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- PDB-2xa0: Crystal structure of BCL-2 in complex with a BAX BH3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xa0
タイトルCrystal structure of BCL-2 in complex with a BAX BH3 peptide
要素
  • APOPTOSIS REGULATOR BAX
  • APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
キーワードAPOPTOSIS / CELL DEATH
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation, translocation and oligomerization of BAX / Release of apoptotic factors from the mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of developmental process / Pyroptosis / leukocyte homeostasis / T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex ...Activation, translocation and oligomerization of BAX / Release of apoptotic factors from the mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of developmental process / Pyroptosis / leukocyte homeostasis / T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process / myeloid cell apoptotic process / Sertoli cell proliferation / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / development of secondary sexual characteristics / cochlear nucleus development / glycosphingolipid metabolic process / osteoblast proliferation / B cell homeostatic proliferation / mesenchymal cell development / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / retinal cell programmed cell death / B cell negative selection / positive regulation of neuron maturation / BAK complex / negative regulation of osteoblast proliferation / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / gland morphogenesis / limb morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / sex differentiation / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / stem cell development / lymphoid progenitor cell differentiation / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / T cell apoptotic process / melanocyte differentiation / apoptotic process involved in mammary gland involution / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / glomerulus development / regulation of nitrogen utilization / metanephros development / positive regulation of multicellular organism growth / focal adhesion assembly / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of viral genome replication / oocyte development / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / response to UV-B / calcium ion transport into cytosol / response to iron ion / negative regulation of ossification / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / motor neuron apoptotic process / mitochondrial fusion / axon regeneration / negative regulation of mitochondrial depolarization / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator Bcl-2 / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ku, B. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2011
タイトル: Evidence that Inhibition of Bax Activation by Bcl- 2 Involves its Tight and Preferential Interaction with the Bh3 Domain of Bax.
著者: Ku, B. / Liang, C. / Jung, J.U. / Oh, B.H.
履歴
登録2010年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
B: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
C: APOPTOSIS REGULATOR BAX
D: APOPTOSIS REGULATOR BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8674
ポリマ－52,8674
非ポリマー00
水37821
1
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
C: APOPTOSIS REGULATOR BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4342
ポリマ－26,4342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-12.1 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
2
B: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
D: APOPTOSIS REGULATOR BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4342
ポリマ－26,4342
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-14.3 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.973, 81.973, 138.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 APOPTOSIS REGULATOR BCL-2 / BCL-2


分子量: 22861.713 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPROEX HTA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIG / 参照: UniProt: P10415
#2: タンパク質・ペプチド APOPTOSIS REGULATOR BAX / BAX


分子量: 3572.035 Da / 分子数: 2 / 断片: BH3 DOMAIN, RESIDUES 52-82 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q07813
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.2), 3.0 M SODIUM FORMATE

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 14540 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G5M

1g5m


解像度: 2.7→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
詳細: RESIDUES 35-50 OF BCL-2 ARE REPLACED WITH RESIDUES 33-48 OF BCL-XL TO SOLUBILIZE THE PROTEIN AS REPORTED EARLIER (PETROS ET AL, PROC NATL ACAD SCI U S A 98, 3012-3017(2001)) . HOWEVER, THE ...詳細: RESIDUES 35-50 OF BCL-2 ARE REPLACED WITH RESIDUES 33-48 OF BCL-XL TO SOLUBILIZE THE PROTEIN AS REPORTED EARLIER (PETROS ET AL, PROC NATL ACAD SCI U S A 98, 3012-3017(2001)) . HOWEVER, THE FINAL MODEL DOES NOT INCLUDE THE ENTIRE BCL- XL SUBSTITUTION REGION, WHOSE ELECTRON DENSITIES WERE NOT OBSERVED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 708 4.6 %
Rwork0.2223 --
obs0.2223 14476 94.1 %
溶媒の処理Bsol: 44.8143 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.222 Å20 Å20 Å2
2---0.222 Å20 Å2
3---0.443 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2712 0 0 21 2733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0092
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.363
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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