PDB-2x3y: Crystal structure of GmhA from Burkholderia pseudomallei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x3y

タイトル

Crystal structure of GmhA from Burkholderia pseudomallei

要素

PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

キーワード

ISOMERASE / CAPSULE BIOGENESIS/DEGRADATION / CAPSULE / CARBOHYDRATE METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase / D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase activity / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate biosynthetic process / capsule polysaccharide biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Harmer, N.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The Structure of Sedoheptulose-7-Phosphate Isomerase from Burkholderia Pseudomallei Reveals a Zinc Binding Site at the Heart of the Active Site.
著者: Harmer, N.J.

履歴

登録	2010年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x3y.cif.gz	597.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x3y.ent.gz	496.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xblC 1tk9S 2x3z PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lu7-d 5lu6-d 1tk9-d 3mof-1 4gmm-d 5lu5-d 4gmu-d 5fh2-d 4czt-1 3i2i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

B: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

C: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

D: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

E: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

F: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

G: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

H: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

ヘテロ分子

188 kDa, 8 ポリマー
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1

A: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

B: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

C: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

D: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

F: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

G: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

H: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.8 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.095, 69.091, 128.148
Angle α, β, γ (deg.)	98.35, 89.96, 104.19
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND RESID 5:16
2	1	1	CHAIN B AND RESID 5:16
3	1	1	CHAIN C AND RESID 5:14
4	1	1	CHAIN D AND RESID 5:16
5	1	1	CHAIN E AND RESID 5:16
6	1	1	CHAIN F AND RESID 8:14
7	1	1	CHAIN G AND RESID 5:16
8	1	1	CHAIN H AND RESID 5:16
1	1	2	CHAIN A AND RESID 19:27
2	1	2	CHAIN B AND RESID 19:26
3	1	2	CHAIN C AND RESID 19:26
4	1	2	CHAIN D AND RESID 19:27
5	1	2	CHAIN E AND RESID 19:27
6	1	2	CHAIN F AND RESID 19:26
7	1	2	CHAIN G AND RESID 19:26
8	1	2	CHAIN H AND RESID 19:27
1	1	3	CHAIN A AND RESID 29:33
2	1	3	CHAIN B AND RESID 29:33
3	1	3	CHAIN C AND RESID 29:33
4	1	3	CHAIN D AND RESID 29:33
5	1	3	CHAIN E AND RESID 29:33
6	1	3	CHAIN F AND RESID 29:33
7	1	3	CHAIN G AND RESID 29:33
8	1	3	CHAIN H AND RESID 29:33
1	1	4	CHAIN A AND RESID 35:60
2	1	4	CHAIN B AND RESID 35:60
3	1	4	CHAIN C AND RESID 35:60
4	1	4	CHAIN D AND RESID 35:60
5	1	4	CHAIN E AND RESID 35:60
6	1	4	CHAIN F AND RESID 35:60
7	1	4	CHAIN G AND RESID 35:60
8	1	4	CHAIN H AND RESID 35:60
1	1	5	CHAIN A AND RESID 62:100
2	1	5	CHAIN B AND RESID 62:100
3	1	5	CHAIN C AND RESID 62:100
4	1	5	CHAIN D AND RESID 62:100
5	1	5	CHAIN E AND RESID 62:100
6	1	5	CHAIN F AND (RESID 62:71 OR RESID 73:100)
7	1	5	CHAIN G AND RESID 62:100
8	1	5	CHAIN H AND RESID 62:100
1	1	6	CHAIN A AND RESID 102:109
2	1	6	CHAIN B AND RESID 102:111
3	1	6	CHAIN C AND RESID 102:111
4	1	6	CHAIN D AND RESID 102:111
5	1	6	CHAIN E AND RESID 102:111
6	1	6	CHAIN F AND (RESID 102:106 OR RESID 108:111)
7	1	6	CHAIN G AND RESID 102:111
8	1	6	CHAIN H AND (RESID 102:106 OR RESID 108:111)
1	1	7	CHAIN A AND RESID 113:151
2	1	7	CHAIN B AND (RESID 113:135 OR RESID 137:154)
3	1	7	CHAIN C AND RESID 113:154
4	1	7	CHAIN D AND (RESID 113:135 OR RESID 137:154)
5	1	7	CHAIN E AND RESID 113:154
6	1	7	CHAIN F AND RESID 113:154
7	1	7	CHAIN G AND RESID 113:154
8	1	7	CHAIN H AND RESID 113:154
1	1	8	CHAIN A AND RESID 159:170
2	1	8	CHAIN B AND RESID 159:170
3	1	8	CHAIN C AND RESID 158:170
4	1	8	CHAIN D AND RESID 158:170
5	1	8	CHAIN E AND RESID 158:170
6	1	8	CHAIN F AND RESID 158:170
7	1	8	CHAIN G AND RESID 159:170
8	1	8	CHAIN H AND RESID 158:170
1	1	9	CHAIN A AND RESID 172:185
2	1	9	CHAIN B AND RESID 172:185
3	1	9	CHAIN C AND RESID 172:185
4	1	9	CHAIN D AND RESID 172:185
5	1	9	CHAIN E AND RESID 172:185
6	1	9	CHAIN F AND RESID 172:185
7	1	9	CHAIN G AND RESID 172:185
8	1	9	CHAIN H AND RESID 172:185
1	1	10	CHAIN A AND RESID 187:195
2	1	10	CHAIN B AND RESID 187:195
3	1	10	CHAIN C AND RESID 187:195
4	1	10	CHAIN D AND RESID 187:195
5	1	10	CHAIN E AND RESID 187:195
6	1	10	CHAIN F AND RESID 187:195
7	1	10	CHAIN G AND RESID 187:195
8	1	10	CHAIN H AND RESID 187:195

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE / SEDOHEPTULOSE 7-PHOSPHATE ISOMERASE / GMHA 分子量: 23393.502 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌) 株: K96243 / プラスミド: PNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q93UJ2, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / 解説: NONE
結晶化	手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M SODIUM MALONATE PH 7.0, 10 % (W/V) PEG 3350. MICROBATCH METHOD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→45.6 Å / Num. obs: 56237 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.56 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TK9

1tk9

解像度: 2.4→45.627 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	1789	3.4 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.1909	52658	86.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.959 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.1591 Å²	-4.621 Å²	-0.7292 Å²
2-	-	15.408 Å²	3.9182 Å²
3-	-	-	-4.2488 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.627 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11420	0	8	596	12024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11589
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.955	15662
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.617	4156
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2057

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	92	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	92	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	3	C	78	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	4	D	92	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
1	5	E	92	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	6	F	54	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	7	G	92	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	8	H	92	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
2	1	A	54	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	54	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
2	3	C	54	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
2	4	D	63	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
2	5	E	63	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
2	6	F	54	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
2	7	G	54	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
2	8	H	63	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
3	1	A	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
3	3	C	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
3	4	D	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
3	5	E	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
3	6	F	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
3	7	G	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
3	8	H	35	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
4	1	A	162	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	162	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
4	3	C	162	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
4	4	D	162	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
4	5	E	162	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
4	6	F	162	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
4	7	G	162	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
4	8	H	162	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
5	1	A	289	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	289	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
5	3	C	289	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
5	4	D	289	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
5	5	E	289	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
5	6	F	278	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
5	7	G	289	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
5	8	H	289	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
6	1	A	70	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	70	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093
6	3	C	70	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
6	4	D	70	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
6	5	E	70	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
6	6	F	59	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
6	7	G	70	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
6	8	H	59	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.095
7	1	A	265	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	B	265	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
7	3	C	276	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
7	4	D	265	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
7	5	E	276	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
7	6	F	276	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
7	7	G	276	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
7	8	H	276	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
8	1	A	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	B	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
8	3	C	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
8	4	D	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
8	5	E	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
8	6	F	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
8	7	G	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
8	8	H	88	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
9	1	A	108	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	B	108	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
9	3	C	108	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
9	4	D	108	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
9	5	E	108	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
9	6	F	108	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
9	7	G	108	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
9	8	H	108	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
10	1	A	67	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	B	67	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
10	3	C	67	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
10	4	D	67	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
10	5	E	67	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
10	6	F	67	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
10	7	G	67	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
10	8	H	67	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4001-2.4859	0.3707	157	0.2557	4606	X-RAY DIFFRACTION	78
2.4859-2.5854	0.2978	166	0.2425	4630	X-RAY DIFFRACTION	81
2.5854-2.703	0.2885	175	0.2169	4862	X-RAY DIFFRACTION	83
2.703-2.8455	0.2962	164	0.2184	5071	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8455-3.0238	0.2695	183	0.2039	5145	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0238-3.2572	0.2621	180	0.1877	5231	X-RAY DIFFRACTION	89
3.2572-3.5849	0.2291	184	0.1811	5296	X-RAY DIFFRACTION	90
3.5849-4.1033	0.2141	195	0.1619	5327	X-RAY DIFFRACTION	91
4.1033-5.1686	0.1893	183	0.1391	5346	X-RAY DIFFRACTION	91
5.1686-45.6354	0.2085	202	0.1711	5355	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN C AND RESID 157:161)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN C AND RESID 162:195)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN D AND RESID 3:7)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN D AND RESID 8:16)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN D AND RESID 17:21)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN D AND RESID 22:30)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN D AND RESID 31:36)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN D AND RESID 37:95)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN D AND RESID 96:103)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN D AND RESID 104:156)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN D AND RESID 157:161)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(CHAIN D AND RESID 162:195)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(CHAIN E AND RESID 3:7)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(CHAIN E AND RESID 8:17)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(CHAIN E AND RESID 18:26)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(CHAIN E AND RESID 27:34)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(CHAIN E AND RESID 35:60)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(CHAIN E AND RESID 61:96)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(CHAIN E AND RESID 97:103)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(CHAIN E AND RESID 104:156)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(CHAIN E AND RESID 157:161)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(CHAIN E AND RESID 162:195)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(CHAIN F AND RESID 4:16)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(CHAIN F AND RESID 17:21)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(CHAIN F AND RESID 22:27)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(CHAIN F AND RESID 28:34)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(CHAIN F AND RESID 35:60)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(CHAIN F AND RESID 61:95)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(CHAIN F AND RESID 96:103)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(CHAIN F AND RESID 104:154)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(CHAIN F AND RESID 155:159)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(CHAIN F AND RESID 160:195)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(CHAIN G AND RESID 4:8)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(CHAIN G AND RESID 9:16)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(CHAIN G AND RESID 17:21)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(CHAIN G AND RESID 22:30)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	(CHAIN G AND RESID 31:36)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	(CHAIN G AND RESID 37:96)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	(CHAIN G AND RESID 97:103)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	(CHAIN G AND RESID 104:154)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	(CHAIN G AND RESID 155:159)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	(CHAIN G AND RESID 160:195)
72	X-RAY DIFFRACTION	72	(CHAIN H AND RESID 4:8)
73	X-RAY DIFFRACTION	73	(CHAIN H AND RESID 9:15)
74	X-RAY DIFFRACTION	74	(CHAIN H AND RESID 16:20)
75	X-RAY DIFFRACTION	75	(CHAIN H AND RESID 21:27)
76	X-RAY DIFFRACTION	76	(CHAIN H AND RESID 28:34)
77	X-RAY DIFFRACTION	77	(CHAIN H AND RESID 35:96)
78	X-RAY DIFFRACTION	78	(CHAIN H AND RESID 97:103)
79	X-RAY DIFFRACTION	79	(CHAIN H AND RESID 104:151)
80	X-RAY DIFFRACTION	80	(CHAIN H AND RESID 152:158)
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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