PDB-2x2y: Cellulomonas fimi endo-beta-1,4-mannanase double mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x2y

タイトル

Cellulomonas fimi endo-beta-1,4-mannanase double mutant

要素

MAN26A

キーワード

HYDROLASE / CLAN GH-A / FAMILY 26 / GLYCOSIDE HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

substituted mannan metabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CELLULOMONAS FIMI (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Hekmat, O. / Lo Leggio, L. / Rosengren, A. / Kamarauskaite, J. / Kolenova, K. / Staalbrand, H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Rational Engineering of Mannosyl Binding in the Distal Glycone Subsites of Cellulomonas Fimi Endo-Beta-1,4-Mannanase: Mannosyl Binding Promoted at Subsite -2 and Demoted at Subsite -3 .
著者: Hekmat, O. / Lo Leggio, L. / Rosengren, A. / Kamarauskaite, J. / Kolenova, K. / Stalbrand, H.

履歴

登録	2010年1月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x2y.cif.gz	196.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x2y.ent.gz	155.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2x2y_validation.pdf.gz	447 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x2y_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	2x2y_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	2x2y_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/2x2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/2x2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bvyS 2bvt S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6obg-1 2bvt-1 4qfu-2 4ffj-1 4qfu-10 4u72-1 2bvy-d 4b6z-2 4r0v-2 4qfu-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MAN26A

B: MAN26A

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MAN26A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MAN26A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.093, 99.555, 132.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	GLY	GLY	1	A	A	447 - 456	447 - 456
2	1	VAL	VAL	GLY	GLY	1	B	B	447 - 456	447 - 456
1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	1	A	A	4	4
2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	1	B	B	4	4
1	3	HIS	HIS	LEU	LEU	1	A	A	141 - 231	141 - 231
2	3	HIS	HIS	LEU	LEU	1	B	B	141 - 231	141 - 231
1	4	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	30	30
2	4	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	30	30
1	5	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	79	79
2	5	ARG	ARG	ARG	ARG	3	B	B	79	79
1	6	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	232	232
2	6	ARG	ARG	ARG	ARG	3	B	B	232	232
1	7	LEU	LEU	LEU	LEU	3	A	A	245	245
2	7	LEU	LEU	LEU	LEU	3	B	B	245	245
1	8	GLN	GLN	GLN	GLN	1	A	A	329	329
2	8	GLN	GLN	GLN	GLN	1	B	B	329	329
1	9	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	341	341
2	9	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	341	341
1	10	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	372	372
2	10	GLN	GLN	GLN	GLN	3	B	B	372	372
1	11	THR	THR	THR	THR	3	A	A	391	391
2	11	THR	THR	THR	THR	3	B	B	391	391
1	12	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	403	403
2	12	GLN	GLN	GLN	GLN	3	B	B	403	403
1	13	ASP	ASP	ASP	ASP	3	A	A	420	420
2	13	ASP	ASP	ASP	ASP	3	B	B	420	420
1	14	THR	THR	THR	THR	3	A	A	446	446
2	14	THR	THR	THR	THR	3	B	B	446	446
1	15	THR	THR	ALA	ALA	1	A	A	5 - 11	5 - 11
2	15	THR	THR	ALA	ALA	1	B	B	5 - 11	5 - 11
1	16	ALA	ALA	GLY	GLY	1	A	A	13 - 29	13 - 29
2	16	ALA	ALA	GLY	GLY	1	B	B	13 - 29	13 - 29
1	17	GLY	GLY	GLU	GLU	1	A	A	31 - 78	31 - 78
2	17	GLY	GLY	GLU	GLU	1	B	B	31 - 78	31 - 78
1	18	PRO	PRO	ALA	ALA	1	A	A	80 - 83	80 - 83
2	18	PRO	PRO	ALA	ALA	1	B	B	80 - 83	80 - 83
1	19	THR	THR	GLY	GLY	1	A	A	233 - 244	233 - 244
2	19	THR	THR	GLY	GLY	1	B	B	233 - 244	233 - 244
1	20	ASP	ASP	GLY	GLY	1	A	A	246 - 328	246 - 328
2	20	ASP	ASP	GLY	GLY	1	B	B	246 - 328	246 - 328
1	21	HIS	HIS	LEU	LEU	1	A	A	330 - 340	330 - 340
2	21	HIS	HIS	LEU	LEU	1	B	B	330 - 340	330 - 340
1	22	ASP	ASP	ALA	ALA	1	A	A	342 - 371	342 - 371
2	22	ASP	ASP	ALA	ALA	1	B	B	342 - 371	342 - 371
1	23	PRO	PRO	PRO	PRO	1	A	A	373 - 390	373 - 390
2	23	PRO	PRO	PRO	PRO	1	B	B	373 - 390	373 - 390
1	24	THR	THR	VAL	VAL	1	A	A	392 - 402	392 - 402
2	24	THR	THR	VAL	VAL	1	B	B	392 - 402	392 - 402
1	25	SER	SER	LEU	LEU	1	A	A	404 - 419	404 - 419
2	25	SER	SER	LEU	LEU	1	B	B	404 - 419	404 - 419
1	26	LEU	LEU	TYR	TYR	1	A	A	421 - 445	421 - 445
2	26	LEU	LEU	TYR	TYR	1	B	B	421 - 445	421 - 445
1	27	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	84	84
2	27	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	84	84
1	28	ASN	ASN	SER	SER	1	A	A	85 - 139	85 - 139
2	28	ASN	ASN	SER	SER	1	B	B	85 - 139	85 - 139
1	29	THR	THR	THR	THR	3	A	A	457	457
2	29	THR	THR	THR	THR	3	B	B	457	457
1	30	LEU	LEU	ALA	ALA	1	A	A	458 - 465	458 - 465
2	30	LEU	LEU	ALA	ALA	1	B	B	458 - 465	458 - 465
1	31	HIS	HIS	HIS	HIS	3	A	A	140	140
2	31	HIS	HIS	HIS	HIS	3	B	B	140	140

NCSアンサンブル:
NCS oper: (Code: given
Matrix: (1, 0.00526, -0.001397), (0.005272, -0.9999, 0.009144), (-0.001349, -0.009151, -1)
ベクター: -36.46, -33.48, -56.34)

#1: タンパク質	MAN26A / BETA-1 / 4-MANNANASE 分子量: 50466.121 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC AND IGG-LIKE DOMAIN, RESIDUES 52-514 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CELLULOMONAS FIMI (バクテリア) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XCV5, mannan endo-1,4-beta-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 373 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 375 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 373 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 375 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 373 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 375 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9 詳細: VAPOR DIFFUSION. PROTEIN SOLUTION (8.4 MG/ML) IN 50 MM SODIUM CITRATE BUFFER, PH 6.0. RESERVOIR CONDITIONS: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, PH 5.9, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379
検出器	タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月30日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→19.43 Å / Num. obs: 41120 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 27.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM	VERSION 7.0.1	データ削減
SCALA	3.2.5	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BVY

2bvy

解像度: 2.35→19.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.498 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19935	2065	5 %	RANDOM
R_work	0.1579	-	-	-
obs	0.15997	38998	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.604 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6776	0	28	625	7429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	7070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.096	1.93	9684
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.38	5	922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.076	23.939	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.761	15	954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.331	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	4815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.204	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.194	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.469	1.5	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.821	2	7199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.033	3	2855
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.635	4.5	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	59	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	59	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	9	tight positional	0	0.05
2	2	B	9	tight positional	0	0.05
32	32	A	736	tight positional	0.02	0.05
32	32	B	736	tight positional	0.02	0.05
4	1	A	5	tight positional	0	0.05
4	2	B	5	tight positional	0	0.05
5	1	A	5	tight positional	0.01	0.05
5	2	B	5	tight positional	0.01	0.05
6	1	A	3	tight positional	0.01	0.05
6	2	B	3	tight positional	0.01	0.05
7	1	A	4	tight positional	0.01	0.05
7	2	B	4	tight positional	0.01	0.05
8	1	A	9	tight positional	0.01	0.05
8	2	B	9	tight positional	0.01	0.05
9	1	A	8	tight positional	0	0.05
9	2	B	8	tight positional	0	0.05
10	1	A	3	tight positional	0	0.05
10	2	B	3	tight positional	0	0.05
11	1	A	4	tight positional	0.02	0.05
11	2	B	4	tight positional	0.02	0.05
12	1	A	3	tight positional	0.02	0.05
12	2	B	3	tight positional	0.02	0.05
13	1	A	5	tight positional	0	0.05
14	1	A	4	tight positional	0.01	0.05
15	1	A	48	tight positional	0.02	0.05
15	2	B	48	tight positional	0.02	0.05
16	1	A	126	tight positional	0.02	0.05
16	2	B	126	tight positional	0.02	0.05
17	1	A	357	tight positional	0.02	0.05
17	2	B	357	tight positional	0.02	0.05
18	1	A	24	tight positional	0.02	0.05
18	2	B	24	tight positional	0.02	0.05
19	1	A	88	tight positional	0.02	0.05
19	2	B	88	tight positional	0.02	0.05
20	1	A	608	tight positional	0.02	0.05
20	2	B	608	tight positional	0.02	0.05
21	1	A	82	tight positional	0.02	0.05
21	2	B	82	tight positional	0.02	0.05
22	1	A	221	tight positional	0.02	0.05
23	1	A	104	tight positional	0.02	0.05
24	1	A	80	tight positional	0.02	0.05
24	2	B	80	tight positional	0.02	0.05
25	1	A	101	tight positional	0.02	0.05
25	2	B	101	tight positional	0.02	0.05
26	1	A	136	tight positional	0.02	0.05
26	2	B	136	tight positional	0.02	0.05
27	1	A	3	tight positional	0.01	0.05
27	2	B	3	tight positional	0.01	0.05
28	1	A	406	tight positional	0.02	0.05
28	2	B	406	tight positional	0.02	0.05
29	1	A	4	tight positional	0.02	0.05
29	2	B	4	tight positional	0.02	0.05
30	1	A	59	tight positional	0.02	0.05
30	2	B	59	tight positional	0.02	0.05
31	1	A	4	tight positional	0.01	0.05
31	2	B	4	tight positional	0.01	0.05
4	1	A	10	loose positional	0.14	5
4	2	B	10	loose positional	0.14	5
5	1	A	14	loose positional	1.45	5
5	2	B	14	loose positional	1.45	5
7	1	A	4	loose positional	0.93	5
7	2	B	4	loose positional	0.93	5
9	1	A	10	loose positional	0.16	5
9	2	B	10	loose positional	0.16	5
11	1	A	3	loose positional	1.05	5
11	2	B	3	loose positional	1.05	5
13	1	A	8	loose positional	0.26	5
14	1	A	3	loose positional	0.74	5
29	1	A	3	loose positional	0.1	5
29	2	B	3	loose positional	0.1	5
31	1	A	6	loose positional	0.74	5
31	2	B	6	loose positional	0.74	5
1	1	A	59	tight thermal	0.07	0.5
1	2	B	59	tight thermal	0.07	0.5
2	1	A	9	tight thermal	0.04	0.5
2	2	B	9	tight thermal	0.04	0.5
32	32	A	736	tight thermal	0.06	0.5
32	32	B	736	tight thermal	0.06	0.5
4	1	A	5	tight thermal	0.04	0.5
4	2	B	5	tight thermal	0.04	0.5
5	1	A	5	tight thermal	0.05	0.5
5	2	B	5	tight thermal	0.05	0.5
6	1	A	3	tight thermal	0.05	0.5
6	2	B	3	tight thermal	0.05	0.5
7	1	A	4	tight thermal	0.05	0.5
7	2	B	4	tight thermal	0.05	0.5
8	1	A	9	tight thermal	0.07	0.5
8	2	B	9	tight thermal	0.07	0.5
9	1	A	8	tight thermal	0.04	0.5
9	2	B	8	tight thermal	0.04	0.5
10	1	A	3	tight thermal	0.15	0.5
10	2	B	3	tight thermal	0.15	0.5
11	1	A	4	tight thermal	0.21	0.5
11	2	B	4	tight thermal	0.21	0.5
12	1	A	3	tight thermal	0.06	0.5
12	2	B	3	tight thermal	0.06	0.5
13	1	A	5	tight thermal	0.06	0.5
14	1	A	4	tight thermal	0.04	0.5
15	1	A	48	tight thermal	0.06	0.5
15	2	B	48	tight thermal	0.06	0.5
16	1	A	126	tight thermal	0.07	0.5
16	2	B	126	tight thermal	0.07	0.5
17	1	A	357	tight thermal	0.06	0.5
17	2	B	357	tight thermal	0.06	0.5
18	1	A	24	tight thermal	0.03	0.5
18	2	B	24	tight thermal	0.03	0.5
19	1	A	88	tight thermal	0.07	0.5
19	2	B	88	tight thermal	0.07	0.5
20	1	A	608	tight thermal	0.06	0.5
20	2	B	608	tight thermal	0.06	0.5
21	1	A	82	tight thermal	0.06	0.5
21	2	B	82	tight thermal	0.06	0.5
22	1	A	221	tight thermal	0.07	0.5
23	1	A	104	tight thermal	0.07	0.5
24	1	A	80	tight thermal	0.07	0.5
24	2	B	80	tight thermal	0.07	0.5
25	1	A	101	tight thermal	0.03	0.5
25	2	B	101	tight thermal	0.03	0.5
26	1	A	136	tight thermal	0.07	0.5
26	2	B	136	tight thermal	0.07	0.5
27	1	A	3	tight thermal	0.13	0.5
27	2	B	3	tight thermal	0.13	0.5
28	1	A	406	tight thermal	0.06	0.5
28	2	B	406	tight thermal	0.06	0.5
29	1	A	4	tight thermal	0.09	0.5
29	2	B	4	tight thermal	0.09	0.5
30	1	A	59	tight thermal	0.07	0.5
30	2	B	59	tight thermal	0.07	0.5
31	1	A	4	tight thermal	0.09	0.5
31	2	B	4	tight thermal	0.09	0.5
4	1	A	10	loose thermal	0.32	10
4	2	B	10	loose thermal	0.32	10
5	1	A	14	loose thermal	1.22	10
5	2	B	14	loose thermal	1.22	10
7	1	A	4	loose thermal	0.65	10
7	2	B	4	loose thermal	0.65	10
9	1	A	10	loose thermal	0.16	10
9	2	B	10	loose thermal	0.16	10
11	1	A	3	loose thermal	1.04	10
11	2	B	3	loose thermal	1.04	10
13	1	A	8	loose thermal	0.32	10
14	1	A	3	loose thermal	0.15	10
29	1	A	3	loose thermal	0.39	10
29	2	B	3	loose thermal	0.39	10
31	1	A	6	loose thermal	1.13	10
31	2	B	6	loose thermal	1.13	10

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	142	-
R_work	0.201	2855	-
obs	-	-	99.83 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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