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- PDB-2x6f: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE DROSOPHILA CLASS III PI3-KINASE VPS3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x6f
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE DROSOPHILA CLASS III PI3-KINASE VPS34 IN COMPLEX WITH 3-METHYLADENINE
要素PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of nurse cell apoptotic process / omegasome / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / larval midgut cell programmed cell death / Macroautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I ...positive regulation of nurse cell apoptotic process / omegasome / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / larval midgut cell programmed cell death / Macroautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / epithelial structure maintenance / protein targeting to lysosome / pexophagy / phagophore assembly site / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / regulation of early endosome to late endosome transport / neuron remodeling / phosphatidylinositol-mediated signaling / establishment or maintenance of cell polarity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autophagosome membrane / autophagosome assembly / cellular response to starvation / macroautophagy / endocytosis / peroxisome / early endosome / endosome / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-AMINO-3-METHYLPURINE / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Miller, S. / Tavshanjian, B. / Oleksy, A. / Perisic, O. / Houseman, B.T. / Shokat, K.M. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Shaping Development of Autophagy Inhibitors with the Structure of the Lipid Kinase Vps34.
著者: Miller, S. / Tavshanjian, B. / Oleksy, A. / Perisic, O. / Houseman, B.T. / Shokat, K.M. / Williams, R.L.
履歴
登録2010年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F
B: PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,8314
ポリマ－157,5312
非ポリマー3002
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-21.3 kcal/mol
Surface area50820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.070, 155.140, 244.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A329 - 565
2116B329 - 565
1216A606 - 619
2216B606 - 619
1316A631 - 634
2316B631 - 634
1416A672 - 698
2416B672 - 698
1516A706 - 769
2516B706 - 769
1616A786 - 804
2616B786 - 804
1716A833 - 949
2716B833 - 949

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.007953, -0.1179, -0.993), (6.8E-5, -0.993, 0.1179), (-1, 0.00087, 0.007905)
ベクター: 70.15, 108.7, 63.7)

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F / GH13170P / VPS34


分子量: 78765.469 Da / 分子数: 2 / 断片: HELICAL DOMAIN, KINASE DOMAIN RESIDUES 258-949 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 RIPL
参照: UniProt: Q9W1M7, phosphatidylinositol 3-kinase, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-3MA / 6-AMINO-3-METHYLPURINE


分子量: 150.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.92 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED IN 0.88M AMMONIUM SULPHATE, 100MM DI-POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE AND 100MM DI-SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE (TITRATED TO PH 7.5 WITH ORTHOPHOSPHORIC ACID). PROTEIN WAS ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED IN 0.88M AMMONIUM SULPHATE, 100MM DI-POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE AND 100MM DI-SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE (TITRATED TO PH 7.5 WITH ORTHOPHOSPHORIC ACID). PROTEIN WAS SOAKED WITH 1MM 3-MA IN MOTHER LIQUOR.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9743
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9743 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→72.92 Å / Num. obs: 31665 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.99
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 3.66 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X6H

2x6h


解像度: 3.3→61.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 62.715 / SU ML: 0.471 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.54 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1564 4.9 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.245 30097 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 90.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.94 Å20 Å20 Å2
2--2.09 Å20 Å2
3----5.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→61.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8875 0 22 0 8897
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0229116
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.96612346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg25.4747.7512399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.72723.803426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.413151636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0641552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.30.25232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.26363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2490.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4730.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4440.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2011.55434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81528814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.04233682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8594.53532
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2965 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.65
2Bloose positional0.65
1Aloose thermal6.510
2Bloose thermal6.510
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 126 -
Rwork0.334 2204 -
obs--99.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.85471.7312-0.38073.82.0518-1.5030.3668-0.50980.33010.1943-0.74880.19030.29-0.16040.3820.8385-0.22280.01680.9153-0.13850.653313.538957.119948.7423
20.52751.4250.43663.78041.16990.62160.0344-0.30380.0968-0.0312-0.19840.2599-0.0107-0.1210.1640.19190.0684-0.05540.2430.0980.225117.06957.484444.3388
31.08931.88420.93263.35631.7681.0893-0.17650.11010.0847-0.22830.22480.1022-0.1080.1395-0.04820.1361-0.091-0.01470.09120.04050.162823.646656.865737.3306
40.66320.76550.4941.65351.22041.2126-0.06630.0201-0.0544-0.12960.2006-0.15-0.06820.3117-0.13430.0823-0.01960.03060.16340.03380.119733.007557.588628.7439
5-0.05840.15430.76740.93320.69711.335-0.08970.08040.007-0.22350.2498-0.07770.09130.2757-0.16010.2102-0.08960.07970.4288-0.08950.211134.195856.76328.9625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A291 - 344
2X-RAY DIFFRACTION1B291 - 344
3X-RAY DIFFRACTION2A345 - 421
4X-RAY DIFFRACTION2B345 - 421
5X-RAY DIFFRACTION3A532 - 561
6X-RAY DIFFRACTION3B532 - 560
7X-RAY DIFFRACTION4A568 - 748
8X-RAY DIFFRACTION4B568 - 748
9X-RAY DIFFRACTION5A749 - 948
10X-RAY DIFFRACTION5B749 - 949

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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