+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x7j | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the menaquinone biosynthesis protein MenD from Bacillus subtilis | ||||||
要素 | 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / METAL-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Dawson, A. / Chen, M. / Fyfe, P.K. / Guo, Z. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Structure and Reactivity of Bacillus Subtilis Mend Catalyzing the First Committed Step in Menaquinone Biosynthesis. 著者: Dawson, A. / Chen, M. / Fyfe, P.K. / Guo, Z. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2x7j.cif.gz | 478.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2x7j.ent.gz | 387.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2x7j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2x7j_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2x7j_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2x7j_validation.xml.gz | 96.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2x7j_validation.cif.gz | 134.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/2x7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/2x7j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 66954.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PET15BTEV_BSMEND / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P23970, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase |
---|
-非ポリマー , 6種, 1098分子
#2: 化合物 | ChemComp-TPP / #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | ADDITIONAL RESIDUES AT N-TERMINUS ARE DUE TO HEXA-HIS TAG, TEV CLEAVAGE SITE AND THREE RESIDUES ...ADDITIONAL |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 8 詳細: PROTEIN BUFFER CONTAINED 20 MM TRIS, 50 MM NACL, PH 7.5. CRYSTALLISATION CONDITION CONTAINED 35% PEG 1.5K, 0.1 M TRIS PH 8, 0.25 M AMMONIUM SULFATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0064 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0064 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→68.84 Å / Num. obs: 101958 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.35→62.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 7.104 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. STRUCTURE WAS SOLVED USING SAD ON A SEMET DERIVATISED PROTEIN. THE SEMET REFINEMENT WAS NOT COMPLETED OR SUBMITTED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.448 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→62.14 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|