PDB-2x9m: Hendra virus attachment glycoprotein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x9m

タイトル

Hendra virus attachment glycoprotein

要素

GLYCOPROTEIN G

キーワード

VIRAL PROTEIN / PARAMYXOVIRUS / VIRAL SURFACE / NIPAH VIRUS / HENIPAVIRUS / VIRUS ENVELOPE / VIRAL ATTACHMENT / HNV / NIV-G / EFNB3 / EFNB2 / EPHRINB2 / EPHRINB3

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-sialidase activity / host cell surface / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

HENDRA VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Bowden, T.A. / Crispin, M. / Harvey, D. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Dimeric Architecture of the Hendra Virus Attachment Glycoprotein: Evidence for a Conserved Mode of Assembly.
著者: Bowden, T.A. / Crispin, M. / Harvey, D.J. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I.

履歴

登録	2010年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x9m.cif.gz	659.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x9m.ent.gz	551.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2x9m_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x9m_full_validation.pdf.gz	500.7 KB	表示
XML形式データ	2x9m_validation.xml.gz	59.3 KB	表示
CIF形式データ	2x9m_validation.cif.gz	80.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/2x9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/2x9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vwdS 2vsk S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vii-2 4fgl-d 6klk-d 2zb6-1 5yz5-1 4h00-2 3q8x-d 5e5c-d 3bdz-d 1mzf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLYCOPROTEIN G

B: GLYCOPROTEIN G

C: GLYCOPROTEIN G

D: GLYCOPROTEIN G

ヘテロ分子

191 kDa, 4 ポリマー
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1

B: GLYCOPROTEIN G

D: GLYCOPROTEIN G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.5 kDa, 2 ポリマー
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2

A: GLYCOPROTEIN G

C: GLYCOPROTEIN G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.883, 84.775, 91.548
Angle α, β, γ (deg.)	103.39, 99.63, 108.62
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	LYS	LYS	A	A	187 - 192	3 - 8
2	1	GLN	GLN	LYS	LYS	B	B	187 - 192	3 - 8
3	1	GLN	GLN	LYS	LYS	C	C	187 - 192	3 - 8
4	1	GLN	GLN	LYS	LYS	D	D	187 - 192	3 - 8
1	2	THR	THR	PRO	PRO	A	A	196 - 208	12 - 24
2	2	THR	THR	PRO	PRO	B	B	196 - 208	12 - 24
3	2	THR	THR	PRO	PRO	C	C	196 - 208	12 - 24
4	2	THR	THR	PRO	PRO	D	D	196 - 208	12 - 24
1	3	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	214 - 238	30 - 54
2	3	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	214 - 238	30 - 54
3	3	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	214 - 238	30 - 54
4	3	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	214 - 238	30 - 54
1	4	ALA	ALA	THR	THR	A	A	245 - 285	61 - 101
2	4	ALA	ALA	THR	THR	B	B	245 - 285	61 - 101
3	4	ALA	ALA	THR	THR	C	C	245 - 285	61 - 101
4	4	ALA	ALA	THR	THR	D	D	245 - 285	61 - 101
1	5	VAL	VAL	SER	SER	A	A	300 - 403	116 - 219
2	5	VAL	VAL	SER	SER	B	B	300 - 403	116 - 219
3	5	VAL	VAL	SER	SER	C	C	300 - 403	116 - 219
4	5	VAL	VAL	SER	SER	D	D	300 - 403	116 - 219
1	6	SER	SER	LEU	LEU	A	A	405 - 420	221 - 236
2	6	SER	SER	LEU	LEU	B	B	405 - 420	221 - 236
3	6	SER	SER	LEU	LEU	C	C	405 - 420	221 - 236
4	6	SER	SER	LEU	LEU	D	D	405 - 420	221 - 236
1	7	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	426 - 567	242 - 383
2	7	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	426 - 567	242 - 383
3	7	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	426 - 567	242 - 383
4	7	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	426 - 567	242 - 383
1	8	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	571 - 580	387 - 396
2	8	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	571 - 580	387 - 396
3	8	VAL	VAL	ILE	ILE	C	C	571 - 580	387 - 396
4	8	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	571 - 580	387 - 396
1	9	VAL	VAL	SER	SER	A	A	587 - 602	403 - 418
2	9	VAL	VAL	SER	SER	B	B	587 - 602	403 - 418
3	9	VAL	VAL	SER	SER	C	C	587 - 602	403 - 418
4	9	VAL	VAL	SER	SER	D	D	587 - 602	403 - 418

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.7904, -0.6126, -0.0008), (-0.6126, 0.7904, 0.0053), (-0.0026, 0.0046, -1)	62.3459, -23.8757, 107.3583
2	given	(-0.9073, -0.4114, -0.0869), (-0.4126, 0.9109, -0.0048), (0.0811, 0.0315, -0.9962)	50.0494, 10.14, 103.4933
3	given	(0.9692, 0.2355, 0.0717), (-0.2365, 0.9716, 0.0071), (-0.068, -0.0238, 0.9974)	-5.7316, -37.5107, 0.3894

#1: タンパク質

GLYCOPROTEIN G / HEV-G

分子量: 47206.543 Da / 分子数: 4 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN, RESIDUES 185-604 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-ACETYLGLUCOSAMINE LINKAGES OBSERVED IN STRUCTURE ASN306, ASN378, ASN417, ASN481, AND ASN529
由来: (組換発現)

HENDRA VIRUS (ウイルス) / 解説: SYNTHETICALLY OPTIMIZED CDNA (GENEART) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): 293T / 器官 (発現宿主): EMBRYONIC KIDNEY / 発現宿主:

HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O89343

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 30% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月16日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 38664 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 37.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VWD

2vwd

解像度: 2.9→44.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.876 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.819 / SU B: 42.258 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.489 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. B VALUES HAVE TLS CONTRIBUTION.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27273	1926	5 %	RANDOM
R_work	0.23306	-	-	-
obs	0.23507	36735	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.765 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.97 Å²	0.11 Å²	-0.34 Å²
2-	-	-0.25 Å²	-0.09 Å²
3-	-	-	-0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13207	0	140	117	13464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	13706
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	9182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.124	1.968	18687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	22407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.324	5	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.702	24.286	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.165	15	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.829	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	15115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.705	1.5	8348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.131	1.5	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.306	2	13630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.986	3	5358
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.701	4.5	5057
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2192	tight positional	0.02	0.05
2	B	2192	tight positional	0.02	0.05
3	C	2192	tight positional	0.02	0.05
4	D	2192	tight positional	0.02	0.05
1	A	2801	loose positional	0.05	5
2	B	2801	loose positional	0.03	5
3	C	2801	loose positional	0.04	5
4	D	2801	loose positional	0.05	5
1	A	2192	tight thermal	0.04	0.5
2	B	2192	tight thermal	0.04	0.5
3	C	2192	tight thermal	0.06	0.5
4	D	2192	tight thermal	0.04	0.5
1	A	2801	loose thermal	0.03	10
2	B	2801	loose thermal	0.03	10
3	C	2801	loose thermal	0.04	10
4	D	2801	loose thermal	0.03	10

LS精密化シェル

解像度: 2.899→2.974 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	142	-
R_work	0.301	2541	-
obs	-	-	93.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6136	0.0466	2.5698	2.0977	0.3456	3.3622	-0.0795	-0.2506	-0.2044	0.3624	0.2232	0.2126	-0.0844	-0.4949	-0.1438	0.1448	0.0352	0.0609	0.2327	0.0331	0.0447	0.5211	27.1387	44.3179
2	1.1527	-0.0453	0.9178	0.0801	-0.3611	2.1049	-0.1385	0.0436	0.0617	0.0517	0.0289	-0.0336	-0.2417	-0.1683	0.1095	0.2005	0.0492	-0.1235	0.0672	-0.0288	0.1488	17.6267	32.682	41.4327
3	1.8431	-0.0437	0.237	1.6313	-0.0174	1.7316	-0.1661	-0.1565	0.064	0.2347	0.1054	-0.2688	0.0066	-0.0845	0.0607	0.1612	0.0402	-0.0506	0.075	-0.0011	0.059	19.9741	27.1807	42.3214
4	1.3007	-0.3354	0.6229	1.2205	-0.4206	1.4064	-0.0043	0.088	0.0349	-0.1061	-0.0135	-0.061	0.0754	0.0001	0.0178	0.1342	0.0072	0.0016	0.033	-0.0122	0.0165	12.4802	29.2265	24.0805
5	2.3467	-0.7906	1.208	0.3839	0.0124	2.12	-0.1391	-0.5404	-0.1659	0.1106	0.109	0.0937	0.2076	-0.4544	0.0301	0.1761	-0.0037	0.0521	0.1654	0.0314	0.0497	3.4432	23.8166	42.1041
6	2.6377	2.7932	1.7318	4.6285	1.0907	1.9405	-0.1378	-0.3496	0.3618	0.3105	0.1126	0.4453	-0.1927	-0.5733	0.0252	0.1979	0.0917	-0.0042	0.2438	-0.0022	0.1371	2.6743	33.4259	44.1082
7	2.3413	0.0302	1.8994	1.543	1.2155	3.4893	0.077	0.2719	-0.0463	-0.4544	0.0941	-0.2145	-0.4145	0.425	-0.1711	0.2546	-0.0824	0.0705	0.1511	0.0256	0.061	18.053	77.9615	63.4415
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21	0.7961	0.0945	0.5698	1.0898	-0.2005	2.3269	-0.0555	0.0524	0.0323	0.0269	0.0357	-0.1018	-0.0828	0.2362	0.0198	0.1377	0.0097	0.0085	0.066	-0.0088	0.0503	8.721	69.4049	29.2684
22	1.261	0.2157	0.3877	0.9852	-0.0441	2.151	-0.068	-0.064	0.027	-0.0391	0.0774	0.1483	-0.0498	-0.3262	-0.0094	0.1365	0.0249	-0.0067	0.0885	0.0002	0.0597	-8.0474	66.6169	27.6934
23	41.2799	-5.2494	9.0486	3.7079	-1.6731	2.0766	-0.8135	-0.907	-0.7848	0.4272	1.0244	0.4149	-0.2305	-0.386	-0.2108	0.367	0.1415	0.0673	0.5517	-0.1262	0.3234	-8.5585	83.5771	46.1736
24	4.7608	3.7067	1.3025	3.6858	1.5568	2.9853	0.139	-0.3014	-0.0163	0.5269	-0.026	0.1682	0.1178	-0.6154	-0.1129	0.2613	0.1276	0.1243	0.3324	0.1014	0.0689	-12.6057	65.1751	44.3909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	185 - 212
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	213 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	240 - 289
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	290 - 567
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	568 - 580
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	581 - 603
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	185 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	213 - 239
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	240 - 289
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	290 - 419
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	421 - 580
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	581 - 603
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	186 - 215
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	216 - 419
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	420 - 425
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	426 - 579
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	580 - 586
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	587 - 603
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	186 - 210
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	211 - 244
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	245 - 419
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	420 - 580
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	581 - 586
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	587 - 603

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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