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- PDB-2x4f: The Crystal Structure of the human myosin light chain kinase LOC3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x4f
タイトルThe Crystal Structure of the human myosin light chain kinase LOC340156.
要素MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE FAMILY MEMBER 4
キーワードTRANSFERASE / LUNG / KINASE / MYOSIN / BREAST CANCER
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin light chain kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / signal transduction / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-16X / Myosin light chain kinase family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Mahajan, P. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Shrestha, B. / Wang, J. / Elkins, J.M. / Daga, N. / Cocking, R. / Chaikuad, A. ...Muniz, J.R.C. / Mahajan, P. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Shrestha, B. / Wang, J. / Elkins, J.M. / Daga, N. / Cocking, R. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Yue, W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Gileadi, O. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the Human Myosin Light Chain Kinase Loc340156
著者: Muniz, J.R.C. / Mahajan, P. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Shrestha, B. / Wang, J. / Elkins, J.M. / Daga, N. / Cocking, R. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Yue, W. / von Delft, F. ...著者: Muniz, J.R.C. / Mahajan, P. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Shrestha, B. / Wang, J. / Elkins, J.M. / Daga, N. / Cocking, R. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Yue, W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Gileadi, O. / Knapp, S.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE FAMILY MEMBER 4
B: MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE FAMILY MEMBER 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1709
ポリマ-84,9932
非ポリマー1,1777
4,540252
1
A: MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE FAMILY MEMBER 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2836
ポリマ-42,4961
非ポリマー7875
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE FAMILY MEMBER 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8873
ポリマ-42,4961
非ポリマー3902
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.880, 70.650, 96.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A65 - 176
2111B65 - 176
1214A177 - 186
2214B177 - 186
1314A187 - 237
2314B187 - 237
1411A238 - 355
2411B238 - 355

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.5003, 0.2219, -0.8369), (-0.2325, -0.9655, -0.117), (-0.834, 0.136, 0.5347)
ベクター: 99.3039, 104.7071, 61.0736)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE FAMILY MEMBER 4 / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE SGK085 / SUGEN KINASE 85


分子量: 42496.262 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGHT CHAIN, RESIDUES 40-388 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86YV6, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#2: 化合物 ChemComp-16X / 4-(2-amino-4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)-N-(3-dioxaziridin-3-ylphenyl)pyrimidin-2-amine


分子量: 328.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C14H12N6O2S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2M AMMONIUM_SULFATE, 2.5% W/V PEG 400, PH 8.0 HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→65.13 Å / Num. obs: 25080 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.67→2.81 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0089精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→84.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 22.377 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24105 1278 5.1 %RANDOM
Rwork0.19012 ---
obs0.19267 23801 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å2-0.01 Å2
2--1.45 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→84.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4552 0 79 252 4883
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.986417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2955577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.97325.278216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.06515822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9021518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7491.52888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37224656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.80631854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1484.51755
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A1719tight positional0.210.05
2B1719tight positional0.210.05
1A504medium positional0.250.5
2B504medium positional0.250.5
1A1719tight thermal0.20.5
2B1719tight thermal0.20.5
1A504medium thermal0.22
2B504medium thermal0.22
LS精密化 シェル解像度: 2.67→2.739 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 112 -
Rwork0.281 1729 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.46092.15570.49413.5739-2.12125.67490.07750.4447-0.0685-0.6628-0.39860.12070.20840.20790.32110.28410.0770.01160.4203-0.00970.16582.171645.103417.6701
210.37840.613-0.267215.97261.18018.42890.0285-0.474-1.35110.225-0.3477-1.10320.91650.79160.31910.33120.21230.10390.55780.22320.389894.977235.72623.6185
34.7017-0.55740.34958.5637-3.02226.88790.2582-0.32380.49980.1753-0.5371-0.8081-0.14971.10630.2790.4452-0.2359-0.03541.01020.0870.760695.947947.518232.9004
47.446-2.742-3.44155.69322.196817.60060.0769-0.48620.30990.2439-0.3752-0.7808-0.11141.06850.29840.0680.0377-0.00020.34430.17550.165594.963944.656522.1298
59.715-0.3506-0.29484.4605-2.09875.7207-0.1944-1.3253-1.70080.3934-0.05910.23590.81920.2430.25350.35210.06140.13040.3930.23490.326182.12434.662933.3606
66.6343-1.5158-0.8242.793-0.59144.86450.039-0.254-0.31790.0408-0.2011-0.19620.16160.67750.16210.13790.00040.05550.32580.08460.084383.481443.805525.3754
70.62491.45520.1875.36311.00621.75050.1039-0.05590.1113-0.0113-0.0104-0.2045-0.41270.5179-0.09350.1804-0.12170.07150.3750.00820.18674.719858.927631.7003
86.2590.0358-5.16777.1778-5.097110.6570.6065-0.62960.72380.4943-0.5549-0.7353-1.21671.7278-0.05150.2447-0.24440.03080.4693-0.10460.264882.070259.034330.3925
93.0338-0.1799-1.53660.2836-0.12075.2137-0.0117-0.4921-0.2973-0.01110.0492-0.02590.42490.5461-0.03750.09520.0209-0.01990.23550.040.075870.500343.664238.6252
102.0645-0.2659-0.21371.2128-0.96613.17290.1768-0.41430.10550.2973-0.1503-0.0722-0.47610.2396-0.02640.1477-0.09520.01920.24710.01320.029868.237554.207345.5479
113.76990.5042-0.95128.7881-3.88577.00990.1901-0.56160.77170.6299-0.10740.1017-1.20160.0129-0.08270.3664-0.03710.07450.2129-0.09360.189765.214766.948942.1226
123.82380.76631.83373.8558-1.52765.85980.01360.17520.5555-0.31910.14080.5232-0.4719-0.1043-0.15440.23740.01630.07030.15010.03330.185562.009162.56931.0602
135.3574-0.99131.01383.9318-0.92725.0030.02980.32060.18280.0165-0.116-0.0141-0.3228-0.03720.08610.1296-0.01040.07150.280.02010.060951.417452.6845-4.8185
141.57230.8427-0.77331.73831.21412.45990.14530.57520.1094-0.3428-0.42490.394-0.712-1.17040.27960.45270.2530.09930.90720.04980.408339.434854.00471.2925
155.8959-3.0292-3.82936.16283.08712.1363-0.03440.54820.1803-0.1048-0.06160.0878-0.0907-0.24290.0960.08080.00750.03690.27010.04150.12648.304653.3625-6.9057
1614.0728-14.6006-3.089123.8737-0.933115.1763-0.2283-0.55990.84941.04390.2350.1884-1.9439-0.5983-0.00670.56610.00270.0260.2132-0.12780.270248.96262.398711.0142
172.7376-0.89690.08182.4232-1.95815.3579-0.060.22670.13760.0365-0.0366-0.0345-0.2131-0.12190.09660.0737-0.01590.05210.2092-0.0270.071551.068249.53231.6469
1815.829313.56670.477823.627610.615210.2857-0.07860.67610.6906-0.7521-0.08890.9721-0.4197-0.61050.16760.1778-0.0856-0.01470.2317-0.09680.234534.620432.08065.4887
197.01726.73430.85068.95262.01971.21390.00020.3035-0.74760.2290.1146-0.53360.27840.1978-0.11480.16090.05640.00490.2563-0.03710.188152.109832.752710.8069
204.15610.69031.47412.83032.36129.1999-0.13960.1781-0.1375-0.035-0.06140.22790.0174-0.35150.20110.01450.00250.01720.10850.02260.05549.140743.976912.1466
211.50410.16350.18372.07241.39093.17730.0776-0.16740.03080.1506-0.25710.20220.0206-0.60820.17950.0626-0.0250.03110.2857-0.01040.033439.606740.123923.2278
2232.7930.82723.349134.01215.988833.4133-0.0782-0.161-0.11810.4501-0.29681.60730.5244-1.82290.3750.2775-0.24790.11010.3465-0.0190.335632.810123.143319.8946
235.21520.6843-0.49555.26121.77084.92850.0118-0.3005-0.59130.47460.0434-0.29780.65990.1201-0.05520.18980.0042-0.01950.19360.10940.114149.256128.622722.6178
240.65771.68020.31254.30340.7950.44840.13030.0111-0.24190.29910.0488-0.54670.43490.1545-0.17910.7228-0.0013-0.23990.22910.05160.567252.003118.469612.4628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A67 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A82 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3A93 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4A104 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5A118 - 136
6X-RAY DIFFRACTION6A137 - 173
7X-RAY DIFFRACTION7A174 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8A214 - 229
9X-RAY DIFFRACTION9A230 - 255
10X-RAY DIFFRACTION10A256 - 304
11X-RAY DIFFRACTION11A305 - 330
12X-RAY DIFFRACTION12A331 - 350
13X-RAY DIFFRACTION13B67 - 99
14X-RAY DIFFRACTION14B100 - 106
15X-RAY DIFFRACTION15B107 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16B125 - 135
17X-RAY DIFFRACTION17B136 - 174
18X-RAY DIFFRACTION18B175 - 183
19X-RAY DIFFRACTION19B184 - 207
20X-RAY DIFFRACTION20B208 - 246
21X-RAY DIFFRACTION21B247 - 307
22X-RAY DIFFRACTION22B308 - 313
23X-RAY DIFFRACTION23B314 - 345
24X-RAY DIFFRACTION24B346 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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