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- PDB-2x3c: AsaP1 inactive mutant E294Q, an extracellular toxic zinc metalloe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x3c
タイトルAsaP1 inactive mutant E294Q, an extracellular toxic zinc metalloendopeptidase
要素TOXIC EXTRACELLULAR ENDOPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2970 / Lysine-specific metallo-endopeptidase / Peptidyl-Lys metallopeptidase catalytic domain / Lysine-specific metallo-endopeptidase / Lysine-specific metallo-endopeptidase / : / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Immunoglobulin-like ...Immunoglobulin-like - #2970 / Lysine-specific metallo-endopeptidase / Peptidyl-Lys metallopeptidase catalytic domain / Lysine-specific metallo-endopeptidase / Lysine-specific metallo-endopeptidase / : / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxic extracellular endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種AEROMONAS SALMONICIDA SUBSP. ACHROMOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Bogdanovic, X. / Palm, G.J. / Singh, R.K. / Hinrichs, W.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016
タイトル: Structural Evidence of Intramolecular Propeptide Inhibition of the Aspzincin Metalloendopeptidase Asap1.
著者: Bogdanovic, X. / Palm, G.J. / Schwenteit, J. / Singh, R.K. / Gudmundsdottir, B.K. / Hinrichs, W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Asap1_E294A and Asap1_E294Q, Two Inactive Mutants of the Toxic Zinc Metallopeptidase Asap1 from Aeromonas Salmonicida Subsp. Achromogenes.
著者: Bogdanovic, X. / Singh, R.K. / Hentschke, J. / Gudmundsdottir, B.K. / Hinrichs, W.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: The Asap1 Peptidase of Aeromonas Salmonicida Subsp. Achromogenes is a Highly Conserved Deuterolysin Metalloprotease (Family M35) and a Major Virulence Factor.
著者: Arnadottir, H. / Hvanndal, I. / Andresdottir, V. / Burr, S.E. / Frey, J. / Gudmundsdottir, B.K.
#3: ジャーナル: Dis.Aquat.Organ. / 年: 1990
タイトル: Isolation of a New Toxic Protease from a Strain of Aeromonas Salmonicida Subspecies Achromogenes
著者: Gudmundsdottir, B.K. / Hastingst, S. / Ellis, E.A.
履歴
登録2010年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22016年10月12日Group: Database references
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOXIC EXTRACELLULAR ENDOPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7677
ポリマ－37,2861
非ポリマー4816
水3,621201
1
A: TOXIC EXTRACELLULAR ENDOPEPTIDASE
ヘテロ分子

A: TOXIC EXTRACELLULAR ENDOPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,53314
ポリマ－74,5712
非ポリマー96212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4600 Å2
ΔGint-192.3 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.958, 72.016, 54.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TOXIC EXTRACELLULAR ENDOPEPTIDASE


分子量: 37285.539 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROPEPTIDE, ASPZINCIN PROTEASE
由来: (組換発現) AEROMONAS SALMONICIDA SUBSP. ACHROMOGENES (バクテリア)
株: KELDUR265-87 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): PRI3715 / 参照: UniProt: Q8GMV9, deuterolysin

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非ポリマー , 5種, 207分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 294 TO GLN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 1.8 M (NH4)2SO4 0.1 M TRIS/HCL PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.97784
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月26日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97784 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→90 Å / Num. obs: 25131 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 23.61
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GE6

1ge6


解像度: 1.99→57.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.231 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21425 1271 5.1 %RANDOM
Rwork0.17191 ---
obs0.17403 23857 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.106 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å21.59 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→57.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2183 0 23 201 2407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222295
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8471.9473129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5425288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80424.909110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09415349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5431511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2011.51431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93622291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0813864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5234.5838
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.988→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 61 -
Rwork0.222 1171 -
obs--64.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3195-1.3981-0.08931.65550.0630.0146-0.0838-0.01-0.06060.02890.05850.05630.02740.0060.02530.11040.03810.0130.07970.04770.112764.824353.933220.1294
21.4734-0.8135-0.86510.5470.68450.9473-0.2076-0.1821-0.11110.10230.17560.04250.08420.2570.0320.07540.0153-0.00470.0750.00550.060962.351959.965725.6463
33.032-1.4856-0.28672.6327-0.75793.9330.19790.01390.0236-0.0074-0.1135-0.111-0.12880.0742-0.08450.04680.01880.00080.02620.00630.010462.043865.554612.3284
42.0403-0.1013-0.59910.90130.17761.1973-0.04560.05540.0421-0.0870.04370.1151-0.0436-0.0260.00190.0317-0.0003-0.02040.00540.00540.019431.754972.594910.3985
53.98620.2013-0.86432.8562-1.53863.3208-0.12520.2057-0.3012-0.20190.20470.43390.2743-0.5238-0.07950.0534-0.0567-0.04460.09710.01090.130519.156968.10259.1519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2A65 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3A104 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4A175 - 304
5X-RAY DIFFRACTION5A305 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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