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- PDB-2xci: Membrane-embedded monofunctional glycosyltransferase WaaA of Aqui... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xci
タイトルMembrane-embedded monofunctional glycosyltransferase WaaA of Aquifex aeolicus, substrate-free form
要素3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / KDTA / GSEA / GLYCOSYLTRANSFERASE SUPERFAMILY B / GT-B
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid IVA 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid transferase / Kdo transferase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / transferase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
3-Deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase, N-terminal domain / 3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase, N-terminal / 3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase, N-terminal domain superfamily / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid transferase / 3-Deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase (kdotransferase) / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / NICKEL (II) ION / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid transferase
類似検索 - 構成要素
生物種AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schmidt, H. / Hansen, G. / Hilgenfeld, R. / Mamat, U. / Mesters, J.R.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural and Mechanistic Analysis of the Membrane-Embedded Glycosyltransferase Waaa Required for Lipopolysaccharide Synthesis.
著者: Schmidt, H. / Hansen, G. / Singh, S. / Hanuszkiewicz, A. / Lindner, B. / Fukase, K. / Woodard, R.W. / Holst, O. / Hilgenfeld, R. / Mamat, U. / Mesters, J.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Waaa of the Hyperthermophilic Bacterium Aquifex Aeolicus is a Monofunctional 3-Deoxy-D-Manno-Oct-2- Ulosonic Acid Transferase Involved in Lipopolysaccharide Biosynthesis.
著者: Mamat, U. / Schmidt, H. / Munoz, E. / Lindner, B. / Fukase, K. / Hanuszkiewicz, A. / Wu, J. / Meredith, T.C. / Woodard, R.W. / Hilgenfeld, R. / Mesters, J.R. / Holst, O.
履歴
登録2010年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年5月2日Group: Other
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
B: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
C: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
D: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,30330
ポリマ－173,1154
非ポリマー2,18826
水4,468248
1
A: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
C: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,82217
ポリマ－86,5582
非ポリマー1,26415
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-65.6 kcal/mol
Surface area29530 Å2
手法PISA
2
B: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
D: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,48213
ポリマ－86,5582
非ポリマー92411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area29720 Å2
手法PISA
3
A: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,10910
ポリマ－43,2791
非ポリマー8309
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5005
ポリマ－43,2791
非ポリマー2224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7137
ポリマ－43,2791
非ポリマー4356
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9818
ポリマ－43,2791
非ポリマー7027
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.500, 45.820, 144.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE / KDO-TRANSFERASE


分子量: 43278.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア) / 株: AQ_326 / プラスミド: PUM216 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): SI-216 / 参照: UniProt: O66663

-
非ポリマー , 6種, 274分子

#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
解説: DERIVATIVE USED FOR THIS EXPERIMENT IS K3IRCL6 POTASSIUM HEXACHLORO IRIDATE (III)
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10-15 MG/ML, 25 MM TRIS-HCL, PH 8.7, 0.1 M NACL, 10% GLYCEROL, 2 MM CYMAL-6, 5 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND ...詳細: HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10-15 MG/ML, 25 MM TRIS-HCL, PH 8.7, 0.1 M NACL, 10% GLYCEROL, 2 MM CYMAL-6, 5 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND RESERVOIR (100 MM TRIS-HCL, PH 8.5, 35-40% (V/V) PEG 400, 200 MM NA-CITRATE, 50 MM 2-MERCAPTOETHANOL)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.255
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.255 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.85 Å / Num. obs: 115974 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 37.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→29.854 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2539 5821 5 %
Rwork0.2071 --
obs0.2095 115974 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.247 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3208 Å20 Å2-0.5529 Å2
2--19.052 Å20 Å2
3----13.7312 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11499 0 110 248 11857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811849
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1215846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.084516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051950
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02270.36211950.31413429X-RAY DIFFRACTION94
2.0227-2.04650.34442210.30493505X-RAY DIFFRACTION96
2.0465-2.07150.33691590.30953615X-RAY DIFFRACTION96
2.0715-2.09770.35581790.29943623X-RAY DIFFRACTION98
2.0977-2.12530.35671770.27663566X-RAY DIFFRACTION98
2.1253-2.15440.30592260.2723611X-RAY DIFFRACTION98
2.1544-2.18520.30181680.25863670X-RAY DIFFRACTION98
2.1852-2.21780.29611760.23713607X-RAY DIFFRACTION99
2.2178-2.25240.29012000.22813605X-RAY DIFFRACTION99
2.2524-2.28930.28491830.22753722X-RAY DIFFRACTION99
2.2893-2.32880.27871750.2193630X-RAY DIFFRACTION99
2.3288-2.37110.27722140.24093605X-RAY DIFFRACTION99
2.3711-2.41670.32412020.23533687X-RAY DIFFRACTION99
2.4167-2.4660.26881910.22173568X-RAY DIFFRACTION99
2.466-2.51960.28542230.21473706X-RAY DIFFRACTION99
2.5196-2.57820.2961900.22263654X-RAY DIFFRACTION99
2.5782-2.64260.2571980.22783648X-RAY DIFFRACTION99
2.6426-2.7140.31541870.22923716X-RAY DIFFRACTION100
2.714-2.79380.31052050.22493642X-RAY DIFFRACTION100
2.7938-2.88390.29951930.22033753X-RAY DIFFRACTION100
2.8839-2.98690.31271840.23363681X-RAY DIFFRACTION100
2.9869-3.10640.28161670.2293761X-RAY DIFFRACTION100
3.1064-3.24760.26591890.2173724X-RAY DIFFRACTION100
3.2476-3.41860.25452050.20483708X-RAY DIFFRACTION100
3.4186-3.63240.23521930.20123702X-RAY DIFFRACTION100
3.6324-3.91230.24852050.183764X-RAY DIFFRACTION100
3.9123-4.3050.20162080.16773728X-RAY DIFFRACTION100
4.305-4.92550.19151930.15013792X-RAY DIFFRACTION100
4.9255-6.19650.21882020.17653804X-RAY DIFFRACTION100
6.1965-29.85730.19072130.18013927X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9742-0.1625-1.31030.5739-0.16132.9063-0.0739-0.4544-0.0877-0.0120.12130.00270.1289-0.2235-0.05110.14060.0254-0.02370.43580.04450.208617.17669.859834.8673
21.3421-0.3314-0.7560.65780.50822.59-0.0937-0.5985-0.09350.05720.09090.02590.2457-0.37220.08820.17520.06740.00980.45270.02820.2264-49.3788-9.029832.2967
31.0249-0.25880.72930.66690.01452.9022-0.0972-0.50860.10370.05760.1541-0.0231-0.14750.397-0.06150.16250.02870.00810.5444-0.06330.239249.014613.412634.9981
41.577-0.49980.76340.8669-0.87212.892-0.1412-0.61150.0680.09080.0837-0.0365-0.26870.2640.07390.18660.0654-0.01880.4196-0.03580.237-17.4241-14.326632.4866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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