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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x27 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the outer membrane protein OprG from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | OUTER MEMBRANE PROTEIN OPRG | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / BETA BARREL / CHANNEL | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Touw, D.S. / Patel, D.R. / van den Berg, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Oprg from Pseudomonas Aeruginosa, a Potential Channel for Transport of Hydrophobic Molecules Across the Outer Membrane. 著者: Touw, D.S. / Patel, D.R. / van den Berg, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2fitS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23134.943 Da / 分子数: 1 / 断片: MATURE PROTEIN, RESIDUES 23-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 2MM NICL2, 20% PEG 2K, MME 0.1M, TRIS PH8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 9990 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 86.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2FIT 解像度: 2.4→14.986 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.21 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.986 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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