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万見
- PDB-2x8k: Crystal Structure of SPP1 Dit (gp 19.1) Protein, a Paradigm of Hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x8k
タイトルCrystal Structure of SPP1 Dit (gp 19.1) Protein, a Paradigm of Hub Adsorption Apparatus in Gram-positive Infecting Phages.
要素HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
キーワードVIRAL PROTEIN / DISTAL TAIL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / virus tail
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #200 / Jelly Rolls - #860 / Rhinovirus 14, subunit 4 - #30 / : / Siphovirus-type tail component, C-terminal domain / Distal tail protein, N-terminal / Siphovirus-type tail component / Phage tail protein RIFT-related domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / Other non-globular ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #200 / Jelly Rolls - #860 / Rhinovirus 14, subunit 4 - #30 / : / Siphovirus-type tail component, C-terminal domain / Distal tail protein, N-terminal / Siphovirus-type tail component / Phage tail protein RIFT-related domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / Other non-globular / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Special / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Distal tail protein
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS PHAGE SPP1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Veesler, D. / Robin, G. / Lichiere, J. / Auzat, I. / Tavares, P. / Bron, P. / Campanacci, V. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of bacteriophage SPP1 distal tail protein (gp19.1): a baseplate hub paradigm in gram-positive infecting phages.
著者: David Veesler / Gautier Robin / Julie Lichière / Isabelle Auzat / Paulo Tavares / Patrick Bron / Valérie Campanacci / Christian Cambillau /
要旨: Siphophage SPP1 infects the gram-positive bacterium Bacillus subtilis using its long non-contractile tail and tail-tip. Electron microscopy (EM) previously allowed a low resolution assignment of most ...Siphophage SPP1 infects the gram-positive bacterium Bacillus subtilis using its long non-contractile tail and tail-tip. Electron microscopy (EM) previously allowed a low resolution assignment of most orf products belonging to these regions. We report here the structure of the SPP1 distal tail protein (Dit, gp19.1). The combination of x-ray crystallography, EM, and light scattering established that Dit is a back-to-back dimer of hexamers. However, Dit fitting in the virion EM maps was only possible with a hexamer located between the tail-tube and the tail-tip. Structure comparison revealed high similarity between Dit and a central component of lactophage baseplates. Sequence similarity search expanded its relatedness to several phage proteins, suggesting that Dit is a docking platform for the tail adsorption apparatus in Siphoviridae infecting gram-positive bacteria and that its architecture is a paradigm for these hub proteins. Dit structural similarity extends also to non-contractile and contractile phage tail proteins (gpV(N) and XkdM) as well as to components of the bacterial type 6 secretion system, supporting an evolutionary connection between all these devices.
履歴
登録2010年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2873
ポリマ－85,2873
非ポリマー00
水00
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,14812
ポリマ－341,14812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area38060 Å2
ΔGint-145.9 kcal/mol
Surface area129290 Å2
手法PISA
2
A: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,14812
ポリマ－341,14812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area34130 Å2
ΔGint-138.4 kcal/mol
Surface area133230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.188, 125.745, 189.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9963, -0.000962, 0.1519), (-0.06412, 0.4768, 1.319), (-0.02362, -0.5837, 0.475)
ベクター: -0.06303, -0.3761, 0.5599)

-
要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN 19.1


分子量: 28429.014 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-253 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS PHAGE SPP1 (ファージ) / プラスミド: PETG20A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 EXPRESS IQ PLYSS / 参照: UniProt: O48459

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.94 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2 M NACL, 0.1 M NA ACETATE PH 4.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 110.98
シンクロトロンESRF BM1420.9782
検出器
タイプID検出器日付
ADSC CCD1CCD2009年7月18日
MARRESEARCH2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
20.97821
反射解像度: 2.95→104.83 Å / Num. obs: 27345 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 98.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→34.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9251 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9039 / SU R Cruickshank DPI: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.354 / SU Rfree Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.209
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 958 3.53 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
obs0.2016 27167 --
原子変位パラメータBiso mean: 109.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.5238 Å20 Å20 Å2
2--8.4807 Å20 Å2
3---17.0431 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.563 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→34.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5710 0 0 0 5710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0135821HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.267924HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1967SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes146HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes841HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5821HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion801SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6414SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3005 97 3.4 %
Rwork0.2487 2755 -
all0.2505 2852 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10980.2763-0.25882.9824-0.66453.2415-0.05730.1716-0.1158-0.6493-0.09870.15210.4348-0.22290.1561-0.0845-0.0369-0.1089-0.1044-0.0537-0.156236.512844.324773.8835
24.37481.50090.53780-0.59442.96830.10930.4318-0.9939-0.42270.49660.47250.4177-0.5075-0.60590.3698-0.209-0.3691-0.3741-0.02270.348921.887813.558572.1476
37.16612.66532.44982.1010.38054.70780.16360.3841-0.3321-0.01880.34881.22310.0822-1.3454-0.51250.0645-0.1919-0.1857-0.20570.05330.293916.605216.350671.5926
40.8283-0.1386-0.0622.88061.01533.16730.05820.1583-0.1370.0084-0.24290.4030.7829-0.04020.18470.0205-0.06370.1067-0.10050.0528-0.179736.422535.6708100.145
53.98780.7287-1.29324.50150.17681.3042-0.3652-0.1539-0.3486-1.03770.29940.53690.7735-0.6580.06580.2402-0.3730.1486-0.20490.2061-0.340921.136820.4548127.277
65.71582.5974-2.05425.9576-0.81053.9732-0.32760.8320.2487-1.0080.62341.37990.8627-0.91-0.29580.2549-0.3129-0.0687-0.1450.2391-0.136815.270622.4126125.927
70.7104-0.2481-0.01633.8330.31662.59410.06590.09010.1843-0.59070.11070.4028-0.4929-0.0528-0.1766-0.03460.0349-0.2064-0.0657-0.0603-0.20536.547371.550868.5268
85.1802-1.592-1.63420-3.78440-0.05591.6096-0.5336-0.5206-0.14810.3024-0.8629-0.63080.2040.34210.2646-0.45590.3516-0.3722-0.363321.126257.249941.9274
97.2295-0.31111.73231.464-0.73381.1455-0.02381.11090.2107-0.2052-0.29550.9557-1.0149-1.29610.31920.16980.4166-0.45590.5832-0.3622-0.177515.779958.553744.6572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(A9 - A135)
2X-RAY DIFFRACTION2(A136 - A180)
3X-RAY DIFFRACTION3(A181 - A253)
4X-RAY DIFFRACTION4(B9 - B135)
5X-RAY DIFFRACTION5(B136 - B180)
6X-RAY DIFFRACTION6(B181 - B253)
7X-RAY DIFFRACTION7(C9 - C135)
8X-RAY DIFFRACTION8(C136 - C180)
9X-RAY DIFFRACTION9(C181 - C253)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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