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万見
- PDB-2xdn: Transcription factor TtgR H67A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xdn
タイトルTranscription factor TtgR H67A mutant
要素HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / TETR FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator TtgR
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Daniels, C. / Lu, D. / Zhang, X. / Ramos, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Domain Cross-Talk During Effector Binding to the Multidrug Binding Ttgr Regulator.
著者: Daniels, C. / Daddaoua, A. / Lu, D. / Zhang, X. / Ramos, J.L.
履歴
登録2010年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR
C: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR
D: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2934
ポリマ－95,2934
非ポリマー00
水19811
1
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6472
ポリマ－47,6472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-18.4 kcal/mol
Surface area17510 Å2
手法PISA
2
C: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR
D: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6472
ポリマ－47,6472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-17.9 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.111, 43.174, 114.803
Angle α, β, γ (deg.)96.93, 99.26, 96.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR / TTGR / TOLUENE EFFLUX PUMP TTGABC OPERON REPRESSOR


分子量: 23823.334 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株: DOT-T1E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AIU0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 67 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 67 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 67 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 67 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, HIS 67 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, HIS 67 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9745
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9745 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.7 Å / Num. obs: 37118 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 30.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→41.739 Å / SU ML: 1.24 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 32.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2879 1829 5.1 %
Rwork0.2183 --
obs0.2219 36073 88.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.731 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0747 Å2-5.9206 Å21.5813 Å2
2---2.7608 Å2-6.5666 Å2
3---0.6861 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6344 0 0 11 6355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.188739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4962345
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721019
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.25950.36961360.28182264X-RAY DIFFRACTION76
2.2595-2.3260.38111160.25672355X-RAY DIFFRACTION80
2.326-2.4010.33481500.26092489X-RAY DIFFRACTION82
2.401-2.48680.36211180.24952486X-RAY DIFFRACTION85
2.4868-2.58640.3241660.23632593X-RAY DIFFRACTION88
2.5864-2.70410.32841480.23852740X-RAY DIFFRACTION91
2.7041-2.84660.29621450.23132723X-RAY DIFFRACTION93
2.8466-3.02490.31321390.23962781X-RAY DIFFRACTION93
3.0249-3.25840.28891390.23292808X-RAY DIFFRACTION94
3.2584-3.58610.32781390.21882829X-RAY DIFFRACTION93
3.5861-4.10470.25681440.19872684X-RAY DIFFRACTION92
4.1047-5.16990.23051390.17892717X-RAY DIFFRACTION91
5.1699-41.74650.22511500.18472775X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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