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万見
- PDB-2x9l: Crystal structure of deacetylase-bog complex in biosynthesis path... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x9l
タイトルCrystal structure of deacetylase-bog complex in biosynthesis pathway of teicoplanin.
要素N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycoside metabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / acyltransferase activity / ligase activity / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LmbE-like / N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase-related / Putative deacetylase LmbE-like domain superfamily / GlcNAc-PI de-N-acetylase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LmbE family N-acetylglucosaminyl deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種ACTINOPLANES TEICHOMYCETICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.732 Å
データ登録者Chan, H.C. / Huang, Y.T. / Lyu, S.Y. / Huang, C.J. / Li, Y.S. / Liu, Y.C. / Chou, C.C. / Tsai, M.D. / Li, T.L.
引用ジャーナル: Mol.Biosyst. / 年: 2011
タイトル: Regioselective Deacetylation Based on Teicoplanin-Complexed Orf2 Crystal Structures.
著者: Chan, H.C. / Huang, Y.T. / Lyu, S.Y. / Huang, C.J. / Li, Y.S. / Liu, Y.C. / Chou, C.C. / Tsai, M.D. / Li, T.L.
履歴
登録2010年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6533
ポリマ－30,2951
非ポリマー3582
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.452, 64.028, 50.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE / PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN TCP14 / TEICOPLANIN PSEUDOAGLYCONE DEACETYLASE ORF2


分子量: 30295.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BOG
由来: (組換発現) ACTINOPLANES TEICHOMYCETICUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6ZZJ1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.96
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→27.03 Å / Num. obs: 25339 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.7→50 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.732→27.031 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 1258 5 %
Rwork0.1857 --
obs0.1873 25339 91.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.866 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0188 Å20 Å2-0.3945 Å2
2---0.3108 Å20 Å2
3---0.3296 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.732→27.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1992 0 21 253 2266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0452803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.327757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7319-1.80130.29181330.22362242X-RAY DIFFRACTION78
1.8013-1.88320.24111230.20872716X-RAY DIFFRACTION93
1.8832-1.98250.23571280.19392767X-RAY DIFFRACTION94
1.9825-2.10660.25231530.18462742X-RAY DIFFRACTION94
2.1066-2.26920.21361280.17392743X-RAY DIFFRACTION93
2.2692-2.49740.21451470.17922744X-RAY DIFFRACTION93
2.4974-2.85850.21411540.18772709X-RAY DIFFRACTION93
2.8585-3.60.19421560.17942687X-RAY DIFFRACTION92
3.6-27.03420.20391360.17962731X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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