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万見
- PDB-2xbm: Crystal structure of the dengue virus methyltransferase bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xbm
タイトルCrystal structure of the dengue virus methyltransferase bound to a 5'- capped octameric RNA
要素
  • 5'-(*G3AP*GP*AP*AP*CP*CP*UP*GP*A)-3'
  • NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / FLAVIVIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Vaccinia Virus protein VP39 / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種DENGUE VIRUS (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yap, L.J. / Luo, D.H. / Chung, K.Y. / Lim, S.P. / Bodenreider, C. / Noble, C. / Shi, P.Y. / Lescar, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the Dengue Virus Methyltransferase Bound to a 5'-Capped Octameric RNA
著者: Yap, L.J. / Luo, D.H. / Chung, K.Y. / Lim, S.P. / Bodenreider, C. / Noble, C. / Shi, P.Y. / Lescar, J.
履歴
登録2010年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5
B: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5
C: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5
D: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5
E: 5'-(*G3AP*GP*AP*AP*CP*CP*UP*GP*A)-3'
F: 5'-(*G3AP*GP*AP*AP*CP*CP*UP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,66824
ポリマ－125,7936
非ポリマー2,87518
水8,323462
1
B: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5
D: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5
E: 5'-(*G3AP*GP*AP*AP*CP*CP*UP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,33412
ポリマ－62,8973
非ポリマー1,4379
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-105.1 kcal/mol
Surface area26100 Å2
手法PISA
2
A: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5
C: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5
F: 5'-(*G3AP*GP*AP*AP*CP*CP*UP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,33412
ポリマ－62,8973
非ポリマー1,4379
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-96.7 kcal/mol
Surface area26200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.543, 137.543, 109.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 8 - 263 / Label seq-ID: 8 - 263

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12CC
22DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5 / DENGUE VIRUS METHYLTRANSFERASE


分子量: 29796.275 Da / 分子数: 4 / 断片: METHYLTRANSFERASE, RESIDUES 2491-2753 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DENGUE VIRUS (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: C0LMU5
#2: RNA鎖 5'-(*G3AP*GP*AP*AP*CP*CP*UP*GP*A)-3' / CAPPED RNA


分子量: 3303.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 480分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: PH 5

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→60 Å / Num. obs: 50667 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 2.2
反射 シェル最高解像度: 2.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→39.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 27.681 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2572 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.205 48083 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8241 408 176 462 9287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2112.04712313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.67151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63922.948363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.564151581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7181576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2171.55158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.45128349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7633897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3864.53962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2043tight positional0.010.05
12B2043tight positional0.010.05
21C2038tight positional0.020.05
22D2038tight positional0.020.05
11A2043tight thermal0.010.5
12B2043tight thermal0.010.5
21C2038tight thermal0.010.5
22D2038tight thermal0.010.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 206 -
Rwork0.328 3569 -
obs--99.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.81450.0265-1.1272.38780.83734.30160.1605-0.1301-0.14560.2305-0.1241-0.04750.14060.2472-0.03640.2215-0.1361-0.04240.19860.04580.1745-16.641-12.1920.212
22.25170.42890.12452.4715-1.47094.2641-0.01120.3321-0.1061-0.05990.0444-0.10910.3014-0.0119-0.03320.101-0.060.01780.3399-0.05540.2029-49.852-31.387-23.767
33.34561.07560.46361.789-0.06064.470900.44320.1891-0.06480.03030.0536-0.1801-0.1915-0.03030.11170.0150.04380.40590.10060.2014-19.722-7.924-40.979
43.22131.13150.06892.05860.35244.51450.2195-0.17080.14760.3293-0.18120.1119-0.2508-0.0857-0.03840.3449-0.12490.11570.1645-0.00680.2099-52.015-26.60317.832
59.38720.55392.89540.23611.380114.4045-0.45461.38080.5952-0.14070.3208-0.0079-1.19990.63130.13390.67050.0528-0.22890.7666-0.28751.0867-26.235-41.906-16.704
62.25641.55813.26693.7358-3.074217.27120.8267-0.76080.01790.5581-0.0420.64530.3402-1.5083-0.78461.0635-0.0888-0.40190.95730.11781.3078-19.481-37.977-6.512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 263
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 263
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 263
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 263
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 8
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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