PDB-2xar: Inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xar

タイトル

Inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in complex with IP6.

要素

INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE

キーワード

TRANSFERASE / IPK / INSP5 2-K / PHYTIC ACID SYNTHASE

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus / defense response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Gonzalez, B. / Banos-Sanz, J.I. / Villate, M. / Brearley, C.A. / Sanz-Aparicio, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Inositol 1,3,4,5,6-Pentakisphosphate 2-Kinase is a Distant Ipk Member with a Singular Inositide Binding Site for Axial 2-Oh Recognition.
著者: Gonzalez, B. / Banos-Sanz, J.I. / Villate, M. / Brearley, C.A. / Sanz-Aparicio, J.

履歴

登録	2010年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月29日	Group: Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.2	2012年3月7日	Group: Other
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 2.0	2020年10月7日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xar.cif.gz	339.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xar.ent.gz	280.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xar.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/2xar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/2xar	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xalC 2xamSC 2xanC 2xaoC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xal-1 2xan-1 3a8u-d 2xao-1 2cjh-d 2jjh-d 4aqk-d 6hfb-1 4hvm-1 4tx2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE

B: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.670, 112.501, 139.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	5 - 45	5 - 45
2	1	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	5 - 45	5 - 45
1	2	VAL	VAL	SER	SER	A	A	60 - 150	60 - 150
2	2	VAL	VAL	SER	SER	B	B	60 - 150	60 - 150
1	3	CYS	CYS	ALA	ALA	A	A	162 - 271	162 - 271
2	3	CYS	CYS	ALA	ALA	B	B	162 - 271	162 - 271
1	4	HIS	HIS	CYS	CYS	A	A	282 - 330	282 - 330
2	4	HIS	HIS	CYS	CYS	B	B	282 - 330	282 - 330
1	5	PRO	PRO	GLN	GLN	A	A	349 - 376	349 - 376
2	5	PRO	PRO	GLN	GLN	B	B	349 - 376	349 - 376
1	6	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	400 - 432	400 - 432
2	6	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	400 - 432	400 - 432

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99869, 0.04544, 0.02363), (0.04719, -0.9957, -0.07972), (0.01991, 0.08073, -0.99654)
ベクター: -32.77592, 126.54977, 104.96889)

#1: タンパク質	INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE / INOSITOL 1 / 3 / 4 / 5 / 6-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE / INS(1 / 3 / 4 / 5 / 6)P5 2-KINASE / INSP5 2- ...INOSITOL 1 / 3 / 4 / 5 / 6-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE / INS(1 / 3 / 4 / 5 / 6)P5 2-KINASE / INSP5 2-KINASE / ATIPK1 分子量: 50717.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: PKLSLT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLySS 参照: UniProt: Q93YN9, inositol-pentakisphosphate 2-kinase
#2: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
配列の詳細	THERE ARE SEVERAL DISCREPANCES IN SEQUENCE BETWEEN THE DATABASE ANNOTATION AND THE CRYSTALLISED PROTEIN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.78 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.9 詳細: 22% PEG 3350, 100 MM BIS-TRIS PH 5.9 2MM MGCL2. PROTEIN WAS MIXED WITH 2 MM INOSITOL-6-P

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→112.5 Å / Num. obs: 17187 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.63 % / B_iso Wilson estimate: 67.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.76
反射シェル	解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XAM

2xam

解像度: 3.1→112.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.897 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.838 / SU B: 56.369 / SU ML: 0.486 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.607 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29888	870	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23803	-	-	-
obs	0.24103	16316	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→112.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6677	0	74	0	6751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6869
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.19	1.989	9278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.131	5	832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.597	24.63	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.371	15	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.333	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5045
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.429	1.5	4178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.809	2	6741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.841	3	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.556	4.5	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	316	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	730	tight positional	0.03	0.05
3	1	A	864	tight positional	0.04	0.05
4	1	A	392	tight positional	0.03	0.05
5	1	A	217	tight positional	0.04	0.05
6	1	A	293	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	316	tight thermal	0.12	0.5
2	2	B	730	tight thermal	0.13	0.5
3	2	B	864	tight thermal	0.12	0.5
4	2	B	392	tight thermal	0.1	0.5
5	2	B	217	tight thermal	0.1	0.5
6	2	B	293	tight thermal	0.13	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	60	-
R_work	0.306	1185	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3555	2.4374	-1.6984	3.8894	-2.3075	2.2691	0.1922	0.2143	-0.1221	-0.4816	-0.2532	-0.4026	0.4378	0.318	0.0611	0.3294	0.0595	0.0288	0.3904	0.0119	0.099	39.9092	70.4376	30.6362
2	3.7897	-0.9157	0.5258	2.9466	0.3909	2.9536	-0.2076	-0.0299	0.0768	0.5382	0.155	-0.1948	0.0857	0.1236	0.0526	0.1179	0.0175	-0.0346	0.1027	-0.0421	0.029	68.837	54.1136	80.3786
3	1.0361	-0.3268	0.3306	4.8896	-1.0585	1.0109	0.1257	0.0527	0.018	0.0924	-0.0731	0.164	-0.103	0.045	-0.0526	0.0821	-0.0366	0.0185	0.0696	-0.0174	0.0531	28.7254	74.1028	48.8706
4	2.1321	-0.0835	0.3394	3.8343	0.0126	1.3242	-0.0672	0.2363	0.1352	-0.1435	-0.0927	0.1943	0.0524	0.017	0.1599	0.0529	-0.0292	-0.0446	0.1816	0.0048	0.0759	58.0928	51.1479	60.9514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	160 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	160 - 435

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)