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万見
- PDB-2xdi: Tryptophan repressor with L75F mutation in its apo form (no L- tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xdi
タイトルTryptophan repressor with L75F mutation in its apo form (no L- tryptophan bound)
要素TRP OPERON REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION / APO-L75F-TRPR / L-TRP BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TrpR-like / Trp repressor, bacterial / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Trp operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / CNS-XPLOR
データ登録者Tyler, R. / Copie, V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Three-Dimensional Solution NMR Structure of Apo-L75F-Trpr, a Temperature-Sensitive Mutant of the Tryptophan Repressor Protein.
著者: Tyler, R. / Pelczer, I. / Carey, J. / Copie, V.
履歴
登録2010年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Other / Version format compliance
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRP OPERON REPRESSOR
B: TRP OPERON REPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5462
ポリマ－24,5462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 TRP OPERON REPRESSOR


分子量: 12272.950 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TEMPERATURE SENSITIVE MUTANT DNA-BINDING PROTEIN / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PJPR2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): CY15075 / 参照: UniProt: P0A882

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-15N HSQC
121HN(CA)CB
131CBCA(CO) NH
141C(CO)NH
151HBHA(CO)NH
161HC(CO)NH
1711H NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED APO-L75F-TRPR

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試料調製

詳細内容: 500 MM NACL, 50 MM NAH2PO4, AND 90% H2O/10% D2O PH 5.7
試料状態pH: 5.7 / 温度: 318.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRView構造決定
精密化手法: CNS-XPLOR / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE 20 MODELS IN THE DEPOSITED CO-ORDINATE FILE HAVE SUPERIMPOSED C-ALPHA TRACES OF ONLY THE SECONDARY STRUCTURE FORMING RESIDUES. ...詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE 20 MODELS IN THE DEPOSITED CO-ORDINATE FILE HAVE SUPERIMPOSED C-ALPHA TRACES OF ONLY THE SECONDARY STRUCTURE FORMING RESIDUES. THIS IS BECAUSE IT IS MORE INFORMATIVE TO ALIGN ONLY THE STABLE SEGMENTS THAN COMPLETE BACKBONES OF APO-L75F-TRPR PROTEIN DUE TO ITS FLEXIBLE NATURE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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