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- PDB-2x7m: Crystal structure of Archaemetzincin (amzA) from Methanopyrus kan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x7m
タイトルCrystal structure of Archaemetzincin (amzA) from Methanopyrus kandleri at 1.5 A resolution
要素ARCHAEMETZINCIN
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEASE / PROTEASE / METZINCIN / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M54, archaemetzincin, archaeal/bacterial / Peptidase M54, archaemetzincin / Peptidase family M54 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Waltersperger, S.M. / Widmer, C. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Archaemetzincin Amza from Methanopyrus Kandleri at 1.5A Resolution.
著者: Waltersperger, S.M. / Widmer, C. / Baumann, U.
履歴
登録2010年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARCHAEMETZINCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1623
ポリマ－22,0311
非ポリマー1312
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.510, 55.080, 58.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ARCHAEMETZINCIN


分子量: 22031.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌) / 株: AV19 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TXW1, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.6 / 詳細: PH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 26660 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.57
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→40.03 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 1324 5 %
Rwork0.176 --
obs0.178 26507 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.94 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.4123 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.2837 Å20 Å2
3----7.1286 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1429 0 2 103 1534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2861965
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.287557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.56010.30021440.25142744X-RAY DIFFRACTION99
1.5601-1.63110.25341470.21722781X-RAY DIFFRACTION99
1.6311-1.71710.2271450.19452754X-RAY DIFFRACTION99
1.7171-1.82460.2371460.18922783X-RAY DIFFRACTION100
1.8246-1.96550.21021460.18082763X-RAY DIFFRACTION100
1.9655-2.16330.20541450.17712781X-RAY DIFFRACTION99
2.1633-2.47630.19261480.17812808X-RAY DIFFRACTION100
2.4763-3.11970.21971490.17622838X-RAY DIFFRACTION99
3.1197-40.04190.18071540.16342931X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02190.0078-0.03430.0004-0.01830.01790.13770.4897-0.52240.10480.05420.112-0.37850.09990.00020.44540.0753-0.01730.4156-0.04010.3611-10.709811.381410.4905
20.04990.02440.09030.033-0.00290.1487-0.0780.0070.08780.6993-0.36240.14810.251-0.28180.00010.242-0.05040.02430.2398-0.05420.32410.1679-6.57965.4347
30.49690.10490.24520.23850.08750.6679-0.1253-0.1286-0.10690.1956-0.03060.54610.0432-0.1762-0.00020.2628-0.01220.00390.2188-0.0190.22273.77430.176814.199
40.01630.0003-0.00520.00640.0102-0.0041-0.5459-0.26390.5656-0.0104-0.3366-0.13550.0187-0.66930.00020.3940.00760.18860.4604-0.24790.6519-5.68392.083912.4696
50.5625-0.10470.07080.2787-0.14360.29950.16120.34030.08070.0981-0.19450.23570.3771-0.1653-0.00170.1869-0.05440.00160.2461-0.09280.29523.8489-13.7356-3.7624
60.57130.48290.33960.39330.39490.78620.06180.3320.0465-0.0483-0.26420.1450.0067-0.29970.00010.13610.0205-0.00610.2716-0.02640.22282.0785-4.2716-2.5598
70.2948-0.1136-0.13420.37450.59840.68930.00680.04130.0284-0.16730.01260.0013-0.1182-0.008800.18440.00150.00210.20870.00670.194810.8426-3.6723-0.7458
80.3213-0.21030.18310.77781.01411.21480.08390.1322-0.00380.1865-0.04190.0004-0.37810.43140.00010.2359-0.0658-0.00550.25780.00840.197913.42013.53638.4462
90.5211-0.0355-0.62760.25760.34361.14280.1759-0.2408-0.0016-0.29840.0353-0.3892-1.06430.89520.02140.4689-0.13070.00850.2788-0.02340.25216.06939.83239.0558
100.0148-0.0482-0.06370.4640.17590.31110.66170.1086-0.1437-0.03470.6386-0.6341-0.2918-0.39560.01550.79370.24570.10440.28110.10830.33041.677618.68853.5747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID -6:2)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 3:10)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 11:31)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 32:37)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 38:49)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 50:76)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 77:107)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 108:146)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 147:166)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 167:173)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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