PDB-2x8u: Sphingomonas wittichii Serine palmitoyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x8u

タイトル

Sphingomonas wittichii Serine palmitoyltransferase

要素

SERINE PALMITOYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SPHINGOMONAS WITTICHII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Raman, M.C.C. / Johnson, K.A. / Campopiano, D.J. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2010
タイトル: The Serine Palmitoyltransferase from Sphingomonas Wittichii Rw1 an Interesting Link to an Unusual Acyl Carrier Protein
著者: Raman, M.C.C. / Johnson, K.A. / Clarke, D.J. / Naismith, J.H. / Campopiano, D.J.

履歴

登録	2010年3月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2015年11月11日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x8u.cif.gz	165.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x8u.ent.gz	137.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x8u_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x8u_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	2x8u_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	2x8u_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2w8u-1 2jjg-1 3hqt-d 5i92-2 2w8v-1 2wka-d 4jex-d 3kki-d 3bs8-1 6ssg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SERINE PALMITOYLTRANSFERASE

B: SERINE PALMITOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

89.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.370, 99.370, 72.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	SERINE PALMITOYLTRANSFERASE / SPT 分子量: 44541.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SPHINGOMONAS WITTICHII (バクテリア) 株: RW1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VD79, serine C-palmitoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	C-TERMINAL HIS TAG PRESENT. N-TERMINAL MET REMOVED BY POST-TRANS MODIFICATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.963
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.963 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→29 Å / Num. obs: 44612 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0060 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→29.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 7.707 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. USED NEW NCSR LOCAL IN REFMAC5

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19612	2379	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16266	-	-	-
obs	0.16437	44612	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.462 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.03 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6028	0	30	470	6528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6214
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.109	1.969	8422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.872	3	10088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.002	5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.81	23.672	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.982	15	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.306	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.097→2.151 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	164	-
R_work	0.215	3270	-
obs	-	-	99.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	34.5158	-2.774	7.0263	0.8289	-3.098	12.0981	-0.5138	-0.952	0.5428	0.1719	-0.1545	-0.2209	-0.7457	0.7211	0.6684	0.2629	-0.0934	0.111	0.1551	0.1103	0.4874	22.14	44.948	-26.243
2	5.3969	2.1576	1.6141	7.8856	-0.8588	5.761	-0.054	0.5143	0.2475	-0.3791	0.0378	-0.5952	-0.0629	0.5528	0.0162	0.0789	0.0016	0.0916	0.2463	0.0115	0.2614	30.019	26.154	-15.96
3	0.8181	0.184	0.2679	1.1869	0.3078	1.0707	0.0072	-0.1248	-0.0394	0.0035	-0.0141	-0.0432	-0.0149	0.0561	0.0069	0.0149	0.0003	0.0083	0.0294	0.0103	0.0096	7.765	28.189	-4.633
4	0.8565	-0.1191	0.1408	2.9838	0.613	0.5937	0.0339	-0.2261	0.0593	0.2909	-0.0438	-0.1084	-0.0393	0.0328	0.0099	0.0856	-0.0254	-0.0065	0.0842	-0.0071	0.0203	8.603	37.262	7.248
5	2.7642	0.0735	0.9146	0.6382	-0.3477	1.2222	0.0038	-0.4174	-0.0215	0.0695	-0.0273	-0.1551	-0.0739	0.0335	0.0235	0.0456	-0.0022	0.0031	0.1023	-0.0028	0.0511	15.512	25.485	1.817
6	3.3628	0.2579	-0.7223	2.6537	0.8642	4.0173	0.0638	0.0835	0.3002	-0.3737	0.0197	-0.459	-0.5099	0.5955	-0.0835	0.1103	-0.0637	0.0174	0.2128	0.0218	0.2256	34.54	31.619	-3.759
7	22.0749	11.106	5.7569	9.8217	4.9335	8.9861	-0.4233	0.0803	-0.1367	-0.3632	-0.0228	0.4462	-0.1088	-0.7169	0.4461	0.0872	0.0356	0.0416	0.1359	-0.0644	0.2345	-14.738	37.282	0.608
8	2.9562	0.8551	0.2562	1.1181	0.0819	0.9704	0.0732	-0.2489	-0.1056	-0.0007	-0.0527	0.0745	0.1082	-0.1095	-0.0204	0.0741	-0.0012	0.0092	0.0336	0.0138	0.0347	-1.04	15.49	-14.585
9	1.0874	-0.825	0.2007	2.4775	-0.5374	1.743	-0.0148	0.0955	0.1165	-0.1147	0.0592	-0.059	-0.2402	-0.0849	-0.0443	0.075	-0.003	0.0203	0.0222	0.0121	0.0238	3.115	39.55	-26.502
10	0.7908	-0.1811	0.2933	1.4157	-0.2258	0.9267	0.0435	0.1486	0.039	-0.2936	-0.0055	-0.0172	-0.0958	0.0469	-0.0379	0.1221	0.0081	0.0446	0.0292	0.0119	0.033	5.275	30.768	-29.017
11	10.6676	-1.7003	-1.2293	1.5372	1.1032	2.2057	0.2527	0.6505	-0.2598	-0.4014	-0.2195	0.0864	-0.1266	-0.2611	-0.0332	0.1444	0.0379	-0.021	0.0579	-0.0123	0.0189	-11.588	17.005	-33.498
12	3.8966	-0.0756	-1.3623	2.9702	-0.0938	3.8086	0.1042	-0.0217	0.0369	0.0214	-0.1547	0.4057	-0.2307	-0.4752	0.0505	0.0653	0.0182	-0.047	0.0815	-0.0259	0.1018	-20.822	20.619	-22.478

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	159 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	261 - 325
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	326 - 400
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 17
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	18 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	90 - 183
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	184 - 289
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	290 - 322
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	323 - 400

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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