PDB-2x3v: Structure of The F-BAR Domain of Mouse Syndapin I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x3v

タイトル

Structure of The F-BAR Domain of Mouse Syndapin I

要素

PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

キーワード

ENDOCYTOSIS / BAR / N-WASP / DYNAMIN / PACSIN 1

機能・相同性

機能・相同性情報

presynaptic endocytic zone / plasma membrane tubulation / COPI-coated vesicle / Clathrin-mediated endocytosis / photoreceptor ribbon synapse / negative regulation of endocytosis / protein localization to membrane / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of dendrite development / regulation of endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Ma, Q. / Rao, Y. / Vahedi-Faridi, A. / Saenger, W. / Haucke, V.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Molecular Basis for SH3 Domain Regulation of F-Bar-Mediated Membrane Deformation.
著者: Rao, Y. / Ma, Q. / Vahedi-Faridi, A. / Sundborger, A. / Pechstein, A. / Puchkov, D. / Luo, L. / Shupliakov, O. / Saenger, W. / Haucke, V.

履歴

登録	2010年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x3v.cif.gz	188.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x3v.ent.gz	154.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x3v_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x3v_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	2x3v_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	2x3v_validation.cif.gz	45.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x3wC 2x3xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x3x-1 4bne-d 3hai-1 3lll-d 2x3w-3 3aco-d 3q0k-1 3q84-1 3q84-2 2x3x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

B: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

C: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

118 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

B: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.060, 153.490, 213.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1 / SYNDAPIN I 分子量: 39349.430 Da / 分子数: 3 / 断片: F-BAR DOMAIN, RESIDUES 1-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61644
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS ONLY THE N-TERMINAL F-BAR DOMAIN OF MOUSE SYNDAPIN I

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 2UL SYNDAPIN-I/EHD-1(401 -534)(25MG/ML IN 50MM HEPES,200MM NACL) MIXED WITH WELL SOLUTION 0.1M SODIUM CITRATE BUFFER (PH5.5),0.2M NAAC,10%(W/V) PEG4000. ONLY F-BAR DOMAIN OF SYDAPIN I CRYSTALLIZED.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.978
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月15日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH 2 SETS OF MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→76.75 Å / Num. obs: 50261 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.69 % / B_iso Wilson estimate: 55.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.35
反射シェル	解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 3.96 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0040	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
XPREP		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.45→76.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 15.91 / SU ML: 0.168 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26026	2448	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21152	-	-	-
obs	0.21402	47811	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→76.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7261	0	0	158	7419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	7405
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.929	1.946	9925
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.774	3	12947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.53	5	871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.023	25.038	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.901	15	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.428	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	5072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	3711
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.125	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.167	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.241	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.354	2	5788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.226	2	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.667	3	6978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.605	4	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.719	5	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.358	3025	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6093	-2.0544	-0.3005	14.2763	3.4427	0.9513	0.0959	0.0704	0.1364	-0.7658	-0.0173	-0.4173	-0.2824	0.1193	-0.0786	0.2654	0.0702	0.0783	0.2005	-0.0103	0.1789	71.9821	55.887	35.3204
2	1.5605	-3.0927	0.0019	16.8265	1.3822	0.4267	0.0803	0.179	-0.2081	-1.3758	-0.0122	0.827	-0.2864	-0.1063	-0.0682	0.3428	0.095	-0.0644	0.2727	-0.1054	0.0791	68.6632	32.4541	26.3965
3	1.3142	1.781	-0.0376	10.512	4.4421	2.4939	0.3043	-0.0546	0.2648	-0.9441	0.472	-1.0394	-0.1148	0.9111	-0.7763	0.2834	-0.0113	0.1772	0.382	-0.1022	0.5136	72.6183	93.1799	46.1742
4	14.169	7.5245	6.3341	7.9761	4.0378	2.9457	-0.674	-0.0591	0.1222	0.3856	0.4109	-0.4423	-0.6469	0.7874	0.263	0.5186	-0.4135	0.1515	0.5158	-0.2427	0.3862	84.1531	119.6248	63.9089
5	0.4802	-0.5276	-0.1004	7.9017	2.1841	0.6232	0.0517	0.1488	-0.1975	-0.4179	-0.3523	1.42	-0.1109	-0.0467	0.3006	0.2643	0.0762	-0.0005	0.2232	-0.0604	0.2201	64.0091	36.792	34.9906
6	0.4114	-2.21	-0.7668	15.1215	3.8306	1.455	0.0653	0.134	-0.1359	-0.3922	0.0638	-0.2137	-0.0581	0.0424	-0.1291	0.1342	0.081	-0.0197	0.2588	-0.1423	0.22	80.7652	9.6303	29.0197
7	2.0307	-3.4943	-0.2743	12.5756	1.1751	1.1154	-0.1929	-0.0595	0.1944	0.8628	0.4559	-0.529	-0.0582	0.1118	-0.2631	0.259	0.07	-0.0018	0.2232	-0.0847	0.1226	77.4414	35.7394	42.5541
8	0.5158	-0.809	0.2527	4.3496	2.7183	3.2726	-0.009	0.4423	-0.122	-0.4962	0.1839	-0.2037	0.1185	0.2866	-0.1749	0.3748	-0.0101	0.0293	0.4612	-0.3286	0.3845	85.4157	-31.9575	6.6595
9	0.3031	-1.1853	-0.7937	8.881	3.8935	2.2251	-0.1956	0.1435	-0.3855	0.9003	-0.0249	0.702	0.4236	-0.0075	0.2206	0.2261	0.0769	-0.034	0.2019	-0.1803	0.4228	74.49	-6.9167	32.5077
10	0.3646	-1.5522	-0.5262	8.2723	2.4983	0.7995	-0.1049	-0.0438	0.1237	1.5135	0.1099	0.0203	0.3889	0.2174	-0.005	0.4584	0.0981	0.0355	0.217	0.0105	0.3623	65.8735	65.5213	51.8274
11	0.541	-0.0969	-0.2315	1.3935	0.9915	0.8429	-0.0429	0.1124	-0.1618	-0.2526	0.0723	0.2639	-0.1395	0.0658	-0.0294	0.2116	0.0157	-0.0821	0.3539	-0.2864	0.472	14.8415	-19.0318	-15.1596
12	6.8034	9.4938	-3.1787	13.4593	-3.5882	4.8871	-0.3765	-0.9373	0.1089	-0.6624	-0.0169	-0.3002	0.4441	-0.3494	0.3934	0.1036	0.0063	0.138	0.5252	-0.1837	1.3507	2.7779	-87.5087	-22.1914
13	0.6387	-0.016	-0.4833	18.2787	2.6583	0.7488	-0.276	0.0585	-0.0237	-1.3036	0.3902	0.546	-0.1511	0.0077	-0.1142	0.2606	0.0273	-0.1439	0.452	-0.3809	0.521	22.7537	-46.2234	-27.3333
14	0.8451	-0.2602	0.1003	12.0177	7.4808	4.7386	-0.0675	0.083	0.139	-0.9989	0.7076	-0.7107	-0.5506	0.5916	-0.6401	0.2507	-0.1111	0.1205	0.3881	-0.3779	0.5048	28.7476	10.2431	0.5575
15	7.4562	0.3115	-1.8498	0.6759	-0.3799	3.1335	-0.0188	0.6423	0.7818	-1.4444	0.021	0.9197	-0.5369	-0.316	-0.0022	0.5736	-0.0046	-0.1642	0.3843	-0.2997	0.6091	17.1514	61.5392	16.6144

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	123 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	171 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	204 - 304
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	13 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	61 - 117
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	118 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	206 - 259
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	260 - 304
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	14 - 166
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	167 - 204
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	205 - 238
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	239 - 291
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	292 - 304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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