PDB-2xdq: Dark Operative Protochlorophyllide Oxidoreductase (ChlN-ChlB)2 Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xdq

タイトル

Dark Operative Protochlorophyllide Oxidoreductase (ChlN-ChlB)2 Complex

要素

(LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DPOR / (BACTERIO)CHLOROPHYLL BIOSYNTHESIS / PHOTOSYNTHESIS / NITROGENASE-LIKE

機能・相同性

機能・相同性情報

light-independent chlorophyll biosynthetic process / ferredoxin:protochlorophyllide reductase (ATP-dependent) / photosynthesis, dark reaction / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Broecker, M.J. / Schomburg, S. / Heinz, D.W. / Jahn, D. / Schubert, W.-D. / Moser, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the Nitrogenase-Like Dark Operative Protochlorophyllide Oxidoreductase Catalytic Complex (Chln/Chlb)2.
著者: Broecker, M.J. / Schomburg, S. / Heinz, D.W. / Jahn, D. / Schubert, W.-D. / Moser, J.

履歴

登録	2010年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Data collection / Version format compliance
改定 1.2	2017年4月19日	Group: Data collection
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xdq.cif.gz	368.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xdq.ent.gz	302 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xdq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xdq_validation.pdf.gz	485.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xdq_full_validation.pdf.gz	509.4 KB	表示
XML形式データ	2xdq_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	2xdq_validation.cif.gz	49.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/2xdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/2xdq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3aeq-d 3aek-d 3aet-d 3aeu-d 3aes-d 3aer-d 4gyw-d 4arn-d 4gz3-d 5hgv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT N

B: LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT B

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT N

B: LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT B

ヘテロ分子

A: LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT N

B: LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.095, 192.095, 132.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

-
LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT N / LI-POR SUBUNIT N / DPOR SUBUNIT N / CHLN 分子量: 51562.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DGH2, EC: 1.18.-.-
#2: タンパク質	LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT B / LI-POR SUBUNIT B / DPOR SUBUNIT B / CHLB 分子量: 56597.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DGC6, EC: 1.18.-.-

#1: タンパク質

LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT N / LI-POR SUBUNIT N / DPOR SUBUNIT N / CHLN

分子量: 51562.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DGH2, EC: 1.18.-.-

#2: タンパク質

LIGHT-INDEPENDENT PROTOCHLOROPHYLLIDE REDUCTASE SUBUNIT B / LI-POR SUBUNIT B / DPOR SUBUNIT B / CHLB

分子量: 56597.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DGC6, EC: 1.18.-.-

-
非ポリマー , 4種, 144分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-MGX / 1-METHYLGUANIDINE / メチルグアニジン分子量: 73.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇N₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: PROTEIN CONCENTRATION = 10 MG/ML TEMPERATURE = 17 DEGREES C ATMOSPHERE - ANAEROBIC, REDUCING METHOD - HANGING DROP VOLUMES - 3MICROL PROTEIN - 3MICROL RESERVOIR SOLUTION RESERVOIR - 9.5% PEG ...詳細: PROTEIN CONCENTRATION = 10 MG/ML TEMPERATURE = 17 DEGREES C ATMOSPHERE - ANAEROBIC, REDUCING METHOD - HANGING DROP VOLUMES - 3MICROL PROTEIN - 3MICROL RESERVOIR SOLUTION RESERVOIR - 9.5% PEG 6000, 85MM HEPES PH 7.1, CRYOPROTECTANT - 14% MPD, 15% GLYCEROL

結晶

マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: PROTEIN CONCENTRATION = 10 MG/ML TEMPERATURE = 17 DEGREES C ATMOSPHERE - ANAEROBIC, REDUCING METHOD - HANGING DROP VOLUMES - 3MICROL PROTEIN - 3MICROL RESERVOIR SOLUTION RESERVOIR - 9.5% PEG ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID29	1	0.91
シンクロトロン	SOLEIL	PROXIMA 1	2		0.9790, 0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC CCD	1	CCD	2007年12月10日
ADSC CCD	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91	1
2	0.979	1
3	0.9795	1

反射

解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 54878 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 55.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20

反射シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX	C D E	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→103.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 19.213 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2569	2817	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20127	-	-	-
obs	0.20408	52744	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.175 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.82 Å²	1.41 Å²	0 Å²
2-	-	2.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→103.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6793	0	23	140	6956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	7138
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.023	1.966	9760
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.336	5	903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.555	23.343	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.666	15	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.022	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	5426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.448	1.5	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.834	2	3481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.133	3	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.892	4.5	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.403→2.466 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	219	-
R_work	0.337	3812	-
obs	-	-	98.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.689	0.8962	0.2867	1.5168	-0.3929	3.3578	0.0603	-0.4851	0.3112	0.0197	0.0857	0.2705	-0.3525	-0.5197	-0.146	0.2355	0.3383	-0.0849	0.6694	-0.1726	0.4503	9.237	93.097	76.398
2	1.3495	0.7391	0.1565	0.4527	-0.1804	3.0214	-0.0271	0.1235	-0.1395	0.0101	0.2117	-0.1004	0.1998	-0.5004	-0.1846	0.1645	0.1678	-0.142	0.5499	-0.0732	0.3665	10.881	75.99	48.953
3	3.9138	0.4099	-2.5263	1.6961	1.9317	5.3728	-0.0194	-0.0534	-0.1541	0.3724	0.0778	-0.0476	0.7733	-0.6828	-0.0584	0.3308	-0.1157	-0.203	0.9454	0.0915	0.3087	-2.66	70.069	67.477
4	2.2429	0.8102	1.76	1.1653	0.4862	5.5665	0.0065	-0.4495	-0.1366	0.1466	0.1706	0.1868	0.5254	-1.1158	-0.1771	0.2158	-0.0028	-0.0224	0.9619	0.0753	0.307	-4.686	75.769	80.737
5	10.7299	3.8472	1.4021	1.3852	0.4443	1.118	0.4087	-0.3777	-0.2579	0.1449	-0.1305	-0.0781	0.0891	-0.2041	-0.2782	0.113	0.1441	-0.0801	0.336	-0.0397	0.1885	17.882	82.189	83.084
6	4.876	0.6748	0.1644	3.7859	-0.6424	0.1265	-0.14	-0.3609	0.3826	-1.0652	0.2433	0.7084	0.1742	-0.0556	-0.1032	0.676	-0.0015	-0.0634	0.4959	-0.0765	0.4029	32.877	100.858	79.056
7	0.9314	0.5632	-0.1839	1.8829	0.0234	1.2437	-0.0418	-0.0597	0.1761	-0.1133	0.0945	0.3331	-0.3195	-0.3051	-0.0526	0.3631	0.353	-0.1052	0.3902	-0.0712	0.4229	20.169	98.666	50.969
8	1.6691	-0.6773	0.7147	1.0753	-0.9541	1.0266	0.0299	-0.1047	0.1904	-0.0422	-0.0365	-0.0057	-0.1748	0.0593	0.0066	0.497	0.1698	-0.0068	0.229	-0.0697	0.2799	43.243	102.496	47.607
9	1.7553	-0.3399	1.1519	7.4431	-3.9642	2.7261	0.0647	0.1028	0.0728	-0.1905	-0.3642	-0.4569	0.1213	0.3815	0.2996	0.2642	0.1296	0.1551	0.4545	0.0345	0.2453	61.898	90.352	50.004
10	2.2388	-0.0553	0.4003	0.9846	-0.6967	1.7861	0.0494	-0.1295	-0.1961	-0.3415	-0.099	0.0376	0.0412	0.0259	0.0495	0.3803	0.2475	-0.0406	0.275	-0.0225	0.2827	42.33	73.161	47.944
11	1.0085	-1.0726	0.5587	3.4404	0.3746	1.2263	0.0223	-0.2944	-0.2534	-0.0921	0.059	0.3077	0.0935	-0.0236	-0.0814	0.2343	0.2207	-0.0072	0.4087	0.0793	0.2636	46.812	73.162	62.118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	309 - 425
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	602
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	145 - 259
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	260 - 308
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	426 - 450
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	486 - 494
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	-2 - 129
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	130 - 248
11	X-RAY DIFFRACTION	9	B	249 - 291
12	X-RAY DIFFRACTION	10	B	292 - 398
13	X-RAY DIFFRACTION	11	B	399 - 443

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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