PDB-2xf7: Crystal structure of Bacillus subtilis SPP1 phage gp23.1, a putat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xf7

タイトル

Crystal structure of Bacillus subtilis SPP1 phage gp23.1, a putative chaperone. High-resolution structure.

要素

GP23.1

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

Arc Repressor Mutant, subunit A - #1530 / : / SPP1 phage GP23.1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Bacteriophage SPP1 complete nucleotide sequence

機能・相同性情報

生物種

BACILLUS PHAGE SPP1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Veesler, D. / Blangy, S. / Lichiere, J. / Ortiz-Lombardia, M. / Tavares, P. / Campanacci, V. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Bacillus Subtilis Spp1 Phage Gp23.1, A Putative Chaperone.
著者: Veesler, D. / Blangy, S. / Lichiere, J. / Ortiz-Lombardia, M. / Tavares, P. / Campanacci, V. / Cambillau, C.

履歴

登録	2010年5月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xf7.cif.gz	134.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xf7.ent.gz	107.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/2xf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/2xf7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xf5SC 2xf6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xf5-d 2xf6-1 2yms-d 6tji-1 6tje-d 1yav-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GP23.1

B: GP23.1

C: GP23.1

D: GP23.1

E: GP23.1

F: GP23.1

34.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.427, 66.902, 82.433
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GP23.1 分子量: 5687.134 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 2-51 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS PHAGE SPP1 (ファージ) / プラスミド: PETG20A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 EXPRESS IQ PLYSS / 参照: UniProt: O48468
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.49 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2M NASCN, 2.2M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97372
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→41.27 Å / Num. obs: 37993 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER-TNT	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XF5

2xf5

解像度: 1.61→22.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9598 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9481 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2008	1324	3.55 %	RANDOM
R_work	0.1684	-	-	-
obs	0.1696	37265	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2888 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.0406 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7517 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.197 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→22.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2300	0	0	320	2620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.014	2438	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	3340	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		811	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		72	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		357	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2438	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.32
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.69
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		295	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3252	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.61→1.65 Å / Total num. of bins used: 19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1991	82	3.81 %
R_work	0.1893	2071	-
all	0.1897	2153	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7429	0.7333	-0.5705	3.3718	0.7485	4.831	0.0005	-0.0677	-0.0066	0.0221	0.0441	-0.0211	0.0008	-0.3308	-0.0445	-0.1126	-0.0116	0.0007	0.1079	0.0187	-0.0997	-18.2735	9.6931	-25.2102
2	2.6763	-0.6841	-0.3672	4.8144	0.0207	0.7964	-0.0548	0.4262	0.0476	-0.0552	0.2208	0.1878	0.0383	-0.543	-0.166	-0.2046	-0.0201	-0.0002	0.2888	0.0517	-0.1814	-28.8906	10.9117	-23.1654
3	1.114	0.5628	-1.9197	2.5207	2.0373	7.8824	-0.0049	0.1728	-0.0823	-0.1304	0.0843	0.1235	0.0685	-0.9158	-0.0794	-0.1057	0.0033	-0.0092	0.1628	0.029	-0.1191	-21.5026	11.2639	-30.9411
4	1.6533	-0.1123	-0.5436	5.5598	-0.9265	3.0196	-0.025	0.043	0.0284	-0.1656	-0.0219	-0.2429	-0.1006	0.2676	0.047	-0.0897	0.0046	0.0086	0.0871	0.0222	-0.044	-7.0346	6.1138	-4.4569
5	2.4843	0.5235	-0.6795	5.4941	-0.1641	1.9637	-0.1225	-0.3417	0.0276	0.064	-0.029	-0.2865	-0.0828	0.0854	0.1515	-0.076	0.0001	0.0065	0.1292	0.0141	-0.0331	0.0464	4.7533	3.1513
6	0.7159	-0.7086	-0.3023	1.7661	0.5529	1.2171	-0.0279	-0.1358	-0.0298	-0.0102	0.0092	0.1022	0.0489	0.0028	0.0187	-0.0571	0.0148	-0.0026	0.0703	0.0226	-0.0275	-10.7326	4.7327	1.2763
7	3.8448	-0.3164	0.1443	1.9349	1.2856	3.3595	0.1624	-0.1348	-0.1052	0.086	-0.0522	-0.0316	-0.0164	-0.0621	-0.1103	-0.0839	-0.024	-0.0128	0.0534	0.0089	-0.0573	-6.0031	11.412	-31.891
8	3.3232	-0.8871	0.5794	4.3299	0.4283	1.3526	0.0573	0.0706	-0.1473	-0.1071	0.0282	0.0691	-0.0413	-0.1427	-0.0855	-0.011	-0.0025	-0.0014	0.0893	0.0139	-0.0662	-13.2999	13.5716	-39.204
9	5.8051	-2.0149	0.5353	2.4712	1.5194	3.6495	0.1538	0.4939	-0.1944	-0.1004	-0.044	0.0655	-0.1068	0.3573	-0.1098	-0.0539	-0.029	-0.0071	0.0984	-0.0259	-0.0589	-2.5356	12.8102	-37.8106
10	4.6037	0.257	-0.0026	1.2347	0.8604	4.6979	-0.0361	0.0123	-0.119	-0.0442	-0.0805	0.0028	0.1241	-0.172	0.1166	-0.0648	-0.037	0.0022	0.1123	-0.0043	-0.062	5.7205	9.8501	-24.809
11	3.3657	1.1926	0.0925	2.9664	-1.2832	4.9269	-0.0485	0.1536	-0.027	-0.209	-0.0035	-0.1851	0.0418	0.4301	0.052	-0.0954	-0.0313	0.0071	0.0971	-0.0043	-0.0941	9.4864	12.6637	-34.509
12	4.28	-2.0184	1.278	3.888	-1.0487	4.8807	0.0427	-0.0588	-0.2375	-0.0283	-0.0896	-0.0337	0.2349	0.3831	0.0469	-0.0913	-0.0159	0.0055	0.1201	-0.0093	-0.052	12.7641	9.6585	-24.3904
13	4.2514	-0.4732	-1.7405	4.8961	0.5934	4.5486	-0.1072	0.3709	-0.2724	-0.0395	-0.1718	0.1514	0.1005	-0.0319	0.2789	-0.0929	-0.0222	0.0192	0.1203	-0.0281	-0.0319	4.9062	6.7989	-11.1132
14	3.2862	-2.0204	1.9741	3.48	1.3631	3.5084	0.0335	0.1646	-0.1309	0.0493	-0.2275	-0.1306	0.09	0.7823	0.194	-0.1476	-0.019	0.0194	0.2432	0.0584	-0.1062	15.2401	7.8511	-13.1231
15	4.3441	2.2731	-2.3385	7.6732	-2.5574	5.201	-0.217	-0.0991	-0.3112	0.1337	-0.0666	-0.0194	0.3006	0.3273	0.2836	-0.099	0.0048	0.0293	0.0802	0.002	-0.0832	8.265	5.3199	-5.1965
16	5.0218	-0.0886	-1.1794	3.311	-2.0993	6.818	-0.029	0.2577	-0.0217	-0.248	-0.0354	0.0049	0.233	-0.3181	0.0644	-0.0907	0.0135	-0.0135	0.0976	0.0097	-0.0915	-18.9024	8.0563	-11.6765
17	4.458	1.1959	-1.084	5.4445	0.3223	5.0348	0.0289	-0.2519	-0.0352	0.1808	0.0291	0.2225	0.147	-0.2431	-0.0579	-0.1201	0.025	-0.0064	0.072	0.0297	-0.0954	-21.931	6.3187	-1.3928
18	4.0627	1.4363	0.8309	2.4791	-2.2314	6.4565	0.0803	0.6231	0.037	-0.0502	0.4784	0.0433	0.2278	-1.059	-0.5587	-0.1287	-0.0016	-0.0314	0.3001	0.0426	-0.0894	-25.9758	8.2694	-11.3822

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(A3-18)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(A19-32)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(A33-50)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(B2-18)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(B19-32)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(B33-50)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(C3-18)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(C19-32)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(C33-50)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(D3-18)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(D19-32)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(D33-50)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(E3-18)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(E19-32)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(E33-50)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(F2-18)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(F19-32)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(F33-49)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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