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万見
- PDB-2xa9: Crystal structure of trehalose synthase TreT mutant E326A from P.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xa9
タイトルCrystal structure of trehalose synthase TreT mutant E326A from P. horikoshii in complex with UDPG
要素TREHALOSE-SYNTHASE TRET
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha,alpha-trehalose synthase / trehalose synthase activity / glucose metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Trehalose synthase, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Trehalose synthase
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS HORIKOSHII (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Song, H.-N. / Jung, T.-Y. / Yoon, S.-M. / Lee, S.-B. / Lim, M.-Y. / Woo, E.-J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Insights on the New Mechanism of Trehalose Synthesis by Trehalose Synthase Tret from Pyrococcus Horikoshii.
著者: Woo, E.-J. / Ryu, S. / Song, H.-N. / Jung, T.-Y. / Yeon, S. / Lee, H. / Park, B.C. / Park, K. / Lee, S.-B.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TREHALOSE-SYNTHASE TRET
B: TREHALOSE-SYNTHASE TRET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4924
ポリマ－96,3592
非ポリマー1,1332
水2,414134
1
A: TREHALOSE-SYNTHASE TRET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7462
ポリマ－48,1801
非ポリマー5661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TREHALOSE-SYNTHASE TRET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7462
ポリマ－48,1801
非ポリマー5661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.844, 63.139, 91.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TREHALOSE-SYNTHASE TRET / PH1035


分子量: 48179.516 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS HORIKOSHII (古細菌) / 解説: HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEON / プラスミド: P6XHIS119 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061(DE3) / 参照: UniProt: O58762
#2: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 326 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 326 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: PEG3350 25%, 0.2M MGCL2, 0.1M SODIUM HEPES BUFFER, 5MM UDPG, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1.2399
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2399 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 30955 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.5→30 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→29.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 26725.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1534 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 30955 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.5545 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.72 Å20 Å2-0.17 Å2
2---5.65 Å20 Å2
3---8.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6748 0 72 134 6954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.232.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 259 5.4 %
Rwork0.298 4515 -
obs--90.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4UPG_XPLOR_PAR.TXTUPG_XPLOR_PAR.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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