-10.088
5	5.2553	-0.6006	-1.0942	2.7613	-0.3605	4.6084	0.3729	-0.4212	0.2496	-0.1017	0.2837	0.396	-0.1973	-0.768	-0.6407	0.2825	-0.0002	0.0295	0.4954	0.1224	0.6013	3.5912	46.5329	15.5665
6	4.4504	-1.4537	-0.2913	9.0956	6.0728	4.2162	-1.3351	0.4722	0.5534	0.9333	-1.508	1.6216	0.1915	-0.9407	2.2631	0.3665	0.0631	-0.1066	0.4454	-0.0073	0.7486	10.5879	37.1839	0.266
7	2.4421	-1.5427	-2.5975	2.6062	1.1606	3.8689	0.4352	-1.6594	-0.0499	0.109	0.6413	-1.1052	0.2404	0.831	-0.6904	0.2255	-0.0472	-0.0768	0.8679	-0.0263	0.6253	12.3383	48.4568	23.6188
8	4.6643	2.1693	-1.9317	1.7183	0.2397	3.3742	0.5479	0.1107	0.8271	-0.4318	-0.0401	-0.7775	-0.4769	0.2152	-0.4401	0.334	0.0027	0.1362	0.3257	0.0261	0.6915	15.7472	51.4173	9.9006

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:78)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 79:103)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 104:131)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 132:143)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 1:80)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 81:86)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 87:118)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 119:143)

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